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primer3_core - 云端在线

在 OnWorks 免费托管服务提供商中通过 Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或 MAC OS 在线模拟器运行primer3_core

这是命令primer3_core 可以使用我们的多个免费在线工作站之一在OnWorks 免费托管服务提供商中运行,例如Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或MAC OS 在线模拟器

程序:

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primer3_core - 设计用于 PCR 的引物

概要


底漆3_核心 [-format_output] [-strict_tags] [ 输入文件]

商品描述


primer3_core 选择用于 PCR 反应的引物,作为标准寡核苷酸
解链温度、大小、GC 含量和引物二聚体可能性、PCR 产物大小、
源序列中的位置约束,以及其他各种约束。

默认情况下,primer3_core 接受输入并以 Boulder-io 格式生成输出,这是一个 pre-XML
程序到程序数据交换格式的基于文本的输入/输出格式。 这
Boulder-io 格式和primer3_core 理解的命令在
读我 文件,在 Debian 系统上可以在 /usr/share/doc/primer3/.

配置


-格式输出
为每个序列打印更面向用户的报告。

-严格标签
primer3_core 回显并忽略它无法识别的任何标签,除非
-严格标签 标志在命令行上设置,在这种情况下,primer3_core 打印一个
PRIMER_ERROR 输出标记中的错误,并在 stdout 上打印附加信息;
此选项可用于调试包含引物的系统。

备注
不再支持旧标志 -2x_compat。

退出 状态 编码


· 0 正常运行。

· -1 在以下条件下:非法的命令行参数,无法刷新
标准输出,无法打开(用于写入和创建).for、.rev 或 .int 文件(可能是
由于保护问题)。

· -2 内存不足。

· -3 空输入。

· “全局”输入变量中的 -4 错误(PRIMER_ERROR 中的消息)。

参考


请在 WWW 上引用 Rozen, S., Skaletsky, H. “Primer3 为一般用户
生物学家程序员。”在 S. Krawetz 和 S. Misener, eds. Bioinformatics Methods and
分子生物学方法系列中的协议。 Humana Press, Totowa, NJ, 2000,
365-386页。

使用 onworks.net 服务在线使用primer3_core


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