这是可以使用我们的多个免费在线工作站之一（例如 Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或 MAC OS 在线模拟器）在 OnWorks 免费托管服务提供商中运行的命令 pynast
程序：
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PyNAST - 短 DNA 序列的比对
概要
皮纳斯特 [选项] {-一世 输入_fp -t 模板_fp}
商品描述
[] 表示可选输入（顺序不重要） {} 表示必填输入（顺序不重要）
不重要）
例如： 用法：
皮纳斯特 -i 我的输入法斯塔 -t 我的模板.fasta
配置
- 版
显示程序的版本号并退出
-h, - 帮帮我
显示此帮助信息并退出
-t 模板_FP， --template_fp=模板_FP
模板对齐文件的路径 [必需]
-i 输入_FP， --输入_fp=输入_FP
输入 fasta 文件的路径 [必需]
-v, --详细
执行时打印状态等信息[默认：False]
-p MIN_PCT_ID， --min_pct_id=MIN_PCT_ID
将序列视为匹配的最小序列同一性百分比 [默认值：75.0]
-l MIN_LEN， --最小长度=最小_LEN
包含在 NAST 比对中的最小序列长度 [默认值：1000]
-m PAIRWISE_ALIGNMENT_METHOD， --pairwise_alignment_method=配对对齐方法
执行成对对齐的方法 [默认：uclust]
-a FASTA_OUT_FP， --fasta_out_fp=FASTA_OUT_FP
存储结果对齐文件的路径 [默认：派生自输入文件路径]
-g 日志_FP， --log_fp=日志_FP
存储日志文件的路径 [默认：派生自输入文件路径]
-f 失败_FP， --failure_fp=失败_FP
存储无法对齐的 seqs 文件的路径 [默认：派生自输入
文件路径]
-e MAX_E_VALUE， --最大e值=MAX_E_VALUE
折旧。 将在 PyNAST 1.2 中移除
-d BLAST_DB， --blast_db=爆炸数据库
折旧。 将在 PyNAST 1.2 中移除
使用 onworks.net 服务在线使用 pynast
