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mia-3dfluid - 流体动态 3D 配准

概要

mia-3d流体 -i -r -o [选项]

商品描述

mia-3d流体 该程序用于基于流体动力学的非刚性配准，如
描述于：Wollny, G. 和 Kruggel, F.，“非刚性注册的计算成本
基于流体动力学的算法，IEEE Transactions on Medical Imaging， 11(8), 页。
946-952, 2002, doi:10.1109/TMI.2002.803113。 它使用SSD作为唯一注册
标准。

配置

文件IO
-i --in-image=（输入，必填）； io
输入图像 有关支持的文件类型，请参阅 PLUGINS:3dimage/io

-r --ref-image=（输入，必填）； io
参考图像 有关支持的文件类型，请参阅 PLUGINS:3dimage/io

-o --out-transformation=（输出，需要）； io
包含注册转换字段 For 的输出转换
支持的文件类型见PLUGINS:3dtransform/io

-d --out-image=（输出）； io
保存变形图像有关支持的文件类型，请参阅插件：3dimage/io

政策和帮助 & 资料包
-V --verbose=警告
输出的详细程度，打印给定级别和更高优先级的消息。
从最低级别开始支持的优先级是：
info - 低级消息
追踪 - 函数调用跟踪
失败 - 报告测试失败
警告 - 警告
错误 - 报告错误
调试 - 调试输出
的话 - 普通消息
致命 - 只报告致命错误

- 版权
印刷版权信息

-h --帮助
打印此帮助

-？ - 用法
打印一个简短的帮助

- 版
打印版本号并退出

处理中
--线程=-1
用于处理的最大线程数，这个数字应该更低
或等于机器中逻辑处理器内核的数量。 (-1:
自动估计）。用于处理的最大线程数，这
number 应该小于或等于逻辑处理器内核的数量
机器。 （-1：自动估计）。

注册 参数
--禁用多重网格
禁用多网格处理

--禁用全分辨率
禁用对全分辨率图像的处理

--拉姆达=1
弹性常数弹性常数

--mu=1
弹性常数弹性常数

-s --开始大小=16
初始多重网格大小初始多重网格大小

-m --方法=sora
求解 PDE 的方法
SOR - 连续过度放松
索拉 - 高斯索斯威尔放松

--步长=0.8
初始步长初始步长

-p --interpolator=bspline:d=3
image interpolator kernelimage interpolator kernel 对于支持的插件
见插件：1d/splinekernel

--放松=1
过松弛因子 vor 方法 sor 过松弛因子 vor 方法 sor

--最大=10
最大迭代最大迭代

--ε=0.01
截断条件截断条件

--物质=4
假设实际物质高于该强度（实验）强度高于
假设是真实的（实验性的）

插件： 一维/样条内核

样条 B-spline kernel创建，支持的参数有：

d = 3; [0, 5] 中的整数
样条度数。

妈妈们 OMoms-spline 内核创建，支持的参数有：

d = 3; [3, 3] 中的整数
样条度数。

插件： 二维图像/IO

分析 分析 7.5 图像

可识别的文件扩展名：.HDR、.hdr

支持的元素类型：
无符号 8 位，有符号 16 位，有符号 32 位，浮点 32 位，
浮点 64 位

数据池 与内部数据池之间的虚拟 IO

可识别的文件扩展名：.@

迪康 Dicom 图像系列作为 3D

可识别的文件扩展名：.DCM、.dcm

支持的元素类型：
有符号 16 位，无符号 16 位

HDF5 HDF5 3D图像IO

可识别的文件扩展名：.H5、.h5

支持的元素类型：
二进制数据，有符号 8 位，无符号 8 位，有符号 16 位，无符号 16 位，
有符号 32 位、无符号 32 位、有符号 64 位、无符号 64 位、浮动
点 32 位，浮点 64 位

因里亚 INRIA 图像

可识别的文件扩展名：.INR、.inr

支持的元素类型：
有符号 8 位、无符号 8 位、有符号 16 位、无符号 16 位、有符号 32
位、无符号 32 位、浮点 32 位、浮点 64 位

MHD MetaIO 3D 图像 IO 使用 VTK 实现（实验性）。

可识别的文件扩展名：.MHA、.MHD、.mha、.mhd

支持的元素类型：
有符号 8 位、无符号 8 位、有符号 16 位、无符号 16 位、有符号 32
位、无符号 32 位、浮点 32 位、浮点 64 位

尼夫提 NIFTI-1 3D 图像 IO

可识别的文件扩展名：.NII、.nii

支持的元素类型：
有符号 8 位、无符号 8 位、有符号 16 位、无符号 16 位、有符号 32
位，无符号 32 位，有符号 64 位，无符号 64 位，浮点 32
位，浮点 64 位

声波 VFF 太阳光栅格式

可识别的文件扩展名：.VFF、.vff

支持的元素类型：
无符号 8 位，有符号 16 位

远景 3D视图

可识别的文件扩展名：.V、.VISTA、.v、.vista

支持的元素类型：
二进制数据，有符号 8 位，无符号 8 位，有符号 16 位，无符号 16 位，
有符号 32 位、无符号 32 位、浮点 32 位、浮点 64
位

vti 3D 图像 VTK-XML 输入和输出（实验性）。

可识别的文件扩展名：.VTI、.vti

支持的元素类型：
有符号 8 位、无符号 8 位、有符号 16 位、无符号 16 位、有符号 32
位、无符号 32 位、浮点 32 位、浮点 64 位

虚拟机 3D VTK 图像传统输入和输出（实验性）。

可识别的文件扩展名：.VTK、.VTKIMAGE、.vtk、.vtkimage

支持的元素类型：
二进制数据，有符号 8 位，无符号 8 位，有符号 16 位，无符号 16 位，
有符号 32 位、无符号 32 位、浮点 32 位、浮点 64
位

插件： 3d变换/io

BBS 3D 转换的二进制（不可移植）序列化 IO

可识别的文件扩展名：.bbs

数据池 与内部数据池之间的虚拟 IO

可识别的文件扩展名：.@

远景 3D 转换的 Vista 存储

可识别的文件扩展名：.v、.v3dt

XML 3D 转换的 XML 序列化 IO

可识别的文件扩展名：.x3dt

例

将图像 test.v 注册到图像 ref.v 并写入变形向量场 regfield.v。
以 16 像素以上的最小尺寸开始配准。

mia-3dfluid -i test.v -r ref.v -o regfield.v -s 16

作者

格特·沃尔尼

版权

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