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showpepe - 云端在线

通过 Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或 MAC OS 在线模拟器在 OnWorks 免费托管服务提供商中运行 showpepe

这是命令 showpepe,可以使用我们的多个免费在线工作站之一在 OnWorks 免费托管服务提供商中运行,例如 Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或 MAC OS 在线模拟器

程序:

您的姓名


showpep - 以漂亮的格式显示具有特征的蛋白质序列

概要


显示 -序列 后继 -格式 名单 -事物 名单 [-大写 范围[-强调 范围]
[-注解 范围[-源匹配 绳子[-类型匹配 绳子[-最小分数 浮动]
[-最高分 浮动[-标签匹配 绳子[-值匹配 绳子[-严格标签 布尔]
-三个字母 布尔 -数 布尔 -宽度 整数 -长度 整数
-利润 整数 -芋头 布尔 -描述 布尔 -抵消 整数 -html 布尔
-输出文件 输出文件

显示 -救命

商品描述


显示 是来自 EMBOSS(“欧洲分子生物学公开赛”)的命令行程序
软件套件”)。 它是“显示”命令组的一部分。

配置


输入 部分
-序列 后继

其他要求 部分
-格式 名单
默认值:2

-事物 名单
按照您希望的顺序指定一个或多个代码字符的列表
显示在页面下方的另一个上方。 例如,如果你想看东西
显示顺序:序列、刻度线、空行; 那么你应该输入
'S,T,B'。 默认值:B、N、T、S、A、F

额外 部分
-大写 范围
大写的区域。 如果留空,则保留序列案例
独自的。 一组区域由一组位置对指定。 这些职位是
整数。 它们由任何非数字、非字母字符分隔。 地区示例
规格为:24-45, 56-78 1:45, 67=99;765..888 1,5,8,10,23,45,57,99

-强调 范围
如果为 HTML 格式设置要着色的区域。 如果此项留空,则序列为
被孤立。 一组区域由一组位置对指定。 这
位置是整数。 它们后跟任何有效的 HTML 字体颜色。 示例
区域规格为: 24-45 蓝色 56-78 橙色 1-100 绿色 120-156 红色 一档
颜色范围(每行一个范围)可以指定为“@filename”。

-注解 范围
通过标记来注释的区域。 如果将其留空,则不会添加注释。 一种
区域集由一组位置对指定,后跟可选文本。
位置是整数。 它们后跟任何文本(但在
命令行)。 区域规范的示例是: 24-45 新域 56-78 匹配到
鼠标 1-100 第一部分 120-156 oligo 要注释的范围文件(每行一个范围)
可以指定为“@filename”。

专栏 产品 选项
-源匹配 绳子
默认情况下,显示要素表中的任何要素源。 您可以将其设置为匹配
您希望显示的任何功能源。 源名称通常是
检测到特征的程序或者是特征表(例如:EMBL)
特征来自。 可以使用“*”对源进行通配符。 如果你想展示更多
多个来源,用字符“|”分隔它们的名字,例如:gene* | embl 默认
价值: *

-类型匹配 绳子
默认情况下,显示要素表中的任何要素类型。 您可以将其设置为匹配
您希望显示的任何特征类型。 看 http://www.ebi.ac.uk/embl/WebFeat/ 一份清单
EMBL 特征类型,请参阅 Swissprot 用户手册的附录 A
http://www.expasy.org/sprot/userman.html 获取 Swissprot 要素类型的列表。
该类型可以使用“*”进行通配。 如果您想显示不止一种类型,
用字符“|”分隔他们的名字,例如:*UTR | 内含子默认值:*

-最小分数 浮动
要显示的特征的最小分数(另请参见 maxscore) 默认值:0.0

-最高分 浮动
要显示的功能的最大分数。 如果 minscore 和 maxscore 都为零(
默认),则忽略任何分数 默认值:0.0

-标签匹配 绳子
标签是功能可能具有的额外值的类型。 默认情况下任何功能标签
在特征表中显示。 您可以将其设置为匹配您希望的任何功能标签
展示。 标签可以使用“*”进行通配。 如果您想显示多个标签,
用字符“|”分隔他们的名字,例如:gene | 标签默认值:*

-值匹配 绳子
标签值是与特征标签关联的值。 标签是额外的类型
特征可能具有的值。 默认情况下,要素表中的任何要素标签值
显示。 您可以将其设置为匹配您希望显示的任何特征标签值。 标签
值可以使用“*”进行通配。 如果您希望显示多个标签值,
用字符“|”分隔他们的名字,例如:pax* | 10 默认值:*

-严格标签 布尔
默认情况下,如果特征中的任何标记/值对与指定的标记和值匹配,
然后将显示该功能的所有标签/值对。 如果这被设置为
true,则只有特征中与指定标签匹配的标签/值对
值将被显示。 默认值:N

先进的 部分
-三个字母 布尔
默认值:N

-数 布尔
默认值:N

-宽度 整数
默认值:60

-长度 整数

-利润 整数
默认值:10

-芋头 布尔
如果您不想显示序列的 ID 名称,请将此设置为 false Default
值:Y

-描述 布尔
如果您不想显示序列的描述,请将其设置为 false
默认值:是

-抵消 整数
默认值:1

-html 布尔
默认值:N

输出 部分
-输出文件 输出文件

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