这是命令 rate4site_doublerep，可以使用我们的多个免费在线工作站之一在 OnWorks 免费托管服务提供商中运行，例如 Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或 MAC OS 在线模拟器
程序：
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rate4site - 保守氨基酸位点检测器
概要
rate4site [选项] -s
商品描述
氨基酸位点之间的进化速度不是恒定的：一些位置进化缓慢
并且通常被称为“保守的”，而其他人迅速发展并被称为
作为“变量”。 速率变化对应于不同的净化水平
选择作用于这些网站。 净化选择可以是几何的结果
蛋白质折叠成其 3D 结构的限制，氨基酸的限制
参与酶活性或配体结合的位点，或者，在氨基酸
参与蛋白质-蛋白质相互作用的位点。 Rate4Site 计算相对
使用基于概率的进化模型在每个站点的进化率。 这允许
考虑到蛋白质内序列进化的随机过程
家族和家族中蛋白质的系统发育树。 保护分数
在一个站点对应于站点的进化速度。
教学理念
Rate4Site 的唯一强制性输入是一个 MSA 文件。 然后程序计算一个
与可用 MSA 一致的系统发育树（用户也可以输入一个
预先计算的树）。 然后计算每个站点的相对保护分数
海事局。 这是使用经验贝叶斯方法或最大
似然法（Pupko 等人，2002 年）。 两种方法的区别在于
Mayrose 等人 (2004) 对此进行了详细解释。
参考文献：
Mayrose, I.、Graur, D.、Ben-Tal, N. 和 Pupko, T. 2004。站点特定速率的比较 -
推理方法：贝叶斯方法更胜一筹。 Mol Biol Evol 21：1781-1791。
配置
-s MSA_文件
输入序列文件名。 支持以下格式：Mase、Molphy、
Phylip、Clustal、法斯塔
-t 输入树文件名（Newick 格式）
-o 输出文件
结果输出文件
-a MSA 中的参考序列名称。 保护分数是根据
该序列中的氨基酸。
-k 离散 Gamma 类别的数量
-m 进化模型。 支持以下氨基酸模型：
DAY (-md)、JTT (-mj)、REV (-mr)、aaJC (-ma)、LG (-Ml)、WAG (-Mw)。
对于核苷酸，支持以下模型：JC (-mn)、HKY (-Mh)、Tamura92 (-Mt)、GTR (-Mg)。
-b 分支长度优化标志：
-bn = 无分支长度优化
-bh = 使用同构模型进行优化（无站点间速率变化）
-bg = 使用 Gamma 模型进行优化
-i 速率推断方法标志：
-Im = 使用最大似然法推断速率
-Ib = 使用经验贝叶斯方法推断速率
-z 树构造方法
zj = 具有 Jukes-Cantor 距离的邻接树
zn = 具有最大似然距离的邻接树
-h 简短的帮助信息
使用 onworks.net 服务在线使用 rate4site_doublerep
