这是可以使用我们的多个免费在线工作站之一(例如 Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或 MAC OS 在线模拟器)在 OnWorks 免费托管服务提供商中运行的命令
程序:
您的姓名
prodigal - 微生物(细菌和古细菌)基因发现程序
概要
浪子 [-a 转文件[-c[-d nuc_文件[-f 输出类型] [-g tr_table] [-h] [-i
input_file] [-m] [-n] [-o output_file] [-p 模式] [-q] [-s start_file] [-t training_file]
[-v]
商品描述
Prodigal(原核动态规划基因查找算法)是一种微生物(细菌
和古细菌)基因发现程序由橡树岭国家实验室和
田纳西大学。
配置
-a:将蛋白质翻译写入所选文件。
-c: 封闭式。 不要让基因跑到边缘。
-d: 将基因的核苷酸序列写入所选文件。
-f: 选择输出格式(gbk、gff 或 sco)。 默认为 gbk。
-g:指定要使用的转换表(默认为 11)。
-h: 打印帮助菜单并退出。
-i: 指定输入文件(默认从标准输入读取)。
-m:将 n 的运行视为掩码序列,不要在它们之间构建基因。
-n:绕过 Shine-Dalgarno 训练器并强制程序扫描图案。
-o: 指定输出文件(默认写入标准输出)。
-p: 选择程序(单一或元)。 默认是单身。
-q: 安静地运行(抑制正常的 stderr 输出)。
-s:将所有潜在基因(带分数)写入所选文件。
-t: 写一个训练文件(如果不存在); 否则,阅读并使用指定的
训练文件。
-v: 打印版本号并退出。
使用 onworks.net 服务在线使用 prodigal