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人口 - 在云中在线

通过 Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或 MAC OS 在线模拟器在 OnWorks 免费托管服务提供商中运行人口

这是可以使用我们的多个免费在线工作站之一在 OnWorks 免费托管服务提供商中运行的命令群,例如 Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或 MAC OS 在线模拟器

程序:

您的姓名


种群 - 种群遗传软件

概要


人群

人群 [输入文件名称[选项]

您可以使用 人群 作为命令行程序(对批处理非常有用)到
推断系统发育树。

商品描述


人群 是一个群体遗传软件。 它计算之间的遗传距离
人群或个人。 它使用引导程序构建系统发育树(NJ 或 UPGMA)
值。

特色


· 单倍体、二倍体或多倍体基因型(见输入格式)

· 结构化种群(见输入文件结构化种群

· 没有种群、基因座、每个基因座的等位基因的限制(见输入格式)

· 个体之间的距离(15 种不同的方法)

· 种群之间的距离(15 种方法)

· 基因座或个体的引导

· 系统发育树(个体或群体),使用 Neighbor Joining 或 UPGMA
(PHYLIP 树格式)

· 等位基因多样性

· 将 Genepop 中的数据文件转换为不同的格式(Genepop、Genetix、Msat、
人口……)

配置


-系统发育 工业|流行
(默认)用于基于个体或种群的系统发育树

DIST 方法
(默认:Nei 标准、Ds)您可以选择:DAS、Dm、Ds、Dc、Da、dmu2、Fst、Cp、
博士,ASD,Dsw,博士,Dru,Drw,Drl。 有关详细信息,请参阅距离。

-构造 方法
(默认:upgma)可能性 upgma 或 nj(邻居加入)

-bootstrap_ind n
number 表示对个人执行的引导程序的数量

-bootstrap_位点 n

number 指示要在 loci 上执行的引导程序的数量
。关于

-输出 树视图文件的名称
表示树文件的名称(phylip 树格式)

电平 n
number ,结构化种群允许选择结构化因子(在
例如:城镇等级为 1,建筑等级为 2...)。


人群 toutc2.txt -系统发育 流行的 -距离 Dm -bootstrap_位点 10000 -输出
toutc2_10000_Dm.tre

命令可以写入 .bat 文件(对于 DOS)或脚本文件(对于 UNIX)

使用 onworks.net 服务在线使用人群


免费服务器和工作站

下载 Windows 和 Linux 应用程序

Linux 命令

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