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showseq - 以漂亮的格式显示具有特征的序列

概要

显示队列 -序列 后继 -m文件 数据文件 -格式 名单 -事物 名单 [-翻译 范围]
[-rev翻译 范围[-大写 范围[-强调 范围[-注解 范围]
[-酶 绳子[-表 名单[-源匹配 绳子[-类型匹配 绳子]
[-意义匹配 整数[-最小分数 浮动[-最高分 浮动[-标签匹配 绳子]
[-值匹配 绳子[-严格标签 布尔] -平面重新格式化 布尔 -短片 整数
-最大切割 整数 -sitelen 整数 -单 布尔 -钝 布尔 -黏 布尔
-歧义 布尔 -质粒 布尔 -甲基化 布尔 -商业 布尔
-限制 布尔 -orf最小尺寸 整数 -三个字母 布尔 -数 布尔
-宽度 整数 -长度 整数 -利润 整数 -芋头 布尔 -描述 布尔
-抵消 整数 -html 布尔 -输出文件 输出文件

显示队列 -救命

商品描述

显示队列 是来自 EMBOSS（“欧洲分子生物学公开赛”）的命令行程序
软件套件”）。 它是“Nucleic:Translation,Nucleic:Restriction”命令的一部分
组。

配置

输入 部分
-序列 后继

-m文件 数据文件
默认值：Emethylsites.dat

其他要求 部分
-格式 名单
默认值：2

-事物 名单
按照您希望的顺序指定一个或多个代码字符的列表
显示在页面下方的另一个上方。 例如，如果你想看东西
显示顺序：序列、补序列、刻度线、第1帧
翻译，空行； 那么你应该输入'S,C,T,1,B'。 默认值：B、N、T、S、A、F

额外 部分
-翻译 范围
要翻译的区域（如果正在翻译）。 如果将其留空，则完整序列为
翻译。 一组区域由一组位置对指定。 这
位置是整数。 它们由任何非数字、非字母字符分隔。
区域规范的例子是：24-45, 56-78 1:45, 67=99;765..888

-rev翻译 范围
要翻译的区域（如果正在翻译）。 如果将其留空，则完整序列为
翻译。 一组区域由一组位置对指定。 这
位置是整数。 它们由任何非数字、非字母字符分隔。
区域规范的例子有：78-56、45-24、888..765、99=67； 45:1

-大写 范围
大写的区域。 如果留空，则保留序列案例
独自的。 一组区域由一组位置对指定。 这些职位是
整数。 它们由任何非数字、非字母字符分隔。 地区示例
规格为：24-45, 56-78 1:45, 67=99;765..888 1,5,8,10,23,45,57,99

-强调 范围
如果为 HTML 格式设置要着色的区域。 如果此项留空，则序列为
被孤立。 一组区域由一组位置对指定。 这
位置是整数。 它们后跟任何有效的 HTML 字体颜色。 示例
区域规格为： 24-45 蓝色 56-78 橙色 1-100 绿色 120-156 红色 一档
颜色范围（每行一个范围）可以指定为“@filename”。

-注解 范围
通过标记来注释的区域。 如果将其留空，则不会添加注释。 一种
区域集由一组位置对指定，后跟可选文本。
位置是整数。 它们后跟任何文本（但在
命令行）。 区域规范的示例是： 24-45 新域 56-78 匹配到
鼠标 1-100 第一部分 120-156 oligo 要注释的范围文件（每行一个范围）
可以指定为“@filename”。

-酶 绳子
名称“all”读取来自 REBASE 数据库的所有酶名称。 您可以指定
酶的名称之间用逗号分隔，例如：
'HincII,hinfI,ppiI,hindiii'。 名称的大小写并不重要。 您可以指定一个
通过给出保存酶的文件的名称来读取酶名称的文件
前面带有“@”字符的名称，例如“@enz.list”。 空行和
以哈希字符或 '!' 开头的行被忽略，所有其他行
用逗号字符 ',' 连接在一起，然后作为列表处理
酶来寻找。 酶名称文件的一个例子是： ! 我的酶 HincII，
皮尔！ 其他酶 hindiii HinfI PpiI 默认值：全部

-表 名单

专栏 产品 选项
-源匹配 绳子
默认情况下，显示要素表中的任何要素源。 您可以将其设置为匹配
您希望显示的任何功能源。 源名称通常是
检测到特征的程序或者是特征表（例如：EMBL）
特征来自。 可以使用“*”对源进行通配符。 如果你想展示更多
多个来源，用字符“|”分隔它们的名字，例如：gene* | embl 默认
价值： *

-类型匹配 绳子
默认情况下，显示要素表中的任何要素类型。 您可以将其设置为匹配
您希望显示的任何特征类型。 看 http://www.ebi.ac.uk/embl/WebFeat/ 一份清单
EMBL 特征类型，请参阅 Swissprot 用户手册的附录 A
http://www.expasy.org/sprot/userman.html 获取 Swissprot 要素类型的列表。
该类型可以使用“*”进行通配。 如果您想显示不止一种类型，
用字符“|”分隔他们的名字，例如：*UTR | 内含子默认值：*

-意义匹配 整数
默认情况下，显示要素表中的任何要素类型。 您可以将其设置为匹配
您希望展示的任何功能。 0 - 任意方向，1 - 正向，-1 - 反向
感

-最小分数 浮动
要显示的特征的最小分数（另请参见 maxscore） 默认值：0.0

-最高分 浮动
要显示的功能的最大分数。 如果 minscore 和 maxscore 都为零（
默认），则忽略任何分数 默认值：0.0

-标签匹配 绳子
标签是功能可能具有的额外值的类型。 例如在 EMBL
特征表，“CDS”类型的特征可能有标签“/codon”、“/codon_start”、
'/db_xref', '/EC_number', '/evidence', '/exception', '/function', '/gene', '/label',
'/map', '/note', '/number', '/partial', '/product', '/protein_id', '/pseudo',
“/standard_name”、“/translation”、“/transl_except”、“/transl_table”或“/usedin”。
其中一些标签也有值，例如“/gene”可以有
基因名称。 默认情况下，显示要素表中的任何要素标签。 你可以设置这个
匹配您希望显示的任何功能标签。 标签可以使用“*”进行通配。 如果
您希望显示多个标签，用字符“|”分隔它们的名称，例如：
基因 | 标签默认值：*

-值匹配 绳子
标签值是与特征标签关联的值。 标签是额外的类型
特征可能具有的值。 例如，在 EMBL 特征表中，“CDS”类型的
特征可能有标签“/codon”、“/codon_start”、“/db_xref”、“/EC_number”、
'/evidence', '/exception', '/function', '/gene', '/label', '/map', '/note', '/number',
'/partial', '/product', '/protein_id', '/pseudo', '/standard_name', '/translation',
“/transl_except”、“/transl_table”或“/usedin”。 只有其中一些标签可以有
值，例如 '/gene' 可以具有基因名称的值。 默认任何
显示特征表中的特征标记值。 您可以将其设置为匹配任何功能
您希望显示的标签值。 标记值可以使用“*”进行通配。 如果你希望
要显示多个标签值，请用字符“|”分隔它们的名称，例如：pax*
| 10 默认值：*

-严格标签 布尔
默认情况下，如果特征中的任何标记/值对与指定的标记和值匹配，
然后将显示该功能的所有标签/值对。 如果这被设置为
true，则只有特征中与指定标签匹配的标签/值对
值将被显示。 默认值：N

先进的 部分
限制 地图 选项
-平面重新格式化 布尔
这会将输出格式更改为识别位点由一行表示的格式
'===' 字符，剪切点由前面的 '>' 字符指向
意义，或反向意义链中的“<”。 默认值：N

-短片 整数
这将设置任何限制性内切酶的最小切割次数
经过考虑的。 任何切割次数少于此次数的酶都将被忽略。 默认值：
1

-最大切割 整数
这将设置任何限制性内切酶的最大切割次数
经过考虑的。 任何切割次数超过此次数的酶都将被忽略。 默认值：
2000000000

-sitelen 整数
这设置了限制酶识别位点的最小长度。 任何酶
比这更短的站点将被忽略。 默认值：4

-单 布尔
如果设置了这个，那么这会强制 mincuts 和 maxcuts 限定符的值
两者均为 1。您可能已将它们设置为的任何其他值都将被忽略。 默认值：N

-钝 布尔
这允许那些在正向和反向切割相同位置的酶
股要考虑。 默认值：是

-黏 布尔
这允许那些在正向和反向不同位置切割的酶
股线，留下悬垂，需要考虑。 默认值：是

-歧义 布尔
这允许那些在其模式中具有一个或多个“N”歧义代码的酶
被视为默认值：Y

-质粒 布尔
如果设置，则允许搜索限制性内切酶识别位点和
跨越要考虑的序列末尾的剪切位置。 默认值：N

-甲基化 布尔
如果设置，则 RE 识别位点将不匹配甲基化碱基。 默认
值：N

-商业 布尔
如果设置了这个，那么只会搜索那些有商业供应商的酶
为了。 如果您指定了明确的酶列表，则此限定符将被忽略
搜索，而不是搜索 REBASE 数据库中的“所有”酶。 它
假设，如果您要求明确的酶，那么您可能知道
从哪里得到它，所以你要求搜索的所有酶名称，
和哪个削减，将报告他们是否有商业供应商。
默认值：是

-限制 布尔
这将酶的报告限制为每组中的一种酶
同裂酶。 选择代表同裂酶组的酶是原型
由程序创建的数据文件“embossre.equ”中指示
'重新提取'。 如果您更喜欢使用不同的原型，请复制
embossre.equ 在您的主目录中并编辑它。 如果此值设置为 false，则
将报告所有输入酶。 如果您愿意，您可能希望将其设置为 false
正在提供一组明确的酶，而不是搜索“所有”酶。 默认
值：Y

-orf最小尺寸 整数
这将设置要显示在开放阅读框架 (ORF) 的最小大小
翻译。 所有其他翻译区域都通过将氨基酸更改为
'-' 人物。

-三个字母 布尔
默认值：N

-数 布尔
默认值：N

-宽度 整数
默认值：60

-长度 整数

-利润 整数
默认值：10

-芋头 布尔
如果您不想显示序列的 ID 名称，请将此设置为 false Default
值：Y

-描述 布尔
如果您不想显示序列的描述，请将其设置为 false
默认值：是

-抵消 整数
默认值：1

-html 布尔
默认值：N

输出 部分
-输出文件 输出文件

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