这是可以使用我们的多个免费在线工作站之一(例如 Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或 MAC OS 在线模拟器)在 OnWorks 免费托管服务提供商中运行的命令 sindex
程序:
您的姓名
sindex - 为 sfetch 索引一个序列数据库
概要
索引 [选项] 序列文件1 [序列文件 2...]
商品描述
索引 索引一个或多个 序列文件 用于未来的序列检索 获取。 SSI
("squid sequence index") 文件创建在与序列文件相同的目录中。 经过
默认情况下,这个文件被称为 .ssi。
如果命令行中有多个序列文件,则 SSI 文件名将是
从最后一个序列文件名构造。 这可能不是您想要的; 见 -o
选项为 SSI 文件指定您自己的名称。
索引 如果启用了可选的 LFS 支持,则能够索引大文件(> 2 GB)
在编译时。 请参阅@PACKAGE@ 附带的安装说明。
配置
-h 打印简要帮助; 包括版本号和所有选项的摘要,包括
专家选项。
-o <ssi 输出文件>
将 SSI 索引定向到名为 . 默认情况下,SSI 文件会去
至 .ssi。
专家 配置
- 64 强制 SSI 文件进入 64 位(大 seqfile)模式,即使 seqfile 很小。
除非您正在调试,否则您不想这样做。
- 外部的
力 索引 通过外部(磁盘上)排序进行记录排序。 这只是
对调试也很有用。
--信息
指定序列文件肯定是格式 ; 块序列文件
格式自动检测。 这在自动化管道中很有用,因为它改进了
鲁棒性(自动检测偶尔会在格式错误的情况下出错
文件)。 常见示例包括 genbank、embl、gcg、pir、stockholm、clustal、msf 或
菲利普; 有关可接受的格式名称的完整列表,请参阅印刷文档。
--pfamseq
Pfam 的黑客攻击; 索引已知具有标识符行的 FASTA 文件
格式>[名称] [加入] [可选描述]”。 通常只有序列
name 将被索引为 FASTA SSI 文件中的主键,但这允许
索引名称(作为主键)和加入(作为辅助键)。
使用 onworks.net 服务在线使用 sindex