这是命令 mcmc_analysis 可以使用我们的多个免费在线工作站之一在 OnWorks 免费托管服务提供商中运行，例如 Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或 MAC OS 在线模拟器
程序：
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mcmc_analysis - MCMC 的分析
概要
mcmc_分析 [配置] MCMC-数据 ...
商品描述
该程序从 BEEP 中的程序读取一个或多个文件中的 MCMC 输出
包裹。 每个输入文件中都存在相同的列很重要。
输入格式：
MCMC 迭代格式的输出
哪里
是浮点格式的似然对数
是分隔字段的制表符空格
是迭代序数的整数
是由分号分隔的字段列表，其中包含
MCMC 的参数。
MCMC 参数由文件中的第一行键入并命名，
这是格式
#L N [ ( )]+
名称应该是唯一的，但不必是唯一的。 这是一个
of
浮动
对数浮点数
整数
树
正统学对
并用于推断如何解析和分析其余的行。
输出格式：
关于 MCMC 运行的报告，以及参数的后验估计。
配置
-b [浮动|INT]
要输入的百分比 (0 <= x <1) 或 (x 是整数 >= 1) 的数量
作为老化丢弃。 默认值：0.1。
-p STRING
绘制名为的参数. 输出是两列，迭代次数和
迭代中的参数值。
-i STRING
忽略命名参数。 有关列名称，请参阅 MCMC 输出中的标题行。 你
可以使用逗号分隔的格式一次命名多个列，（例如 -i
长度，名称）。 列名之间不允许有空格。
-t 输出 LaTex 进行分析。
-l 计算并报告输入文件中的样本数。
-mp NT 要绘制的最大点数。
-sp 在图中明确指出点。
-结尾 R 中 CODA 包的输出文件
-代码树
与 -coda 相同，但包括树参数。 每棵树都输出为一个整数 ID
（链中的访问顺序，1,2，...）。 确保使用 -i 隐藏任何树木
包含长度/时间/速率。
-P 平行链。 这意味着列出了几个（并行）样本文件。
网址
prime-phylo 主页： http://prime.sbc.su.se
使用 onworks.net 服务在线使用 mcmc_analysis
