这是 NAST-iEr 命令,可以使用我们的多个免费在线工作站之一在 OnWorks 免费托管服务提供商中运行,例如 Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或 MAC OS 在线模拟器
程序:
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nast-ier - 基于 NAST 的 DNA 比对工具
商品描述
NAST-iEr 比对实用程序将单个原始核苷酸序列与一个或多个
NAST 格式的序列。
对齐算法涉及全局动态规划配置文件对齐到固定
(NAST 格式)乘以对齐的模板序列,没有任何端隙惩罚。
NAST-iEr 是 microbiomeutil 套件的一部分。
配置
证据需求:
--query_FASTA
以 FASTA 格式查询数据库(序列到 NAST-align)
可选的: (除非 默认 旨在 而不去 放!)
--db_NAST
NAST 格式的参考数据库(默认:
/usr/share/microbiomeutil-data/RESOURCES/rRNA16S.gold.NAST_ALIGNED.fasta)
--db_FASTA
FASTA 格式的参考数据库(默认:
/usr/share/microbiomeutil-data/RESOURCES/rRNA16S.gold.fasta)
--num_top_hits
用于配置文件对齐的最高命中数(默认值:10)
--评价
最高命中的评估截止值(默认值:1e-50)
使用 onworks.net 服务在线使用 NAST-iEr