这是 stellar 命令，可以使用我们的多个免费在线工作站之一在 OnWorks 免费托管服务提供商中运行，例如 Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或 MAC OS 在线模拟器
程序：
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stellar - Swift Exact Local Aligner
概要
恒星 [选项]
商品描述
STELLAR 实现了 SWIFT 过滤器算法（Rasmussen et al., 2006）和一个
应用局部对齐的 SWIFT 命中验证步骤，有间隙的 X-drop
扩展，并提取最长的 epsilon 匹配。
STELLAR 的输入是两个文件，每个文件都包含 FASTA 中的一个或多个序列
格式。 文件 1 中的每个序列将与文件 2 中的每个序列进行比较。
文件 1 中的序列用作数据库，文件 2 中的序列用作查询。
(c) 2010-2012 年 Birte Kehr
-h, - 帮帮我
显示此帮助消息。
- 版
显示版本信息
主要选项：
-e, --ε 民
最大错误率（最大 0.25）。 在 [0.0000001..0.25] 范围内。 默认值：0.05。
-l, --最小长度 民
epsilon 匹配的最小长度。 在 [0..inf] 范围内。 默认值：100。
-f, - 向前
仅在数据库的前向链中搜索。
-r, - 逆转
仅在数据库的反向补码中搜索。
-a, - 字母 STR
输入序列的字母类型（dna、rna、dna5、rna5、蛋白质、字符）。 脱氧核糖核酸之一，
dna5、rna、rna5、蛋白质和炭。
-v, --详细
设置详细模式。
过滤选项：
-k, --克默 民
q-gram 的长度（最多 32 个）。 在 [1..32] 范围内。
-rp, --重复周期 民
重复过滤的低复杂度的最大周期。 默认值：1。
-rl, --重复长度 民
要过滤的低复杂性重复的最小长度。 默认值：1000。
-c, --abundanceCut 民
k-mer 过剩削减率。 在 [0..1] 范围内。 默认值：1。
验证选项：
-x, --xDrop 民
扩展的最大 x-drop。 默认值：5。
-vs, - 确认 STR
验证策略：exact 或 bestLocal 或 bandedGlobal 精确、bestLocal、
和bandedGlobal。 默认值：精确。
-dt, --禁用阈值 民
禁用一个查询的验证之前已验证匹配的最大数量
序列（默认无穷大）。 在 [0..inf] 范围内。
-n, --numMatches 民
每个查询和数据库的最大保留匹配数。 如果 STELLAR 发现更多
匹配，只保留最长的。 默认值：50。
-s, --排序阈值 民
触发删除重复项的匹配数。 选择一个较小的值
节省空间。 默认值：500。
输出选项：
-o, - 出去 文件
输出文件的名称。 有效的文件类型是：gff 和 txt。 默认值：stellar.gff。
-od, --outDisabled 文件
禁用查询序列的输出文件的名称。 有效的文件类型是：fa 和
法斯塔。 默认值：stellar.disabled.fasta。
参考文献：
Kehr, B.、Weese, D.、Reinert, K.：STELLAR：快速准确的局部对齐。 BMC
生物信息学，12（增刊 9）：S15，2011 年。
VERSION
恒星版本：1.3 最后更新 2012 年 XNUMX 月
使用 onworks.net 服务在线使用恒星
