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简单 - 在云端在线

通过 Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或 MAC OS 在线模拟器在 OnWorks 免费托管服务提供商中简单运行

这是一个简单的命令,可以使用我们的多个免费在线工作站之一在 OnWorks 免费托管服务提供商中运行,例如 Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或 MAC OS 在线模拟器

程序:

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简单 - 明显的基于阵列的 kmer 计数器

概要


简单 [-f|-r|-C[-c 压片[-m 梅尔大小] -i 输入 -o 产量

商品描述


简单 是一个非常简单的 mer 计数器。 它分配了一个巨大的 32 位数组,填充
带有 mers 的数组,排序并写入输出。 它将为每个 kmer 分配 4 个字节。 k=16
将需要 16 GB 才能运行。

配置


-i 输入

-o 产量

-m 梅尔大小
梅尔大小。 默认值为 22

-f 转发 kmer(这是默认设置)

-r 反向公里

-C 规范的 kmer(字典序较小的正向和反向 kmer
地点)

-c # mer压缩

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