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mkdssp - 计算 PDB 文件中蛋白质的二级结构

概要

mkdsp [选项] pdbfile [dsspfile]

商品描述

mkdsp 程序最初是由 Wolfgang Kabsch 和 Chris Sander 设计的
标准化二级结构分配。 DSSP是二级结构数据库
蛋白质数据库 (PDB) 中所有蛋白质条目的分配（以及更多）和
mkdsp 是根据 PDB 条目计算 DSSP 条目的应用程序。 请注意
这 mkdsp 不 不能 预测 二级结构。

配置

如果你调用 mkdsp 只有一个参数，它将被解释为 PDB 文件
过程和输出将被发送到标准输出。 如果指定了第二个参数，则为
解释为要创建的 DSSP 文件的名称。 输入和输出文件
名称可以使用 .gz 或 .bz2 作为扩展名，从而实现正确的压缩。

-i, - 输入 文件名
一个文件名 PDB 包含蛋白质结构数据的格式化文件。 这个
file 可以是 gzip 或 bzip2 压缩的文件。

-o, - 输出 文件名
一个文件名 DSSP 要创建的文件。 如果文件名以 .gz 或 .bz2 结尾
创建压缩文件。

-v, --详细
写出诊断信息。

- 版
打印版本号并退出。

-h, - 帮帮我
打印帮助信息并退出。 包含解析器脚本的目录
太太。

理论

DSSP 程序的工作原理是计算给定的最可能的二级结构分配
蛋白质的 3D 结构。 它通过读取原子在一个
蛋白质（PDB 文件中的 ATOM 记录），然后计算 H 键能量
在所有原子之间。 然后使用每个原子最好的两个 H 键来确定最
蛋白质中每个残基的可能二级结构类别。

这意味着您确实需要具有完整且有效的 3D 结构才能使蛋白质能够
计算二级结构。 DSSP 中没有魔法，因此例如它无法猜测
没有 3D 结构的突变蛋白质的二级结构。

DSSP 文件 FORMAT

每个 DSSP 文件的头部分都是自我解释的，它包含一些信息
从 PDB 文件复制过来的，在计算时收集了一些统计信息
二级结构。

文件的后半部分包含每个计算的二级结构信息
残留物。 以下是对每一列的简要说明。

柱 名字 产品描述
────────────────────────────────────────────────────── ────────────────────────────────────────────
# mkdssp 统计的残基数
RESIDUE PDB 文件指定的残基数
后跟一个链标识符。

AA 氨基酸的一个字母代码。 如果这
字母是小写，这意味着这是一个
与半胱氨酸形成硫桥
此列中的其他氨基酸与
小写字母。
STRUCTURE 这是一个复杂的列，包含多个子
列。 第一列包含一个字母
指示分配给的二级结构
这个残渣。 有效值为：
代码 产品描述
H 阿尔法螺旋
B Beta 桥
埃斯特兰德
G螺旋-3
我螺旋-5
T转
S弯
以下是三列表示
三种螺旋类型（3、4 和 5）中的每一种
该残基是否是形成的候选者
这个螺旋。 一种 > 字符表示它开始一个
螺旋，一个数字表示它在这样的一个内部
螺旋线和 < 字符意味着它结束了螺旋。
下一列包含一个 S 字符，如果这
残留物是一个可能的弯曲。
然后有一列表示手性
这可以是正面的也可以是负面的
（即阿尔法扭转是正的或
消极的）。
最后两列包含 beta 桥标签。
这里的小写表示平行桥接，因此
大写表示反平行。
BP1 和 BP2 第一个和第二个桥对候选，这个
后跟一个表示工作表的字母。
ACC 这个残基的可及性，这是
表面积以平方埃表示
可以通过水分子访问。
NH-->O..O-->HN 四列，它们为每个残基给出
与另一个残基的氢键能，其中
当前残基是受体或供体。
每列包含两个数字，第一个是
从当前残差到
该 H 键中的伙伴残基（在 DSSP 中
编号），第二个数字是计算出来的
这个氢键的能量。
TCO 的 C=O 之间夹角的余弦
当前残基和先前残基的 C=O。 为了
α-螺旋，TCO 接近 +1，对于β-折叠
TCO 接近 -1。 不用于结构
定义。
Kappa 虚拟键角（弯曲角）定义为
残基电流的三个 C-α 原子
- 2，current和current+2。用于定义
弯曲（结构代码“S”）。
PHI 和 PSI IUPAC 肽骨架扭转角。
X-CA、Y-CA 和 Z-CA C-alpha 坐标

历史

最初的 DSSP 应用程序是由 Wolfgang Kabsch 和 Chris Sander 在 Pascal 中编写的。
此版本是在原始源代码的基础上用 C++ 完全重写。 一些错误
从那以后就被修复了，算法也在这里和那里进行了调整。

ALL

代码迫切需要更新。 首先需要实施的是
改进了对 pi 螺旋的识别。 第二个改进是使用角度相关
氢键能量计算。

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