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mia-3dmotioncompica-nonrigid - 一系列 3D 图像的非线性配准。

概要

mia-3dmotioncompica-非刚性 -i -o [选项]

商品描述

mia-3dmotioncompica-非刚性 该程序实现了 3D 版本的运动
Wollny G、Kellman P、Santos A、Ledesma-Carbayo MJ 中描述的补偿算法，
“自由呼吸的自动运动补偿获得的心肌灌注数据由
使用独立分量分析”，医学图像分析，2012，
DOI：10.1016/j.media.2012.02.004。

配置

文件IO
-i --in-file=（输入，必填）； io
连续编号的输入图像（nameXXXX.ext）支持
文件类型见PLUGINS:3dimage/io

-o --out-file=（输出，需要）； io
输出图像名称（作为 C 格式字符串，包括 %04d 以定义
文件编号）有关支持的文件类型，请参阅 PLUGINS:3dimage/io

--保存参考=
保存参考图像，给定的字符串用作文件名库，
数字模式跟随输入图像，输出格式始终为
'远景'

--保存-regs=
保存中间注册的图像，给定的字符串用作文件名
base，数字模式跟随输入图像，输出格式为
总是“远景”

--保存系数=
将混合矩阵保存到文本文件

--保存功能=
将特征图像保存为 PNG

政策和帮助 & 资料包
-V --verbose=警告
输出的详细程度，打印给定级别和更高优先级的消息。
从最低级别开始支持的优先级是：
info - 低级消息
追踪 - 函数调用跟踪
失败 - 报告测试失败
警告 - 警告
错误 - 报告错误
调试 - 调试输出
的话 - 普通消息
致命 - 只报告致命错误

- 版权
印刷版权信息

-h --帮助
打印此帮助

-？ - 用法
打印一个简短的帮助

- 版
打印版本号并退出

ICA的
-C --组件=0
ICA 组件 0 = 自动估计ICA 组件 0 = 自动
估计

--无标准化
不要标准化 IC

--no-meanstrip
不要从混合曲线中剥离平均值

-k --跳过=0
跳过系列开头的图像，例如因为它们属于其他
模式在系列开始时跳过图像，例如因为它们
是其他方式

-m --max-ica-iter=400
ICA 中的最大迭代次数 ICA 中的最大迭代次数

处理中
--线程=-1
用于处理的最大线程数，这个数字应该更低
或等于机器中逻辑处理器内核的数量。 (-1:
自动估计）。用于处理的最大线程数，这
number 应该小于或等于逻辑处理器内核的数量
机器。 （-1：自动估计）。

注册
-O -​​-optimizer=gsl:opt=gd,step=0.1
用于最小化的优化器

-a --start-c-rate=32
刺中的起始系数，除以 --c-rate-divider
刺中的每个 passstart coefficinet 速率，除以 --c-rate-divider
每一次通过

--c-分频器=4
每个通道的有效速率分配器每个通道的有效速率分配器

-d --start-divcurl=20
开始 divcurl 权重，每次通过时除以 --divcurl-divider
divcurl 权重，每次通过时除以 --divcurl-divider

--divcurl-分隔符=4
divcurl 权重缩放每个新的 passdivcurl 权重缩放每个
新的通行证

-w --imagecost=image:weight=1,cost=ssd,
图像成本

-l --毫克水平=3
多分辨率级别多分辨率级别

-P --passes=3
注册通行证注册通行证

插件： 二维图像/IO

分析 分析 7.5 图像

可识别的文件扩展名：.HDR、.hdr

支持的元素类型：
无符号 8 位，有符号 16 位，有符号 32 位，浮点 32 位，
浮点 64 位

数据池 与内部数据池之间的虚拟 IO

可识别的文件扩展名：.@

迪康 Dicom 图像系列作为 3D

可识别的文件扩展名：.DCM、.dcm

支持的元素类型：
有符号 16 位，无符号 16 位

HDF5 HDF5 3D图像IO

可识别的文件扩展名：.H5、.h5

支持的元素类型：
二进制数据，有符号 8 位，无符号 8 位，有符号 16 位，无符号 16 位，
有符号 32 位、无符号 32 位、有符号 64 位、无符号 64 位、浮动
点 32 位，浮点 64 位

因里亚 INRIA 图像

可识别的文件扩展名：.INR、.inr

支持的元素类型：
有符号 8 位、无符号 8 位、有符号 16 位、无符号 16 位、有符号 32
位、无符号 32 位、浮点 32 位、浮点 64 位

MHD MetaIO 3D 图像 IO 使用 VTK 实现（实验性）。

可识别的文件扩展名：.MHA、.MHD、.mha、.mhd

支持的元素类型：
有符号 8 位、无符号 8 位、有符号 16 位、无符号 16 位、有符号 32
位、无符号 32 位、浮点 32 位、浮点 64 位

尼夫提 NIFTI-1 3D 图像 IO

可识别的文件扩展名：.NII、.nii

支持的元素类型：
有符号 8 位、无符号 8 位、有符号 16 位、无符号 16 位、有符号 32
位，无符号 32 位，有符号 64 位，无符号 64 位，浮点 32
位，浮点 64 位

声波 VFF 太阳光栅格式

可识别的文件扩展名：.VFF、.vff

支持的元素类型：
无符号 8 位，有符号 16 位

远景 3D视图

可识别的文件扩展名：.V、.VISTA、.v、.vista

支持的元素类型：
二进制数据，有符号 8 位，无符号 8 位，有符号 16 位，无符号 16 位，
有符号 32 位、无符号 32 位、浮点 32 位、浮点 64
位

vti 3D 图像 VTK-XML 输入和输出（实验性）。

可识别的文件扩展名：.VTI、.vti

支持的元素类型：
有符号 8 位、无符号 8 位、有符号 16 位、无符号 16 位、有符号 32
位、无符号 32 位、浮点 32 位、浮点 64 位

虚拟机 3D VTK 图像传统输入和输出（实验性）。

可识别的文件扩展名：.VTK、.VTKIMAGE、.vtk、.vtkimage

支持的元素类型：
二进制数据，有符号 8 位，无符号 8 位，有符号 16 位，无符号 16 位，
有符号 32 位、无符号 32 位、浮点 32 位、浮点 64
位

例

使用 4 类 ICA 注册图像 imagesXXXX.v 中给出的灌注系列
估计。 开头跳过两张图片，最多使用4个注册线程，一个nlopt
基于优化器和其他使用默认参数。 将结果存储在
注册XXXX.v

mia-3dmotioncompica-nonrigid -i images0000.v -o 注册%04d.v -k 2 -C 4 -t 4 -O
nlopt:opt=ld-var1,xtola=0.001,ftolr=0.001,maxiter=300

作者

格特·沃尔尼

版权

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