这是命令 proteinortho5，可以使用我们的多个免费在线工作站之一在 OnWorks 免费托管服务提供商中运行，例如 Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或 MAC OS 在线模拟器
程序：
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proteinortho5 - 直向检测工具
概要
蛋白原5 [配置] 法斯塔1 法斯塔2 [FASTA...]
商品描述
Proteinortho 是一种独立工具，适用于大型数据集并利用
在多核硬件上运行时的分布式计算技术。 它实现了一个
相互最佳对齐启发式的扩展版本。 Proteinortho 应用于
计算所有 717 个可用真细菌基因组的完整集合中的直系同源蛋白质
2009 年初在 NCBI。作者成功地鉴定了存在于
99% 的细菌蛋白质组。
配置
-e= 爆炸的 E 值 [默认值：1e-05]
-p = 爆炸程序 {blastn|blastp|blastn+|blastp+} [默认：blastp+]
-项目=
所有结果文件名的前缀 [默认：myproject]
-同义词
激活 PoFF 扩展以通过上下文邻接分离相似的序列
（每个 .fasta 都需要 .gff）
-重复= PoFF：邻接启发式的重复次数，以确定重复
区域（默认值：0）
-cs= PoFF：邻接匹配的最大公共子串 (MCS) 的大小（默认值：3）
-阿尔法=
PoFF：邻接权重与序列相似性（默认值：0.5）
-描述 写入描述文件（仅适用于 NCBI FASTA 输入）
-保持 存储临时爆炸结果以供重复使用
-力 在任何情况下都强制重新计算爆炸结果
-CPU= 要使用的处理器数量 [默认：自动]
-自爆
应用 selfblast，检测没有直向同源物的旁系同源物
-单打
报告单例基因没有任何命中
-身份=
分钟最佳爆炸命中的百分比标识 [默认值：25]
-冠状病毒= 分钟以 % 为单位的最佳爆炸对齐覆盖率 [默认值：50]
-conn= 分钟代数连通性 [默认值：0.1]
-模拟= 分钟额外命中的相似度 (0..1) [默认值：0.95]
-步骤= 1 -> 生成索引 2 -> 运行blast（和ff-adj，如果 -同义词 设置) 3 ->
聚类 0 -> 全部（默认）
-爆炸路径=
本地爆炸的路径（如果未全局安装）
-冗长
让您随时了解进度
-清洁 处理后删除所有不必要的文件
-图形 生成 .graph 文件（成对直系关系）
-调试 提供错误跟踪的详细信息
更具体的爆炸参数可以定义为
-爆炸参数='[参数]'（例如 -爆炸参数='-seg no')
如果应将作业分配到多台机器上，请使用
-开始= 开始的文件编号（默认值：0）
-停止= 结尾的文件号（默认： -1)
使用 onworks.net 服务在线使用 proteinortho5
