这是可以使用我们的多个免费在线工作站之一在 OnWorks 免费托管服务提供商中运行的命令 plink1.9，例如 Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或 MAC OS 在线模拟器
程序：
您的姓名
PLINK - 全基因组 SNP 分析
商品描述
PLINK v1.90b3.31 64 位（3 年 2016 月 2 日）https://www.cog-genomics.org/plinkXNUMX (C)
2005-2016 Shaun Purcell, Christopher Chang GNU 通用公共许可证 v3
在后面的命令行标志定义中，
* [方括号] 表示必需参数，其中
括号描述了它的性质。
* 表示一个可选的修饰符（或者如果 '|' 存在，一个集合
互斥的可选修饰符）。
使用 EXACT 文本
定义，例如'--dummy acgt'。
*尖括号/精确文本规则有一个例外：当一个角度
括号项以'=[value]'结尾，'[value]'表示可变参数。
* {花括号} 表示一个可选参数，其中
大括号描述了它的性质。
* 省略号 (...) 表示您可以输入多个参数
指定类型。
plink [输入标志(s)...] {命令标志(s)...} {其他标志(s)...} plink - 帮帮我 {旗帜
姓名...}
大多数 PLINK 运行只需要一个主输入文件集。 以下标志可用
用于定义其形式和位置：
--b文件 {prefix} ：指定 .bed + .bim + .fam 前缀（默认为“plink”）。
- 床 [filename] : 指定 .bed 文件的全名。
--bim [filename] : 指定 .bim 文件的全名。
——法姆 [filename] : 指定 .fam 文件的全名。
--保持自动转换
：与 - 文件/--tfile/--lfile/--vcf/--bcf/--data/--23file，不要删除
运行结束时自动生成的二进制文件集。
- 文件 {字首}
：指定 .ped + .map 文件名前缀（默认为“plink”）。
--ped [filename] : 指定 .ped 文件的全名。
- 地图 [filename] : 指定 .map 文件的全名。
--无fid
: .fam/.ped 文件不包含第 1 列（家庭 ID）。
--无父母
: .fam/.ped 文件不包含第 3-4 列（父母）。
--无性别
: .fam/.ped 文件不包含第 5 列（性别）。
--无苯酚
: .fam/.ped 文件不包含第 6 列（表型）。
--t文件 {prefix} ：指定 .tped + .tfam 文件名前缀（默认为“plink”）。
--tped [名称]
: 指定 .tped 文件的全名。
--tfam [名称]
: 指定 .tfam 文件的全名。
--l文件 {prefix} ：指定 .lgen + .map + .fam（长格式文件集）前缀。
--lgen [名称]
: 指定 .lgen 文件的全名。
- 参考 [fn] ：指定伴随 .lgen 输入的默认等位基因文件。
--等位基因计数
: 当与 --l文件/--阿尔根+ - 参考, 指定 .lgen 文件
包含参考等位基因计数。
--vcf [filename] : 指定 .vcf 或 .vcf.gz 文件的全名。
--bcf [filename] : 指定 BCF2 文件的全名。
- 数据 {字首}
：指定 Oxford .gen + .sample 前缀（默认为“plink”）。
--gen [filename] : 指定 .gen 或 .gen.gz 文件的全名。
--bgen [F] : 指定 .bgen 文件的全名。
- 样本 [fname] : 指定 .sample 文件的全名。
--23文件 [fname] {FID} {IID} {sex} {pheno} {pat. ID} {垫。 ID} ：
指定 23andMe 输入文件。
--grm-gz {prfx}
: 指定 .grm.gz + .grm.id (GCTA rel. matrix) 前缀。
--grm-bin {prfx} ：指定 .grm.bin + .grm.N.bin + .grm.id（GCTA 三角形
二元关系矩阵）文件名前缀。
- 假的 [样本 ct] [SNP ct] {缺失基因频率} {缺失基因频率}
这会生成具有指定数量的样本和 SNP 的假输入数据集。
默认情况下，缺失的基因型和表型频率为零，基因型
是 As 和 Bs（用 'acgt'/'1234'/'12' 更改后者）。 “标量现象”
修饰符导致生成正态分布的标量表型而不是
一个二进制的。
- 模拟 【仿真参数文件】
--模拟-qt 【仿真参数文件】
- 模拟 生成带有疾病相关 SNP 的假输入数据集，
而 --模拟-qt 生成具有数量性状基因座的数据集。
默认情况下，输出文件的名称格式为“plink.{extension}”。 你可以改变
'plink' 前缀
- 出去 [字首]
: 指定输出文件的前缀。
大多数运行还需要至少以下命令之一：
--整理床铺
创建一个新的二进制文件集。
与自动文本到二进制不同
转换器（仅注意染色体过滤器），这支持所有 PLINK
过滤标志。
--make-just-bim
--make-just-fam
的变体 --整理床铺 只写一个新的 .bim 或 .fam 文件。
可
仅用于 .bim/.fam 输入。 谨慎使用这些。 这很容易
如果您使用这些，请取消同步您的二元基因型数据和您的 .bim/.fam 索引
命令不正确。 如果您有任何疑问，请坚持 --整理床铺.
--重新编码 <01 | 12> <23 | A{-转置} | 广告 | 比格犬{-nomap} | bimbam{-1chr}
| 复合基因型| 快速相位{-1chr} | HV{-1chr} | lgen{-ref} | 列表 | 牛津|
列表 | 结构| 转置 | vcf | vcf-fid | vcf-iid>
| gen-gz>
创建一个应用了所有过滤器的新文本文件集。
默认情况下，
文件集由一个 .ped 和一个 .map 文件组成，可以用 - 文件. * '12'
修饰符导致 A1（通常是次要的）等位基因被编码为“1”
和 A2 等位基因编码为“2”，而“01”映射 A1 -> 0 和 A2 -> 1。
* '23' 修饰符导致生成 23andMe 格式的文件。
本篇
只能用于单个样本的数据（- 保持 可能很方便）。
*“AD”修饰符导致样本主要添加剂（0/1/2）+主导
(het = 1,否则为 0) 组件文件，适合从 R 加载，为
生成。 如果您不想要主要成分，请改用“A”。 如果你需要
要在标题行中命名的未计数等位基因，请添加“include-alt”修饰符。
*“A-transpose”修饰符导致变体主要附加组件文件
被生成。
* 'beagle' 修饰符导致每个常染色体不分相的 .dat 和 .map 文件，
早期 BEAGLE 版本可读，生成，而 'beagle-nomap' 生成
单个 .beagle.dat 文件。
* 'bimbam' 修饰符导致生成 BIMBAM 格式的文件集。
如果您的输入数据仅包含一条染色体，则可以使用“bimbam-1chr”代替
编写一个两列的 .pos.txt 文件。
*“复合基因型”修饰符删除了成对之间的空格
生成 .ped + .map 文件集时相同变体的等位基因代码。
* 'fastphase' 修饰符导致每个染色体的 fastPHASE 文件
产生。
如果您的输入数据只包含一条染色体，您可以使用
'fastphase-1chr' 而不是从文件扩展名中排除染色体编号。
* 'HV' 修饰符导致 Haploview 格式的 .ped + .info 文件集
每个染色体产生。
“HV-1chr”类似于“fastphase-1chr”。
* 'lgen' 修饰符导致长格式文件集（可加载 --l文件)
生成，而 'lgen-ref' 生成（通常）较小的长格式文件集
可加载 --l文件 + - 参考.
* 'list' 修饰符创建基于基因型的列表，而 'rlist' 创建
一个罕见的基因型文件集。
使用这些格式，'omit-nonmale-y'
修饰符导致 Y 染色体上的非男性基因型被省略。
* 'oxford' 导致生成牛津格式的 .gen + .sample 文件集。
如果您还包含 'gen-gz' 修饰符，则 .gen 文件将被压缩。
*“结构”修饰符导致生成结构格式文件。 *
'transpose' 创建一个转置的文本文件集（可加载 --t文件）。 * 'vcf',
'vcf-fid' 和 'vcf-iid' 导致生成 VCFv4.2 文件。
'vcf-fid' 和 'vcf-iid' 分别导致家庭 ID 或家庭内 ID
用于最后一个标题行中的样本 ID，而 'vcf' 合并了两个 ID 和
在它们之间加上下划线。 如果添加了 'bgz' 修饰符，则 VCF 文件为
块压缩。 A2 等位基因被保存为参考，通常标记为不
基于真实的参考基因组（'PR' INFO 字段值）。 当它很重要时
参考等位基因是正确的，你还想包括 --a2-等位基因 和
--real-ref-等位基因 在你的命令中。
* 'tab' 修饰符使输出主要以制表符分隔而不是
大多以空格分隔。
'tabx' 和 'spacex' 强制所有制表符和所有
空间，分别。
--翻转扫描
（别名： --翻转扫描) 基于 LD 的病例/对照链不一致扫描。
--写协变
如果一个 --科瓦尔 文件已加载， --整理床铺/--make-just-fam 和 --重新编码 自动
生成更新版本（应用所有过滤器）。 然而，如果你不
希望同时生成新的基因型文件，可以使用 --写协变 至
只需生成一个修剪后的协变量文件。
--写集群
如果集群被指定为 - 之内/--family，这会生成一个新的集群文件
（应用了所有过滤器）。 'omit-unassigned' 修饰符导致非聚集
要从文件中省略的样本； 否则他们的集群是'NA'。
--写集
--设置表
如果已经定义了集合， --写集 转储“END”终止的集合成员资格列表
到{输出前缀}.set，而 --设置表 写一个变体的成员资格表
到{输出前缀}.set.table。
- 合并 [.ped 文件名] [.map 文件名]
- 合并 [文本文件集前缀]
--合并 [.bed 文件名] [.bim 文件名] [.fam 文件名]
--合并 [二进制文件集前缀]
将给定的文件集与最初加载的文件集合并，将结果写入
{输出前缀}.bed + .bim + .fam。 （不再需要同时
指定 --整理床铺.)
--合并列表 [文档名称]
将文本文件中命名的所有文件集与参考文件集合并（如果有）
指定的。 （但是，这也可以在*不*引用的情况下使用；在这种情况下，
新创建的文件集然后被大多数其他 PLINK 视为引用
操作。）文本文件解释如下： * 如果一行只包含
一个名字，它被假定为一个前缀
二进制文件集。
* 如果一行正好包含两个名称，则假定它们是完整的
文本文件集的文件名（首先是 .ped，然后是 .map）。
* 如果一行正好包含三个名称，则假定它们是完整的
二进制文件集的文件名（.bed，然后是 .bim，然后是 .fam）。
--写入snplist
--list-23-indels
--写入snplist 写入一个 .snplist 文件，列出所有变体的名称
通过您指定的过滤器和包含阈值，而
--list-23-indels 用 23andMe 风格的 indel 调用（D/I 等位基因
码）。
--列表重复变量
--列表重复变量 写入描述所有组的 .dupvar 文件
具有匹配位置和等位基因代码的变体。 * 默认情况下，A1/A2 等位基因
赋值被忽略； 使用 'require-same-ref'
覆盖这个。
* 通常，报告包含位置和等位基因代码。
删除它们
（并生成一个可直接使用的文件，例如 - 提炼/--exclude)，使用 'ids-only'。
请注意，如果任何报告的 ID 是
不独特。
* 'suppress-first' 导致每个组中的第一个变体 ID 被省略
从报告中。
--频率
--频率x
--频率 生成基本等位基因频率（或计数，如果“计数”
修饰符存在）报告。
这可以结合 - 之内/ - 家庭
生成聚类分层等位基因频率/计数报告，或
'case-control' 修饰符分别报告案例和控制等位基因频率。
--频率x 生成更详细的基因型计数报告，设计用于
--读取频率.
- 丢失的
生成基于样本和变体的缺失数据报告。
如果集群是
定义，基于变体的报告是集群分层的。
'gz' 导致
要压缩的输出文件。
--测试事故
检查丢失的呼叫和侧翼单倍型之间的关联。
——哈迪
生成 Hardy-Weinberg 精确检验 p 值报告。
（这不
同时过滤 p 值； 用 ——惠 为了那个原因。）
通过
'midp' 修饰符，测试应用 Graffelman 中描述的 mid-p 调整
J, Moreno V (2013) Hardy-Weinberg Equilibrium 精确检验中的中间 p 值。
--孟德尔
生成孟德尔错误报告。
'summaries-only' 修饰符导致
要跳过的 .mendel 文件（列出每个错误）。
--het
——国际广播公司
估计近交系数。
--het 报告时刻方法
估计，而 ——国际广播公司 计算 Yang J、Lee SH、
Goddard ME 和 Visscher PM (2011) GCTA：全基因组复杂特征的工具
分析。 （那篇论文还描述了我们的关系矩阵计算
重新实现。） * 这些功能需要适当的 MAF 估计。 如果有很
少数
直接文件集中的示例， --读取频率 实际上是强制性的，因为
在这种情况下，估算的 MAF 是非常不准确的。
* 他们还假设标记集处于近似连锁平衡。 * 经过
默认， --het 省略了 Nei 预期中的 n/(n-1) 乘数
纯合度公式。
'small-sample' 修饰符使它成为
包括在内，同时强迫 --het 立即使用创始人推算的 MAF
数据集。
--检查性别 {女性最大F} {男性最小F}
--检查性别 ycount {女性最大 F} {男性最小 F} {女性最大 Y obs}
{男性min Y obs}
--检查性别 仅 y {女性最大 Y 观测值} {男性最小 Y 观测值}
--估算性别 {女性最大F} {男性最小F}
--估算性别 ycount {女性最大 F} {男性最小 F} {女性最大 Y obs}
{男性min Y obs}
--估算性别 仅 y {女性最大 Y 观测值} {男性最小 Y 观测值}
--检查性别 通常将输入数据集中的性别分配与
从 X 染色体近交系数推算的那些。 * 确保 X
染色体假常染色体区域已分裂
关闭（例如 --split-x) 在使用它之前。
* 您还需要不错的 MAF 估计值（因此，您的样本很少
立即文件集，使用 --读取频率)，并且您的标记集应该近似
连锁平衡。
* 默认情况下，F 估计小于 0.2 会产生女性呼叫，并且值
大于 0.8 产生男性呼叫。
如果您将数字参数传递给
--检查性别，前两个控制这些阈值。
现在有两种模式考虑 Y 染色体数据。 * 在“ycount”模式下，
性别仍然是从 X 染色体推算出来的，但是
每当超过 0 个非缺失 Y 时，女性呼叫就会降级为模棱两可
存在基因型，当少于 0 时，雄性叫声被降级。
（请注意，这些是计数，而不是比率。）这些阈值可以通过
--检查性别 ycount 的可选第三和第四个数字参数。
* 在“y-only”模式下，性别由非缺失的 Y 基因型计数推算。
在这种情况下，男性最小阈值默认为 1 而不是零。
--估算性别 将性别分配更改为估算值，并且是
否则等同于 --检查性别.
它必须与
--整理床铺/--recode/--write-covar。
--fst
（别名： --FST) 使用以下公式估计每个常染色体二倍体变体的赖特 Fst
Weir BS, Cockerham CC (1984) Estimating F-statistics for the
分析人口结构，给定一组通过定义的亚群
- 之内. 还报告了原始和加权全局平均值。 * 如果你有兴趣
在全局手段中，通常最好执行
在近似连锁平衡中的标记集上进行此计算。
* 如果你只有两个亚群，你可以用
案例/控制状态并使用“案例控制”修饰符。
--独立 [窗口大小] 【步长（变体ct）】【VIF阈值】
--独立成对 [窗口大小] 【步长（变体ct）】【r^2阈值】
--独立配对阶段 [窗口大小] 【步长（变体ct）】【r^2阈值】
在近似连锁平衡中生成标记列表。
随着
'kb' 修饰符，窗口大小以千碱基为单位，而不是变体计数单位。
（前'kb'空间是可选的，即'--indep-pairwise 500 kb 5 0.5'和
'--indep-pairwise 500kb 5 0.5' 效果相同。）注意需要重新运行
PLINK 使用 - 提炼 or - 排除 在 .prune.in/.prune.out 文件上应用
列出另一个计算。
--r
--r2
LD 统计报告。
--r 产生原始的变量间相关性，而
--r2 报告他们的平方。
您可以请求所有对的结果
矩阵格式（如果您指定 'bin' 或形状修饰符之一），所有对
表格格式（'inter-chr'），或表格格式的有限窗口（默认）。 * 这
'gz' 修饰符导致输出文本文件被 gzipped。 * 'bin' 导致输出
以双精度二进制写入的矩阵
格式，而 'bin4' 特定于单精度二进制。
矩阵是
如果没有明确指定形状，则为正方形。
* 默认情况下，文本矩阵以制表符分隔； 'spaces' 切换这个。 *
'in-phase' 将具有同相等位基因对的列添加到表格格式
报告。
（这不能用于很长的等位基因代码。）
* 'dprime' 将 Lewontin 的 D-prime 统计添加到表格格式的报告中，
并强制 r/r^2 和 D-prime 基于最大似然解
Gaunt T, Rodriguez S, Day I (2007) 中讨论的三次方程
用于估计成对单倍型频率的解决方案。
* 'with-freqs' 将 MAF 列添加到表格格式的报告中。 * 由于结果
文件很容易变得很大，您需要添加
请求未过滤的、非分布式的所有对时的“yes-really”修饰符
超过 400 万个变体的计算。
* 这些计算可以细分为 - 平行线 （即使当
'square' 修饰符处于活动状态）。
--ld [变体 ID] [变体 ID]
这显示了一对变体的单倍型频率、r^2 和 D'。
当单倍型频率有多种生物学上可能的解决方案时
三次方程，全部显示（而不仅仅是最大似然解
由...确定 --r/--r2)，以及 HWE 精确测试统计数据。
--显示标签 [文档名称]
--显示标签 所有
* 如果指定了文件，则列出标记至少一个变体的所有变体
在文件中命名。
（这通常是原始的超集
列表，因为一个变体被认为是在这里标记自己。）
* 如果指定了“all”模式，对于每个变体，每个 *other* 变体
标签它被报告。
--块
通过 Haploview 对块定义的解释，估计单倍型块
由 Gabriel S 等人建议。 (2002) 人类单倍型块的结构
基因组。 * 通常情况下，缺少表型的样本不会被考虑在内
计算； 'no-pheno-req' 修饰符解除了这个限制。
* 通常，大小 2 的块不能跨越超过 20kb，大小为 3 的块
限制为 30kb。
'no-small-max-span' 修饰符删除了这些
限制。
.blocks 文件是 PLINK 1.07 的有效输入 --hap 命令。
然而，
这些因素包括原料奶的可用性以及达到必要粉末质量水平所需的工艺。 --hap...由于性能不佳，PLINK 1.9 中未重新实现标志系列
相对于其他软件的相位精度； 目前，我们建议使用 BEAGLE
而不是 PLINK 用于病例/对照单倍型关联分析。 （您可以使用
'--recode beagle' 将数据导出到 BEAGLE 3.3。）我们对此表示歉意
不便，并计划开发 --hap...处理的标志
有效地预分阶段数据。
- 距离 <0-ibs>
写一个下三角制表符分隔的（加权）基因组距离表
等位基因计数单位到{输出前缀}.dist，以及相应样本的列表
{输出前缀}.dist.id 的 ID。 .dist 文件的第一行包含一个
{genome 1-genome 2} 距离，第二行有 {genome 1-genome 3} 和
{genome 2-genome 3} 距离等。 * 通常最好执行
这个计算在一个标记集上
近似连锁平衡。
* 如果存在 'square' 或 'square0' 修饰符，则方阵为
改写； 'square0' 用零填充右上角的三角形。
* 如果存在 'gz' 修饰符，则写入压缩的 .dist.gz 文件
而不是纯文本文件。
* 如果存在 'bin' 修饰符，则为二进制（方）矩阵
适合从 R 加载的双精度浮点值改为
写入{输出前缀}.dist.bin。 （'bin4' 指定单精度数
相反。）如果您仍然想要右上角，则可以将其与“square0”结合使用
如果您根本不想填充右上角，则归零或“三角形”。
* 如果存在 'ibs' 修饰符，则写入一个状态标识矩阵
到{输出前缀}.mibs。
“1-ibs”导致以基因组表示的距离
要写入 {output prefix}.mdist 的比例（即 1 - IBS）。 结合
'allele-ct' 如果您还想生成通常的 .dist 文件。
* 默认情况下，在缺少基因型调用的情况下重新调整距离
对等位基因计数分布敏感：如果变异 A 有贡献，平均而言，
其他成对距离是变体 B 的两倍，变体 A 的缺失调用
将导致两倍大的缺失校正。 要关闭此功能
（因为例如您的未接来电是高度非随机的），请使用“flat-missing”
修饰符。
* 计算可以细分为 - 平行线.
--距离矩阵
--ibs-矩阵
这些已弃用的命令等效于“--distance 1-ibs flat-missing square”
和 '--distance ibs flat-missing square' ，除了它们生成
空格而不是制表符分隔的文本矩阵。
--make-rel
写一个下三角方差标准化的已实现关系矩阵
{输出前缀}.rel，以及对应于{输出前缀}.rel.id的ID。 * 这是
通常最好在设置的标记上执行此计算
近似连锁平衡。
* 'square', 'square0', 'triangle', 'gz', 'bin', 和 'bin4' 的作用
on - 距离.
* 'cov' 修饰符删除了方差标准化步骤，导致
要计算的协方差矩阵。
* 默认情况下，关系矩阵中的对角元素基于
——国际广播公司的Fhat1; 使用 'ibc2' 或 'ibc3' 修饰符使它们基于 Fhat2
或 Fhat3 代替。
* 计算可以细分为 - 平行线.
--make-grm-gz
--make-grm-bin
--make-grm-gz 在 GCTA 的原始 gzipped 列表中写入关系
格式，每行描述一对，而 --make-grm-bin 将它们写在 GCTA 中
1.1+ 的单精度三角二进制格式。 注意这些格式
明确报告有效观察的数量（其中两个样本都没有
缺少调用）对于每对，这对于某些脚本来说是有用的输入。 这些
计算可以细分为 - 平行线.
--rel-截止 {值}
（别名： --grm-截止) 排除每对样本中具有相关性的一个成员
大于给定的截止值（默认 0.025）。 如果没有以后的操作将
将剩余样本列表写入磁盘，这会将其保存到
{输出前缀}.rel.id。 请注意，最大化剩余样本量是
等价于 NP-hard 最大独立集问题，所以我们使用贪心
算法而不是保证最优性。 （使用 --make-rel 和
- 保持/--remove flags 如果你想尝试做得更好。）
--ibs-测试 {排列计数}
--groupdist {迭代} {d}
给定病例/对照表型数据，这些命令考虑三个子集
距离矩阵：受影响样本对、受影响-未受影响样本对和
不受影响的样品。 这些子集中的每一个都有成对基因组的分布
距离； --ibs-测试 使用置换来估计 p 值 re：哪些类型的
对最相似，而 --groupdist 专注于两者之间的差异
这些分布的中心并通过 delete-d 估计标准误差
折刀。
--regress-距离 {迭代} {d}
成对平均表型和成对基因组距离的线性回归
反之亦然，对标准错误使用 delete-d jackknife。 标量表型是
必需的。 * 参数少于两个时，d 设置为{人数}^0.6
圆角
下来。
在没有参数的情况下，运行 100k 次迭代。
--regress-rel {迭代} {d}
成对平均表型的成对基因组关系的线性回归，
反之亦然。 iters 和 d 的默认值与 for 相同 --regress-距离.
--基因组
生成逐个身份的报告。 * 通常最好执行此操作
在设置的标记上的计算
近似连锁平衡。
* 'rel-check' 修饰符排除具有不同 FID 的样本对
从最终报告。
* 'full' 将原始的成对比较数据添加到报告中。 * P(IBD=0/1/2)
此命令使用的估算器有时会产生
[0,1] 范围之外的数字； 默认情况下，这些被剪裁。
-
'unbounded' 修饰符关闭此剪裁。
* 然后，当 PI_HAT^2 < P(IBD=2) 时，'nudge' 调整最终的 P(IBD=0/1/2)
估计到理论上可能的配置。
* 计算可以细分为 - 平行线.
--纯合子
--纯合-snp [最小变量数]
--纯合-kb [最小长度]
--纯合密度 [最大逆密度 (kb/var)]
--纯合间隙 [最大内部间隙kb长度]
--纯合-het [最大het]
--homozyg-窗口-snp 【扫描窗口大小】
--homozyg-窗口-het [扫描窗口命中的最大 het]
--homozyg 窗口缺失 [扫描窗口命中的最大丢失呼叫]
--homozyg 窗口阈值 [最小扫描窗口命中率]
这些命令请求一组纯合子运行报告，并允许您
自定义它们的生成方式。 * 如果您满意所有默认
下面描述的设置，只是
使用 --纯合子 没有修饰符。
除此以外， --纯合子 让你改变一个
一些二进制设置：* 'group{-verbose}' 添加了关于重叠运行池的报告
of
纯合性。
（自动设置时 --纯合匹配 存在。）
* 使用 'group{-verbose}'，'consensus-match' 导致成对分段
根据池共识部分中的变体调用匹配，而不是
比成对交集中的变体。
* 由于扫描窗口算法的工作原理，有可能
据报道，ROH 与一些纯合变体相邻。
'扩展'
如果这不会导致
违反 --纯合密度 边界。
* 默认情况下，segment bp 长度计算为 [end bp position] -
[起始 bp 位置] + 1。
因此，报告通常略有不同
从 PLINK 1.07 开始，最后没有加 1。
用于检测
目的，您可以使用 'subtract-1-from-lengths' 修饰符来应用旧的
式。
* 默认情况下，只运行包含至少 100 个变体的纯合子，
以及总长度 >= 1000 千碱基的记录。
你可以改变这些
最小值与 --纯合-snp 和 --纯合-kb。
* 默认情况下，一个 ROH 平均每 50 kb 必须至少有一个变体；
改变这个绑定 --纯合密度.
* 默认情况下，如果两个连续的变体相距超过 1000 kb，则它们
不能在同一个 ROH 中； 改变这个绑定 --纯合间隙.
* 默认情况下，一个 ROH 可以包含无限数量的杂合调用；
你可以施加一个限制 --纯合-het.
* 默认情况下，扫描窗口包含 50 个变体； 改变这个
--homozyg-窗口-snp.
* 默认情况下，一个扫描窗口命中最多可以包含 1 个杂合子
来电和5个未接来电； 更改这些限制 --homozyg-窗口-het 和
--homozyg 窗口缺失。
* 默认情况下，对于有资格包含在 ROH 中的变体，命中
包含变体的所有扫描窗口的比率必须至少为 0.05； 改变
这个阈值与 --homozyg 窗口阈值.
- 簇
使用成对相似性统计（通常是 IBS）对样本进行聚类。 * '抄送'
修饰符强制每个集群至少有一个案例和一个
控制。
* 'group-avg' 修饰符导致集群基于平均值加入
而不是最小的成对相似度。
* 'missing' 修饰符导致聚类基于
identity-by-missingness 而不是 identity-by-state，并写入一个以空格分隔的
到磁盘的逐个缺失矩阵。
* 'only2' 修饰符只产生一个 .cluster2 文件（这是有效的输入
- 之内) 被写入； 否则将生成另外 2 个文件。
* 默认情况下，IBS 绑定不会以与 PLINK 1.07 相同的方式断开，因此
最终的集群解决方案往往不同。
这通常是无害的。
但是，为了简化测试，您可以使用 'old-tiebreaks' 修饰符来强制
模拟旧算法。
--PCA {数数}
计算方差标准化的关系矩阵（使用
--make-rel/--make-grm-gz/--make-grm-bin 转储它），并提取前 20 个
主要成分。 * 通常最好在标记上执行此计算
设置在
近似连锁平衡。
* 您可以通过传递一个数字参数来更改 PC 的数量。 * '标题'
修饰符将标题行添加到 .eigenvec 输出文件。
（为了兼容同名的 GCTA 标志，默认是没有头的
线。）
* 'tabs' 修饰符导致 .eigenvec 文件被制表符分隔。 * 这
'var-wts' 修饰符请求一个额外的 .eigenvec.var 文件与 PC
表示为变量权重而不是样本权重。
- 邻居 [n1] [n2]
（别名： - 邻居) 报告从每个样本到它们的第 n1 个到的 IBS 距离
第 n2 个最近的邻居、相关的 Z 分数以及这些邻居的身份。
用于异常值检测。
--助理
--助理
- 模型
基础关联分析报告。 给定一个病例/对照表型， --助理
执行 1df 卡方等位基因测试，而 - 模型 执行 4 个其他测试作为
好（1df显性基因作用，1df隐性基因作用，2df基因型，
Cochran-Armitage 趋势）。 * 使用 'fisher'/'fisher-midp'，Fisher 的精确测试是
用于生成
p 值。
'fisher-midp' 也适用兰开斯特的 mid-p 调整。
* 'perm' 导致执行自适应排列测试。 * 'mperm=[值]'
导致具有指定的 max(T) 置换测试
要执行的复制次数。
* 'perm-count' 导致置换测试报告包含计数
的频率。
* '计数' 原因 --助理 报告等位基因计数而不是频率。 *
'set-test' 测试变体集的重要性。 需要排列；
可以定制 --set-p/--set-r2/--set-max。
* 'dom'、'rec'、'gen' 和 'trend' 强制使用相应的测试
作为基础 - 模型 排列。
（默认情况下，最重要的
使用等位基因、显性和隐性测试之间的结果。）
* 'trend-only' 只执行趋势测试。 给定定量
表型， --助理 通常执行 Wald 检验。 * 在这种情况下，'qt-means'
修饰符导致特质手段和标准
还要报告按基因型分层的偏差。
* 'lin' 导致计算 Lin 统计量，并使其成为
多重检验修正和置换检验。
其他几个标志（最值得注意的是， --阿珀姆) 可用于自定义
置换测试。
--嗯
（别名： --cmh)
--bd
--mh2
--同源
给定一个病例/对照表型和一组聚类， --嗯 计算 2x2xK
每个变体的 Cochran-Mantel-Haenszel 统计数据，而 --bd 还执行
优势比同质性的 Breslow-Day 检验。 排列和变体集测试
基于 CMH（默认）或 Breslow-Day（当 'perm-bd' 存在时）统计是
支持的。 以下类似的分析也可用：* --mh2 交换
病例/控制状态和集群成员的角色，
对关联进行表型分层 IxJxK Cochran-Mantel-Haenszel 检验
聚类分配和基因型之间。
* --同源 执行 Breslow-Day 测试的替代方法，基于
卡方统计量的划分。
--gxe {协变量指数}
鉴于定量表型和病例/对照协变量加载
--科瓦尔 定义两组， --gxe 比较来自的回归系数
仅考虑一组成员的回归系数来自
只考虑对方的成员。 默认情况下，第一个协变量
--科瓦尔 文件定义组； 使用例如 '--gxe 3' 将它们基于第三个
而是协变量。
--线性
--物流
一个定量的多协变量关联分析（--线性) 或案例/控制
(--物流) 表型。 通常与 --科瓦尔. *“烫发”通常会导致
要进行的自适应排列测试
主要影响，而 'mperm=[value]' 启动 max(T) 置换测试。
* 'perm-count' 导致置换测试报告包含计数
的频率。
* 'set-test' 测试变体集的重要性。
需要排列；
可以定制 --set-p/--set-r2/--set-max。
*“基因型”修饰符增加了附加效应/优势偏差2df
联合测试（0/1/2 和 0/1/0 编码），而“hethom”使用 0/0/1 和 0/1/0 编码
反而。 如果还要求排列，这些修饰符会导致排列
基于联合测试。
* 'dominant' 和 'recessive' 指定一个模型假设完全支配或
分别为 A1 等位基因的隐性。
* 'no-snp' 导致回归只对表型和
协变量，不参考基因组数据。
如果置换也是
要求，报告所有协变量的结果。
* 'hide-covar' 从报告中删除特定于协变量的行。 * 默认情况下，性别
(male = 1, women = 0) 自动添加为
X染色体变异的协变量，其他地方没有。
“性别”修饰符
导致它被添加到任何地方，而 'no-x-sex' 将它排除在外。
* 'interaction' 将基因型 x 协变量相互作用添加到模型中。
本篇
不能与通常的排列测试一起使用； 用 --测试 定义
置换检验统计量。
* 'intercept' 导致拦截被包含在主报告中。 * 用于物流
回归，“beta”修饰符导致回归
系数而不是要报告的优势比。
* 和 --线性, 'standard-beta' 修饰符使表型标准化
以及所有预测变量在回归前均值和单位方差为零。
- 剂量 [等位基因剂量文件]
- 剂量 [列表文件] 列表
--写剂量
处理（可能是 gzipped）带有变异主要等位基因剂量数据的文本文件。 这个
不能与常规输入文件集一起使用； 相反，您必须*仅*指定一个
.fam 和可能的 .map 文件，您不能指定任何其他命令。 * 链接
2.0 将对基因型概率提供一流的支持。 一个
然后将提供等效的数据导入标志，并且 - 剂量 将退休。
* 默认情况下， - 剂量 假设应该只有一个等位基因剂量文件
已加载。
要指定多个文件，
1. 创建一个每行一个条目的主列表。
通常有两种
此列表支持的格式：每行仅一个文件名，或变体批号
在第一列和第二列中的文件名。
2. 提供该列表的名称作为第一个 - 剂量 范围。 3.添加
“列表”修饰符。
* 默认情况下， - 剂量 假设等位基因剂量文件包含一个标题
行，在第 i+1 列中包含“SNP”，在 i+j+1 列中包含“A2”，在 i+j+2 列中包含“A3”，
并从 i+j+k+4 列开始采样 FID/IID。 （i/j/k 通常为零，但
可以分别用 'skip0'、'skip1' 和 'skip2' 更改。）如果这样的标题
行不存在，* 当所有样本出现的顺序与它们在
.fam 文件，
您可以使用“noheader”修饰符。
* 否则，使用 'sepheader' 修饰符，并附加样本 ID 文件名
到您的“列表”文件条目。
* 'format' 修饰符允许您指定用于
代表每个剂量。
'format=1' 通常表示单个 0..2 A1
预期数量； 'dose1' 将其修改为 0..1 频率。
'格式=2'
（默认）表示 0..1 纯合 A1 似然，后跟 0..1 het
可能性，而“格式= 3”表示 0..1 hom A1、0..1 het、0..1 hom A2。
* 'Zout' 导致输出文件被压缩。 * 通常，关联分析
被执行。 “标准测试版”和
“性”表现得像他们应该的那样 --线性/--物流。
'case-control-freqs' 导致报告病例和对照等位基因频率
分别。
* 有三种交替模式导致关联分析
被跳过。 * 'occur' 请求一个简单的变体发生报告。 *
--写剂量 导致一个与“格式”匹配的简单合并文件
要生成的规范（不包括“dose1”）。
* - 分数 对剂量应用线性评分系统。
- 套索 [h2 估计] {min lambda}
通过 LASSO 回归估计变量效应大小。
你必须提供最近三年内的学校
用于校准回归的可加遗传力估计。 注意这个方法
可能需要非常大的样本量（例如数十万）才能有效
关于复杂的多基因性状。
--测试缺失
使用 Fisher's 检查缺失和病例/对照状态之间的关联
精确测试。 'midp' 修饰符会导致应用兰开斯特的 mid-p 调整。
--make-perm-pheno [克拉]
生成表型排列并将它们写入磁盘，无需调用
关联测试。
--tdt
报告传输不平衡测试统计数据，给定病例/对照表型
和血统信息。 * 在 main 之前执行 Mendel 错误检查
测试； 冒犯
该分析将基因型视为缺失。
* 默认情况下，基本 TDT p 值基于卡方检验，除非
您要求使用“exact”或“exact-midp”进行精确的二项式检验。
* 'perm'/'mperm=[value]' 请求基于家庭的自适应或 max(T)
置换测试。
默认情况下，置换检验统计量是
基本 TDT p 值； 'parentdt1'/'parentdt2' 导致 parenttdt 或组合测试
分别考虑 p 值。
* 'set-test' 测试变体集的重要性。
这个不能用
现在有确切的测试。
'poo' 修饰符会导致执行父源分析，而
考虑来自杂合子父亲和杂合子母亲的传播
分别地。 * 来源的父级分析目前不支持精确
测试。 * 默认情况下，置换检验统计量是绝对的
原始父母测试 Z 分数； 'pat'/'mat' 导致父系或母系 TDT
分别考虑卡方统计量。
--qfam
--qfam-父母
--qfam-之间
--qfam-总计
基于 QFAM 家族的数量性状关联测试。 * 孟德尔错误检查
在主要测试之前进行； 冒犯
该分析将基因型视为缺失。
* 此过程需要排列。
'perm' 和 'perm-count' 有
通常的意思。
但是， 'mperm=[value]' 只是指定了一个固定的数字
排列； 该方法不支持正确的 max(T) 测试。
* 'emp-se' 修饰符添加了 BETA 和 EMP_SE（经验标准误差
beta) 字段添加到 .perm 输出文件。
- 注释 【PLINK报告】
向基于变体的 PLINK 报告添加注释。
这需要一个
注释源： * 'attrib=[file]' 指定（可能是 gzipped）属性文件。
* 'ranges=[file]' 指定基因/范围列表文件。 （两种源类型都可以
同时指定。）还支持以下选项：*
'filter=[file]' 仅导致文件中范围之一内的变体
纳入新报告。
* 'snps=[file]' 导致只包含在文件中命名的变体
新报告。
* 'NA' 修饰符导致未注释的变体具有 'NA' 而不是 '.'
在新报告的 ANNOT 列中，而 'prune' 修饰符将它们排除在外
完全。
* 'block' 修饰符用 0/1 编码替换单个 ANNOT 列
每个可能的注释的列。
* 使用“范围”，
* 'subset=[file]' 导致只有在子集文件中命名的区间
从范围文件加载。
* 间隔注释通常带有带括号的带符号距离
到区间边界（如果变量位于区间内，则为 0；这是
总是真的没有 - 边界）。 可以使用“最小”修饰符排除它们。
* 'distance' 修饰符添加了 'DIST' 和 'SGN' 列描述有符号
到最近间隔的距离。
* 什么时候 --p过滤器 存在，高 p 值被过滤掉。
- 丛 [PLINK 报告文件名...]
使用“SNP”和 p 值列处理关联分析报告，组织
基于 LD 的团块的结果。 多个文件名可以用空格或
逗号。
--基因报告 [PLINK 报告] [基因范围文件]
从基于变异的报告生成基于基因的报告。 * 什么时候 --p过滤器 is
目前，高 p 值被过滤掉。 * 什么时候 - 提炼 （没有“范围”）是
目前，只有在
- 提炼 文件被考虑。
--元分析 [PLINK 报告文件名...]
--元分析 [PLINK 报告文件名...] +
使用“SNP”和“SE”对多个基于变异的报告进行荟萃分析
领域。 * 通常，每个输入中还必须存在“OR”优势比字段
文件中。
使用“logscale”、“BETA”对数赔率值/回归系数
是预期的，但生成的报告仍将包含优势比
估计。 对于 'qt'，输入和输出值都是回归 beta。
* 通常还需要“CHR”、“BP”和“A1”字段。
“无地图”原因
它们都被忽略，而“无等位基因”只会导致“A1”被忽略。
* 如果存在“A2”字段，并且“no-map”和“no-alele”都不是
指定，A1/A2 等位基因翻转处理正确。
否则，A1
不匹配被抛出。
*“研究”导致研究特定的影响估计被整理在
元分析报告。
* 'report-all' 导致只存在于单个输入文件中的变体
纳入荟萃分析报告。
* 'weighted-z' 请求基于 Z 分数的加权 p 值（由
Abecasis Lab 的 METAL 软件）以及通常的基于逆方差的
分析。 这需要 P 和有效样本大小字段。
* 什么时候 - 提炼 （没有“范围”）存在，只有在
- 提炼 文件被考虑。
* 除非指定了“no-map”，否则染色体过滤器也受到尊重。
--快速上位
--上位性
扫描上位相互作用。
--快速上位 检查 3x3 接头
基因型计数表，仅适用于病例/对照表型，而
--上位性 执行线性或逻辑回归。 * 默认情况下， --快速上位
使用基于 PLINK 1.07 等位基因的测试。 二
现在支持更新的测试：'boost' 调用引入的似然比测试
万 X 等人。 (2010) BOOST：检测基因-基因相互作用的快速方法
在全基因组病例对照研究中，而“联合效应”应用联合
Ueki M, Cordell HJ (2012) 中引入的效果测试改进了统计
全基因组相互作用分析。
* 原本的 --快速上位 测试通常应用方差和
Ueki 和 Cordell 的论文建议的空单元格更正。
禁用
他们，使用'no-ueki'修饰符。
* 'case-only' 要求只进行案例而不是案例/对照测试。 * 默认情况下，
测试整个基因组中的所有变体对。
要仅测试单个集合中的变体对，请添加“set-by-set”修饰符
并准确加载一组 - 放/--make-set; 刚好装了两套，全部
一组中的变体针对另一组中的所有变体进行测试。 '全部设置'
而是针对整个基因组测试一组中的所有变体。
* 'nop' 从主报告中去除 p 值。 * 这些计算可以是
细分为 - 平行线; 然而...
--上位-摘要-合并 [通用文件前缀] [ct]
当 --{fast-}上位工作细分为 - 平行线，主报表可以是
通过以通常的方式应用 Unix 'cat' 在最后组装，但是
.summary.1, .summary.2, ... 文件可能需要专门的合并。
--上位-摘要-合并 照顾后者。
--双位点 [变体 ID] [变体 ID]
双基因座联合基因型计数报告。
- 分数 [文件名] {i} {j} {k}
对每个样本应用线性评分系统。 输入文件应该只有一行
每个评分变体。 从#i 列读取变体 ID，读取等位基因代码
从列#j 中读取分数，从列#k 中读取分数，其中 i 默认为 1, j
默认为 i+1，k 默认为 j+1。 * 'header' 修饰符导致第一个
输入文件的非空行
被忽视； 除此以外， - 分数 假设没有标题行。
* 默认情况下，最终分数是有效的每个变体分数的平均值。
'sum' 修饰符导致报告总和。
（这不能
与“无均值插补”一起使用。
为了向后兼容，'sum' 是
除非指定了“no-sum”，否则自动打开剂量数据。）
* 默认情况下，未命名等位基因的副本对得分的贡献为零，而
缺失的基因型贡献的数量与加载的成正比（通过 --读取频率)
或推算的等位基因频率。 丢弃丢失的观察结果（减少
发生这种情况时最终平均值的分母），使用
“无均值插补”修饰符。
* 或者，您可以使用“中心”修饰符将所有分数转移到
均值为零。
* 此命令可用于剂量数据。
默认情况下，“CNT”列
在这种情况下，从输出文件中省略； 使用“include-cnt”来保留它。 还，
请注意，分数乘以 0..1 剂量，而不是 0..2 二倍体等位基因计数，
除非存在“双剂量”修饰符。
--写入变量范围 [块ct]
将这组变体分成大小相等的块。
（可与
--snps 将作业拆分到多台机器上。）
支持以下其他标志。 （操作顺序在
https://www.cog-genomics.org/plink2/order .)
- 脚本 [fname] ：包括文件中的命令行选项。
--重新运行 {日志}
：重新运行日志中的命令（默认为“plink.log”）。
- 版
: 退出前只显示版本号。
- 沉默的
: 禁止输出到控制台。
--gplink
: 保留用于与 gPLINK 的互操作。
--缺失基因型 [char] : 设置缺失的基因型代码（通常为“0”）。
--双ID
：将 FID 和 IID 都设置为 VCF/BCF 样本 ID。
--const-fid {ID}
：将所有 FID 设置为给定的常量（默认为“0”）。
--id-delim {d}
：将样本 ID 解析为 [FID][d][IID]（默认 delim '_'）。
--vcf-idspace-to [c] : 将样本 ID 中的空格转换为给定的字符。
--双等位基因 ：跳过带有 2+ alt 的 VCF 变体。 等位基因。
--vcf-最小质量 [价值]
：跳过低/缺少 QUAL 的 VCF 变体。
--vcf-过滤器 {例外...}
: 跳过有 FILTER 失败的变体。
--vcf-要求-gt
: 跳过没有 GT 字段的变体。
--vcf-min-gq [价值]
：当 GQ 低于给定阈值时，不调用基因型。
--vcf-min-gp [价值]
：当 0-1 缩放 GP 低于给定阈值时，不调用基因型。
--vcf-半呼叫 [米]
: 指定如何 '0/.' 并且应该处理类似的 VCF GT 值。 下列
支持三种模式： * 'error'/'e'（默认）错误输出并报告第 # 行。
* 'haploid'/'h' 将它们视为单倍体调用。 * 'missing'/'m' 将它们视为
失踪。
--牛津单chr [chr nm] : 指定单染色体 .gen 文件
可忽略的第一列。
--牛津现象名称 [col nm] ：从 .sample 文件导入命名表型。
--硬调用阈值 [价值]
: 当牛津格式的文件集被加载时，调用
--硬调用阈值 随机
不确定性水平大于 0.1 的情况通常被视为缺失。 你可以
通过提供一个数字参数来调整这个阈值，或者随机化所有调用
'随机的'。
--缺少代码 {string list} : 逗号分隔的缺失表型列表
（别名： --缺少代码)
牛津格式文件集的值（定义为“NA”）。
--模拟-ncases [数量]
：设置 - 模拟 案例计数（默认 1000）。
--模拟-ncontrols [n]的
：设置 - 模拟 控制计数（默认 1000）。
--模拟流行 [p] : 设置 - 模拟 疾病流行率（默认 0.01）。
--模拟-n [数量]
：设置 --模拟-qt 样本计数（默认 1000）。
--模拟标签 [前缀] : 设置 - 模拟{-qt} FID/IID 名称前缀。
--模拟缺失 [频率] : 设置 - 模拟{-qt} 缺少基因型频率。
--允许额外字符
: 允许无法识别的染色体代码。 '0'
（别名： --aec)
修饰符使它们被视为已设置为零。
--chr-设置 [常染色体ct] ：
指定一个非人类染色体集。
第一个参数设置数量
如果为阳性，则为二倍体常染色体对，如果为阴性，则为单倍体染色体。 给定的
二倍体常染色体，其余修饰符表示不存在命名的
非常染色体。
- 奶牛/--dog/--horse/--mouse/--rice/--sheep ：这些物种的快捷方式。
--常染色体编号 [值]
: '--chr-set [value] no-y no-xy no-mt' 的别名。
--cm-地图 [fname pattern] {chr} : 使用 SHAPEIT 格式的重组图来设置
厘摩职位。 要处理多条染色体，请在
第一个参数所在的铬。 号码所属，例如
'generic_map_chr@_combined_b37.txt'.
--零厘米
：将厘摩头寸归零。
--现象 [名称]
: 从指定文件加载表型数据，而不是使用文件中的值
主输入文件集。
--全苯酚
：对于基本关联测试，循环遍历所有表型 --现象 文件中。
--苯酚 [n]的
: 从列 (n+2) 中加载表型 --现象 文件中。
--现象名称 [c] : 如果 --现象 文件有一个标题行，使用列
给定的名称。
--现象合并
: 当主输入文件集包含样本的表型值，但
--现象 文件没有，使用原始值而不是将表型视为
失踪。
--缺失表型 [v] : 设置缺失的表型值（通常 -9).
- 1 ：期望病例/对照表型编码为 0 = 对照，1 = 病例，而不是
通常的 0 = 缺失，1 = 控制，2 = 病例。
--make-pheno [fn] [val] ：定义新的病例/对照表型。
如果 val 参数是“*”，则给定文件中列出的所有样本都是案例，并且
其他人都是控制。 （注意，在某些 shell 中，需要
用引号将 * 括起来。）否则，所有具有第三列条目的样本都相等
val 参数是 case，文件中提到的所有其他样本都是
控制。
--尾苯酚 [Lt] {Hbt}：将标量表型下编码为病例/对照
表型。 所有表型值大于 Hbt 的样本均为病例，所有
小于或等于 Lt 的值是对照。 如果未指定 Hbt，则为
等于 Lt; 否则，中间表型值设置为缺失。
--科瓦尔 [文件名] : 指定协变量文件。
--covar 名称 [...]
: 指定协变量 --科瓦尔 按名称文件。 用多个名称分隔
空格或逗号，并使用破折号指定范围。
--covar-编号 [...]
: 指定协变量 --科瓦尔 按索引文件。
--无常量协变
: 排除常数协变量。
- 之内 [F]
：指定初始集群分配。
--mwithin内 [n]的
：从第 n+2 列加载集群分配。
- 家庭
：为每个家庭 ID 创建一个集群。
--循环关联 [F]
：为每个集群运行一次指定的案例/控制关联命令
文件，使用集群成员作为表型。
- 放 [文档名称]
：从 .set 文件加载集。
--设置名称 [姓名...]
: 仅加载在命令行上命名的集。 使用空格分隔多个名称。
--子集 [文档名称]
: 仅加载在给定文本文件中命名的集合。
--设置折叠全部 [集合名称]：合并所有集合。
--补集
: 反转所有集合。 （名称获得“C_”前缀。）
--make-set-complement-all [s]： --设置折叠全部 + 反转。
--make-set [文档名称]
：从命名的 bp 范围列表中定义集合。
--make-设置边框 [知识库]
: 拉伸区域 --make-set 文件中。
--make-set-collapse-group
: 从组中定义集合而不是从集合中定义 --make-set 文件中。
- 保持 [文档名称]
: 排除文件中未命名的所有样本。
- 消除 [文档名称]
: 排除文件中命名的所有样本。
--保持家庭 [filename] ：排除文件中未命名的所有族。
--删除-fam [名称]
：排除文件中命名的所有族。
- 提炼 [f] ：排除文件中未命名的所有变体。
- 排除 [f] ：排除文件中命名的所有变体。
--保持集群 [文档名称]
: 这些可以单独使用或在
--保留集群名称 [姓名...]
组合定义要保留的集群列表； 所有样本不在一个集群中
然后排除该列表。 使用空格分隔集群名称
--保留集群名称.
--删除簇 [文档名称]
: 排除文件中命名的所有簇。
--删除集群名称 [name(s)...] ：排除命名集群。
- 基因 [sets...] ：排除不在命令行中命名的集合中的变体。
（用空格分隔多个集合名称。）
--基因全部
: 排除不属于任何集合的变体。 （PLINK 1.07 自动做了
这在某些情况下。）
--属性 [f] {att lst} ：给定一个为变体分配属性的文件，以及一个
--attribu-indiv [F A}
属性名称的逗号分隔列表（没有空格），删除
文件中缺少或没有任何变体/样本
列出的属性。 如果列表中的某些属性名称以“-”开头，则它们
被视为“否定匹配条件”：至少具有一个的变体
否定匹配属性被删除。 列表中的第一个字符不能是
'-'，由于命令行解析的工作方式； 在前面加一个逗号来绕过
本。
--chr [字符...]
：排除所有不在给定染色体上的变异。 人类的有效选择
是 0（未放置）、1-22、X、Y、XY 和 MT。 将多个染色体分开
空格和/或逗号，并使用破折号（不允许相邻的空格）来表示
范围，例如'--chr 1-4, 22, xy'。
--非字符 [...]
: 反转 --chr （排除所列染色体上的变异）。
--常染色体
：排除所有非常染色体变异。
--常染色体-xy
: 排除所有非常染色体变异，染色体代码为 XY 的变异除外
（X 的假常染色体区域）。
--仅snps ：排除具有多字符等位基因代码的变体。
- 从 [变量 ID]
：使用 ID(s) 指定要加载的变体范围。 使用时
- 到 [var ID] 在一起，两个变体必须在同一条染色体上。
--snp [var ID] ：指定要加载的单个变体。
--排除-snp [] ：指定要排除的单个变体。
- 窗户
[kbs] : 与 --snp or --排除-snp, 加载/排除一半内的所有变体
指定的 kb 距离。
--来自-bp [位置]
：使用物理位置来定义变量范围以
--to-bp
[位置] 负载。 --来自-kb/--to-kb/--from-mb/--to-mb 允许十进制
--来自-kb [位置]
值。 您还必须指定一条染色体（使用
--to-kb
[pos] 例如 --chr) 使用这些标志时。
--来自-mb [位置]
- 墓
[位置]
--snps [变量 ID...]
：使用 ID 指定要加载的变体范围或
--排除-snps [...]
排除。 例如'--snps rs1111-rs2222、rs3333、rs4444'。
- 薄的 [P]
：随机删除变体，保留每个变体。 p.
--细数 [n] ：随机删除变体，直到剩下 n 个变体。
--bp-空间 [bps] : 删除变体，使每一对不比
给定 bp 距离。 （相当于 VCFtools - 薄的.)
--瘦个体 [P]
：随机移除样本，保留概率。 p.
--thin-indiv-count [n]的
: 随机移除样本，直到剩下 n 个样本。
- 筛选 [f] [val(s)...] ：排除所有没有第 3 列条目的样本
匹配给定空格分隔值之一的给定文件。
--过滤器 [n]的
: 匹配第 (n+2) 列。
--基因组 {值}
：排除缺失调用频率大于阈值的变体（默认
0.1）。 （请注意，默认阈值仅适用于 --基因组 被调用
没有参数； 什么时候 --基因组 没有被调用，没有每个变体的缺失调用
频率上限是强制执行的。 其他包含/排除默认阈值
以同样的方式工作。）
- 头脑 {值}
：排除缺失调用频率大于阈值的样本（默认
0.1）。
--义务缺失 [f1] [f2] ：指定缺失基因型调用的块
--基因组/--介意忽略。 第一个文件应该在第一个中包含变体 ID
第二个文件中的列和块 ID，而第二个文件中应该有 FID
第一列，第二列是 IID，第三列是区块 ID。
- 修剪
：删除缺少表型的样本。
--maf {频率}
：排除次要等位基因频率低于阈值的变异（默认
0.01）。
--最大maf [频率]
：排除 MAF 大于阈值的变体。
- 苹果电脑 [克拉]
: 排除次要等位基因计数低于
（别名： --min-ac)
给定的阈值。
--最大-mac [克拉]
: 排除次要等位基因计数大于
（别名： --最大交流)
给定的阈值。
--maf-成功
：继承 MAF 估计规则（在 EIGENSOFT 中使用）。 给定 j 个观察值
一个等位基因和另一个等位基因的 k >= j 个观察值，推断 (j+1) / (j+k+2) 的 MAF，
而不是默认的 j / (j+k)。
--读取频率 [fn] : 根据给定的估计 MAF 和杂合子频率
--频率{x} 报告，而不是输入文件集。
——惠 [p] : 使用 Hardy-Weinberg 排除变体
平衡精确测试 p 值低于阈值。
- 我 [电视] ：过滤掉具有孟德尔错误的三重奏和变种
率超过给定的阈值。
--我排除一个 {比例}：制作 - 我 每三人只排除一个样本。
--质量分数 [f] {qcol} {IDcol} {skip} ：过滤掉变体
超出范围的质量分数。 默认范围现在是 [0, \infty )。
--质量阈值 【最低分】
：设置 --质量分数 范围地板。
--qual-max-阈值 【最高分】
：设置 --质量分数 范围上限。
--禁止性行为
：不要将性别不明确的样本视为在分析中缺少表型
命令。 （自动的 /w --无性别.)
--必须做爱
: 强制不明确的性别表型缺失
--整理床铺/--make-just-fam/--recode/--write-covar。
--过滤器案例
：仅包括当前分析中的案例。
--过滤器控制
: 仅包括控件。
--filter-男性
: 只包括男性。
--filter-女性
: 只包括女性。
--filter-创始人
: 只包括创始人。
--过滤器非创始人 ：仅包括非创始人。
--非创始人
：在等位基因频率/HWE 计算中包括非创始人。
--make-创始人 : 清除那些父母的身份证
缺少 1 个以上的父母。
--重新编码等位基因 [fn] : 与 --重新编码 A/A-转置/AD，计算命名的等位基因
文件（否则始终计算 A1 等位基因）。
--输出-chr [MT code] : 在输出文件中设置染色体编码方案
提供所需的人类线粒体代码。 （选项为“26”、“M”、“MT”、
'0M'、'chr26'、'chrM' 和 'chrMT'。）
--output-missing-基因型 [ch] : 设置用于表示缺失的代码
输出文件中的基因型（通常是 --缺失基因型 值）。
--输出缺失表型 [s] : 设置用于表示缺失的字符串
输出文件中的表型（通常是 --缺失表型 值）。
--零集群 [f] : 结合 - 之内/--family，设置块
基因型调用缺失。 输入文件的第一个应该有变体 ID
第二个中的列和集群 ID。 这现在必须与 --整理床铺 和不
其他输出命令。
--set-hh-缺失 ： 原因 --整理床铺 和 --重新编码 设置杂合单倍体
基因型缺失。
--split-x [bp1] [bp2] : 改变所有X染色体的染色体代码
--split-x [建造]
bp 位置 <= bp1 或 >= bp2 到 XY 的变体。 以下构建代码是
支持简写：* 'b36'/'hg18' = NCBI 36, 2709521/154584237 * 'b37'/'hg19'
= GRCh37, 2699520/154931044 * 'b38'/'hg38' = GRCh38, 2781479/155701383 默认情况下，
当没有变体受到影响时，PLINK 会出错 --split-x; '不失败'
修饰符（在脚本中很有用）覆盖了它。
--合并-x
: 将 XY 染色体与 X 合并。
--让我失踪
： 原因 --整理床铺 将孟德尔错误设置为缺失。
--填充缺失-a2 ： 原因 --整理床铺 将所有丢失的电话替换为
纯合 A2 调用。
--set-missing-var-ids [T]
: 给定一个带有“@”的模板字符串，染色体代码应该放在那里，“#”
bp坐标所属的地方， --set-missing-var-ids 分配
未命名变体的基于染色体和 bp 的 ID。 您也可以使用“$1”和“$2”来
引用模板字符串中的等位基因名称，实际上这变得必不可少
当多个变体共享相同的坐标时。
--new-id-最大等位基因长度 [n] : 指定最大前导字符数
从等位基因名称包含在新的变体 ID 中（默认为 23）。
--缺少变量代码 [string] ：更改未命名的变体代码（默认为“.”）。
--更新字符
[f] {chrcol} {IDcol} {skip} ：更新变异染色体代码。
--更新-厘米
[f] {cmcol} {IDcol} {skip} ：更新厘摩位置。
--更新地图
[f] {bpcol} {IDcol} {skip} ：更新变体 bp 位置。
--更新名称 [f] {newcol} {oldcol} {skip} ：更新变体 ID。
--更新等位基因 [fname] : 更新变异等位基因代码。
--等位基因1234 ：将 A/C/G/T 等位基因解释/重新编码为 1/2/3/4。
使用 'multichar'，将等位基因名称中的所有 A/C/G/T 转换为 1/2/3/4s。
--等位基因ACGT : 反转 --等位基因1234.
--更新ID [F]
：更新样品 ID。
--更新-父母 [f] : 更新家长 ID。
--更新性别 [f] {n} : 更新性别。
性别（1 或 M = 男性，2 或 F = 女性，0 = 缺失）从第 n+2 列加载
（默认 n 为 1）。
- 翻动 [文档名称]
: 翻转文件中 SNP ID 的等位基因 (A<->T, C<->G)。
--翻转子集 [fn]
: 只适用 - 翻动 到样品 --翻转子集 文件中。
--翻转扫描窗口 [ct+1] : 设置 --翻转扫描 最大变异 ct dist. （定义。10）。
--翻转扫描窗口-kb [x] : 设置 --翻转扫描 最大 kb 距离（默认 1000）。
--翻转扫描阈值 [x] : 设置 --翻转扫描 最小相关性（默认 0.5）。
--保持等位基因顺序
: 保持 .bim 文件中定义的等位基因顺序，
--real-ref-等位基因
而不是强制 A2 成为主要等位基因。 --real-ref-等位基因 还删除了“公关”
从发出的 INFO 值 --重新编码 vcf{-fid/-iid}。
--a1-等位基因 [f] {a1col} {IDcol} {skip} ：将文件中的等位基因强制为 A1。
--a2-等位基因 [文件名] {a2col} {IDcol} {skip} :
将文件中的等位基因强制为 A2。
("--a2-等位基因 [VCF 文件名] 4 3 '#'",
它从 VCF 文件中抓取参考等位基因分配，特别有用。）
--indiv-排序 [m] {f} : 指定 FID/IID 排序顺序。
支持以下四种模式： * 'none'/'0' 保持采样顺序
他们是
已加载。
非合并操作的默认值。
* 'natural'/'n' 调用 'natural sort'，例如
'id2' < 'ID3' < 'id10'。 合并时默认。
* 'ascii'/'a' 按 ASCII 顺序排序，例如
'ID3' < 'id10' < 'id2'。
* 'file'/'f' 使用给定文件中的顺序（命名为
在第二个参数中）。
目前，仅 - 合并/--bmerge/--merge-list 和
--整理床铺/--make-just-fam 尊重这个标志。
--with-表型 ：包括更多示例信息
在新的 .cov 文件中。
--虚拟编码 {N} : 拆分分类变量（n 个类别，
2 < n <= N，默认 N 为 49) 写入协变量时转换为 n-1 二进制虚拟变量
文件中。
--合并模式 [n]的
： 调整 --{b}merge/--merge-list 基于数字代码的行为。 1（默认）=
忽略未接来电，否则不同
-> 失踪
2 = 仅覆盖最初丢失的调用 3 = 仅在非丢失时覆盖
新文件 4/5 = 从不覆盖和始终覆盖，分别为 6 = 报告所有
不合并的不匹配调用 7 = 报告不匹配的非缺失调用而不合并
合并
--合并等于位置
：与 - 合并/--bmerge/--merge-list，合并名称不同的变体但
相同的位置。 （例外：相同位置的染色体代码 0 变体不是
合并。）
--孟德尔二重奏
：使 Mendel 错误检查考虑数据集中只有一个父级的样本。
--孟德尔多根
：让 Mendel 错误检查考虑（伟大的）祖父母基因型
基因型数据缺失。
--ld-窗口 [ct+1] : 设置 --r/--r2 最大变体 ct 成对距离（通常为 10）。
--ld-窗口-kb [x] : 设置 --r/--r2 最大 kb 成对距离（通常为 1000）。
--ld-窗口-r2 [x] : 设置阈值 --r2 报告包含（通常为 0.2）。
--ld-snp [变量 ID]
: 设置第一个变体 --r/--r2 对。
--ld-snps [vID...] : 先限制 --r/--r2 给定范围的变体。
--ld-snp-列表 [F]
: 先限制 --r/--r2 变量。 到文件中命名的那些。
--列出全部
: 使用时生成'all'模式报告 --显示标签 在文件模式下。
--标签-kb [知识库]
：设置 --显示标签 最大标签 kb 距离（默认 250）。
--标签-r2 [价值]
：设置 --显示标签 最小标签 r 平方（默认 0.8）
--标签模式2
: 使用两列 --显示标签 （文件模式）I/O 格式。
--ld-xchr [代码]
: 设置 Xchr 模型 --独立{-成对}， --r/--r2, --翻转扫描及 --显示标签。 1
（默认）= 男性编码 0/1，女性 0/1/2（A1 剂量） 2 = 男性编码 0/2 3 =
男性编码为 0/2，但女性给予双重加权
--块-最大-kb [知识库]
：设置 --块 最大单倍体跨度（定义 200）。
--blocks-最小-maf [隔断]
： 调整 --块 MAF 最小值（默认 0.05）。
--blocks-strong-lowci [X]
：设置 --块 “强 LD” CI 阈值（默认值
--blocks-strong-highci [X]
0.70和0.98）。
--blocks-recomb-highci [x] ：设置“重组”CI 阈值（默认为 0.90）。
--blocks-通知-frac [X]
：强制单倍体 [强 LD 对]：[总信息对] 比率更大
比这个值（默认 0.95）。
--距离-wts 经验=[x]
：计算基因组距离时，为每个变异分配一个权重（2q（1-q））^{-x}，
其中 q 是加载或推断的 MAF。
--读取距离 [dist file] {id file} : 加载一个三角二进制距离矩阵
而不是从头开始重新计算。
--ppc-差距 [价值]
：信息标记对之间的最小碱基对数（以千计）
所用 --基因组 PPC 测试。 如果未指定，则为 500。
--分钟 [隔断]
: 指定包含在的最小 PI_HAT --基因组 报告。
- 最大限度 [隔断]
: 指定包含在的最大 PI_HAT --基因组 报告。
--纯合匹配 [] : 设置联合纯合子的最小一致性
要声明的成对等位基因匹配的变体。
--池大小 [克拉]
：在“--homozyg group”报告中设置池的最小大小。
--读取基因组 [fn] : 加载 --基因组 报告 - 簇/--邻居，而不是
从头开始重新计算 IBS 和 PPC 测试 p 值。
--ppc [p-值]
：指定集群内的最小 PPC 测试 p 值。
--mc [最大尺寸]
: 指定最大簇大小。
--MCC [c1] [c2]
：指定每个集群的最大案例和控制计数。
--K [分钟数]
: 指定最小簇数。
--IBM [价值]
：指定最小的缺失标识。
- 比赛 [f] {mv} ：使用协变量值来限制聚类。
没有 - 比赛类型，如果所有协变量，两个样本只能在同一个集群中
比赛。 可选的第二个参数指定要视为的协变量值
失踪。
- 比赛类型 [f] : 细化解释 - 比赛 文件中。
- - 比赛类型 文件应该是一行，其中的条目数与
- 比赛 文件有协变量； “0”条目指定“否定匹配”（即样本
具有相同的协变量值不能在同一个集群中），“1”条目指定
“正匹配”（默认）和“-1”导致相应的协变量为
忽略了。
--qmatch [f] {m} ：强制集群的所有成员具有相似的
--qt [名称]
定量协变量值。 这 --qmatch 文件包含协变量值，
而 --qt 文件是一个非负公差列表（和“-1”的标记
协变量跳过）。
--pca 集群名称 [...] ：这些可以单独使用或组合使用
--pca-集群 [名称]
定义要在基本中使用的集群列表 --PCA 计算。
(--pca 集群名称 需要一个以空格分隔的集群名称序列，而
--pca-集群 需要一个文件，每行有一个簇名称。）所有样本外
然后这些集群将被投影到计算出的 PC 上。
--mds-绘图 [变暗] ：
多维尺度分析。
要求 - 簇.
- 细胞 [阈值]
: 略过一些 - 模型 测试列联表条目何时小于给定
阈。
- 健康）状况 [变量 ID] : 添加一个变体作为 --线性
or --物流 协变量。
--条件列表 [F] : 添加文件中命名的变体
as --线性/--物流 covs。
- 参数 [...]
: 只包括给定的协变量/相互作用 --线性/--物流模型，
由基于 1 的索引和/或它们的范围的列表标识。
--测试 {...} ：对指定的术语执行（联合）测试
--线性/--logistic 模型，由基于 1 的索引和/或它们的范围标识。 如果
要求排列，它基于此测试。 * 请注意，当
- 参数 也存在，
索引是指修剪后剩余的术语
- 参数.
* 您可以使用“--tests all”来包含所有术语。
--vif [最大 VIF]
: 设置 VIF 阈值 --线性 多重共线性检查（默认 50）。
--xchr-模型 [code]：设置X染色体 --线性/--物流模型。
0 = 跳过性别和单倍体染色体 1（默认）= 添加性别作为 X 的协变量
染色体 2 = 编码男性基因型 0/2 而不是 0/1 3 = 测试相互作用
基因型和性别之间
--lasso-select-covars {cov(s)...} ：将部分或所有协变量置于 LASSO 中
型号选择。
- 调整
：报告一些多次测试更正。
--拉姆达 [价值]
: 设置基因组控制 lambda - 调整.
--ci [尺寸]
：报告优势比的置信区间。
--p过滤器 [价值]
：过滤掉具有较高 p 值的关联测试结果。
--阿珀姆 [min perms - 1] {max perms} {alpha} {beta} {init interval} {slope} ：
设置多达六个参数来控制自适应排列测试。 * 前两个
控制最小和最大排列数
可以针对每个变体运行； 默认值为 5 和 1000000。
* 接下来的两个控制提前终止条件。
A
为每个经验 p 值计算 100% * (1 - beta/2T) 置信区间，
其中 T 是变体的总数； 每当此置信区间不
包含 alpha，该变体免于进一步的排列测试。 默认
值为 0 和 1e-4。
* 检查提前终止条件时的最后两个控制。
If
检查发生在排列 #p，下一次检查发生在 [slope]p + [init
间隔]更多排列（向下取整）。 默认初始间隔为 1，并且
默认斜率为 0.001。
--perm-保存
: 保存最好的 max(T) 置换测试统计量。
--perm-保存-所有 : 保存所有 max(T) 排列测试统计信息。
--set-p [p-值]
：调整集测试显着变量 p 值上限（默认 0.05）。
--设置-r2 {v}
：调整集测试显着变体成对 r^2 上限（默认 0.5）。 '写'
导致违规对被转储到 {output prefix}.ldset。
--设置最大 [克拉]
：调整每组考虑的显着变体的最大集合测试数量（默认为 5）。
--设置测试-lambda [v] ：为集合测试指定基因组控制校正。
- 边界 [知识库]
： 延长 - 注释 给定 # kbs 的范围间隔。
--annotate-snp-字段 [nm] : 设置 - 注释 变体 ID 字段名称。
--clump-p1 [pval] : 设置 - 丛 索引变量p 值上限（默认为 1e-4）。
--clump-p2 [pval] : 设置 - 丛 次要 p 值阈值（默认为 0.01）。
--clump-r2 [r^2]
：设置 - 丛 r^2 阈值（默认 0.5）。
--clump-kb [知识库]
：设置 - 丛 kb 半径（默认 250）。
--clump-snp-字段 [无...]
：设置 - 丛 变体 ID 字段名称（默认为“SNP”）。 具有多个字段名称，
较早的名称优先于较晚的名称。
--丛场 [姓名...]
：设置 - 丛 p 值字段名称（默认为“P”）。
--clump-allow-重叠
：让 - 丛 非索引变量。 加入多个团块。
--clump-详细
: 请求延长 - 丛 报告。
--clump-注释 [hdr...] : 包括命名的额外字段 --clump-详细 和
--最佳丛集 报告。 （字段名称可以用空格或逗号分隔。）
--丛集范围 [文档名称]
：报告团块和区域之间的重叠。
--clump-range-边界 [kb] : 拉伸区域 --丛集范围 文件中。
--丛索引优先
： 提炼 - 丛 索引变量仅从第一个文件。
--clump-复制
：从仅一个文件中排除包含次要结果的团块。
--最佳丛集
: 报告每个的最佳代理 - 丛 索引变量
--元分析-snp-字段 [n...] : 设置 --元分析 变体 ID，A1/A2
--meta-analysis-a1-字段 [无...]
等位基因、p 值和/或有效样本
--meta-analysis-a2-字段 [无...]
大小字段名称。 默认值为“SNP”，
--元分析-p-field [无...]
'A1'、'A2'、'P' 和 'NMISS'，
--meta-analysis-ess-字段 [无...]
分别。 当给这些标志提供多个参数时，较早的名称
优先于后面的。 请注意，如果病例数和对照数
是不平等的，有效样本量应该是
4 /（1/[# 个案例] + 1/[# 个控件]）。
--元分析报告-dups
：当一个变体在同一个文件中多次出现时，报告。
--基因列表边界 [知识库]
： 延长 --基因报告 区域按给定的 kbs #。
--基因子集 [文档名称]
: 指定基因名称子集 --基因报告.
--gene-report-snp-字段 [] ： 放 --基因报告 变体 ID 字段名称（默认
'SNP'）。 仅与 - 提炼.
- 差距 [知识库]
：设置“--fast-epistasis case-only”分钟。 间隙（默认 1000）。
--epi1 [p 值] : 设置 --{fast-}上位性报告阈值（默认
5e-6 表示“提升”，1e-4 否则）。
--epi2 [p-value] ：设置对 SIG_E 计数做出贡献的阈值（定义为 0.01）。
--je-cellmin [n] ：设置每 3x3x2 意外事件所需的观察次数
用于联合效应测试的表格单元格（默认为 5）。
--q-score-范围 [范围文件] [数据文件] {i} {j} ：
入学申请 - 分数 到基于例如的主要分数列表中的变体子集
p 值范围。 * 第一个文件的第一列应该有范围标签，
p-值
第二列的下限和第三列的上限。 线
第二列或第三列中的条目或非数字值太少，是
忽略了。
* 第二个文件应包含每个变体 ID 和 p 值
非空行（可能除了第一行）。
变体 ID 是从
#i 列和 p 值从 #j 列中读取，其中 i 默认为 1 和 j
默认为 i+1。 'header' 修饰符导致此文件的第一个非空行
被跳过。
- 平行线 [k] [n] : 将输出矩阵分成n块，只计算
第k块。 主要输出文件将包含件号
名称，例如 plink.rel.13 或 plink.rel.13.gz 如果 k 是 13。连接这些文件
为了将产生完整的兴趣矩阵。 （是的，这可以在之前完成
解压。）NB 这个一般不能用来直接写一个对称的
方阵。 改为选择 square0 或三角形形状，并进行后处理
必要。
- 记忆 [价值]
：设置初始工作区 malloc 尝试的大小（以 MB 为单位）。 （实际上是强制性的
使用 GNU 并行时。）
--线程 [价值]
: 设置最大并发线程数。 这有一个已知的限制：一些
BLAS/LAPACK 线性代数运算是多线程的，PLINK 不能
控制。 如果这是有问题的，您应该针对单线程重新编译
BLAS/LAPACK。
--d [字符]
：更改变量/协变量范围分隔符（通常为“-”）。
- 种子 [价值...]
：设置随机数种子。 每个值必须是介于 0 和
4294967295 包括在内。
--perm-批量大小 [val] ：为某些设置每批次的排列数
置换测试。
--输出-最小-p [p] ：指定要写入报告的最小 p 值。
-调试
：使用更慢、更抗崩溃的日志记录方法。
主要方法论文：Chang CC、Chow CC、Tellier LCAM、Vattikuti S、Purcell SM、Lee JJ
(2015) 第二代 PLINK：迎接更大更丰富数据集的挑战。
超级科学，4。
如需更多文档和支持，请参阅主网页
（https://www.cog-genomics.org/plink2）和/或邮件列表
（https://groups.google.com/d/forum/plink2-users）。
使用 onworks.net 服务在线使用 plink1.9
