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razers3 - 更快，完全敏感的读取映射

概要

razers3 [选项] razers3 [选项]


商品描述

RazerS 3 是基于 k-mer 计数和
播种过滤器。 支持单端和双端映射，共享内存
并行性，并基于用户定义的最小参数优化过滤器参数
灵敏度。 看 http://www.seqan.de/projects/razers 获取更多信息。

RazerS 3 的输入是一个参考基因组文件和一个带有单端
读取或包含双端读取的左或右配对的两个文件。

(c) David Weese 版权所有 2009-2013。

-h, - 帮帮我

显示此帮助消息。

- 版

显示版本信息

主要选项：

-i, --百分比身份 民

百分比身份阈值。 在 [50..100] 范围内。 默认值：95。

-rr, --识别率 民

百分比识别率。 在 [80..100] 范围内。 默认值：99。

-ng, --无间隙

只允许不匹配，不允许插入。 默认值：两者都允许。

-f, - 向前

Map 仅读取前向链。

-r, - 逆转

Map 仅读取反向链。

-m, --最大命中 民

仅输出最热门的歌曲。 在 [1..inf] 范围内。 默认值：100。

- 独特的

仅输出唯一的最佳匹配 (-m 1 -博士 0 -pa).

-tr, --修剪读取 民

将读数修剪到给定的长度。 默认值：关闭。 在 [14..inf] 范围内。

-o, - 输出 文件

映射结果文件名。 默认： .razers。 有效的文件类型是：
.razers、.eland、.fa、.fasta、.gff、.sam 和 .afg。

-v, --详细

详细模式。

-vv, --详细

非常详细的模式。

双端选项：

-二, --库长度 民

双端文库长度。 在 [1..inf] 范围内。 默认值：220。

-这, --图书馆错误 民

双端文库长度公差。 在 [0..inf] 范围内。 默认值：50。

输出格式选项：

-a, - 结盟

转储每个匹配项的对齐方式（仅限 razer 或 fasta 格式）。

-pa, --清除歧义

清除读取超过最佳匹配。

-博士, --距离范围 民

只考虑与最佳匹配最多 NUM 更多错误的匹配。 默认：
输出全部。

-gn, --基因组命名 民

选择基因组的命名方式（参见下面的命名部分）。 在 [0..1] 范围内。 默认：
0.

-rn, --读取命名 民

选择读取的命名方式（参见下面的命名部分）。 在 [0..3] 范围内。 默认值：0。

--完全读完

使用整个读取 ID（不要在空格后剪辑）。

-所以, - 排序 民

选择匹配项的排序方式（请参阅下面的排序部分）。 在 [0..1] 范围内。
默认值：0

-pf, --位置格式 民

选择开始/结束位置编号（参见下面的坐标部分）。 在范围内
[0..1]。 默认值：0。

-ds, --不收缩对齐

在 SAM 中禁用对齐收缩。 这是生成黄金映射所必需的
为了拉贝玛。

过滤选项：

-fl, - 筛选 STR

选择 k-mer 过滤器。 鸽笼和迅速之一。 默认值：鸽笼。

-先生, --突变率 民

设置百分比突变率（鸽巢）。 在 [0..20] 范围内。 默认值：5。

醇, --重叠长度 民

手动设置相邻 k-mers（鸽巢）的重叠长度。 在 [0..inf] 范围内。

-PD, --参数目录 DIR

读取目录中用户计算的参数文件（迅速）。

-t, - 临界点 民

手动设置最小 k-mer 计数阈值 (swift)。 在 [1..inf] 范围内。

-tl, --禁忌长度 民

设置禁忌长度（swift）。 在 [1..inf] 范围内。 默认值：1。

-s, - 形状 位串

手动设置 k-mer 形状。

-oc, --过度削减 民

设置 k-mer 过量削减比率。 在 [0..1] 范围内。 默认值：1。

-rl, --重复长度 民

跳过简单的重复长度. 在 [1..inf] 范围内。 默认值：1000。

-如果, --负载因子 民

设置开放寻址 k-mer 索引的负载因子。 在 [1..inf] 范围内。
默认值：1.6

验证选项：

-mN, --匹配-N

N 匹配所有其他字符。 默认值：N 不匹配。

-ed, --错误分布 文件

将错误分布写入 FILE。

-mf, --不匹配文件 文件

将不匹配模式写入 FILE。

其他选项：

-厘米, --紧凑-多 民

到达并压缩后，将压缩阈值乘以该值。 在范围内
[0..inf]。 默认值：2.2。

-NCF, --无紧凑压裂 民

如果在基因组的最后一部分，请不要压缩。 在 [0..1] 范围内。 默认值：0.05。

并行选项：

-pws, --并行窗口大小 民

在这个长度的窗口中收集候选人。 在 [1..inf] 范围内。 默认值：500000。

-PVS, --并行验证大小 民

验证此大小包中的候选人。 在 [1..inf] 范围内。 默认值：100。

-pvmpc, --并行验证最大包数 民

每个线程 1 为验证创建的最大数量的包。 在范围内
[1..inf]。 默认值：100。

-弹药, --可用匹配内存大小 民

可用于存储匹配项的主存储器字节数。 在 [-1..inf] 范围内。 默认值：0。

-mhst, --匹配历史开始阈值 民

何时开始直方图。 在 [1..inf] 范围内。 默认值：5。

格式、命名、排序和坐标方案

RazerS 3 支持多种输出格式。 检测到输出格式
自动从文件名后缀。

.razers

雷蛇格式

.fa、.fasta

增强的 Fasta 格式

大羚羊

伊兰格式

.gff GFF 格式

.sam SAM 格式

.afg 阿莫斯 AFG 格式

默认情况下，reads 和 contigs 由输入中给出的 Fasta id 引用
文件。 随着 -gn 和 -rn 可以更改此行为的选项：

0 使用 Fasta ID。

1 从 1 开始枚举。

2 使用读取序列（仅适用于短读取！）。

3 使用 Fasta id，不要附加 /L or /R 为伴侣。

匹配在输出文件中的排序方式可以用 -所以 选项
适用于以下格式：razers、fasta、sam 和 afg。 一级和二级排序
关键是：

0 1. 读数，2. 基因组位置

1 1. 基因组位置，2. 读数

用于开始和结束位置的坐标空间可以通过 -pf
razer 和 fasta 格式的选项：

0 间隙空间。 字符之间的间隔从 0 开始计数。

1 位置空间。 字符从 1 开始计数。

示例

剃须刀3 -i 96 -tc 12 -o mapping.razers hg18.fa 读取.fq

使用 4 个线程以 12% 的错误率映射单端读取。

剃须刀3 -i 95 -无间隙 -o mapping.razers hg18.fa 读取.fq.gz

以 5% 的错误率和无插入的映射单端 gzipped 读取。

剃须刀3 -i 94 -rr 95 -tc 12 -二 280 --乐 80 -o mapping.razers hg18.fa read_1.fq
read_2.fq

以高达 6% 的错误率、95% 的灵敏度、12 个线程和仅映射对端读取
输出对齐对，外部距离为 200-360bp。

VERSION

razers3 版本：3.2 [14104] 最后更新 2013-06-12

使用 onworks.net 服务在线使用 razers3