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sumtrees - 系统发育树总结和注释

概要

树 [-一世 格式] [-b 燃烧] [--以力为根] [--强制无根]

商品描述

SumTrees 是一个总结非参数引导或贝叶斯后验的程序
系统发育树上分裂或进化枝的概率支持。

支持评估的基础通常由一组非参数的
引导程序复制由 GARLI 或 RAxML 等程序生成的树样本，或由一组
由 Mr. Bayes 或 BEAST 等程序生成的 MCMC 树样本。 的比例
发现特定分裂的样本中的树被认为是
对样本所指示的拆分的支持。 作为基础的样本
支持可以分布在多个文件中，并且老化选项允许
如果不是，则每个文件中要从分析中排除的初始树数
被认为是从真实的支持分布中提取的。

树的汇总集合，例如来自后验分布的 MCMC 样本，
非参数引导复制，映射后验概率、支持或频率
在目标树的源树集中发现分裂/进化枝。

配置

来源 选项：
树文件路径
要总结的树的来源。 必须至少有一个有效的树木来源
假如。 使用“-”指定从标准输入读取（注意这需要
使用“--source-format”选项显式设置的输入文件格式）。

-i 格式， --输入格式 格式， --源格式 FORMAT
所有输入树的格式（默认通过处理 NEXUS 或 NEWICK
检查; 如果已知格式，则明确指定格式会更有效）。

-b 伯宁， --燃烧 伯宁
计数时从*每个*树文件的开头跳过的树数
支持（默认值：0）。

--以力为根, - 根
将源树视为有根。

--强制取消root, --无根
将源树视为无根树。

-v, --超测量精度, --分支长度-epsilon
验证 Ultrametricity 时使用的精度（默认值：1e-05；指定“0”到
禁用验证）。

--加权树
使用树的权重（如 '[&W m/n]' 注释标记所示）来加权
在每棵树上发现的分裂对整体分裂频率的贡献。

--保留下划线
阅读时不要将未受保护（未加引号）的下划线转换为空格
NEXUS/NEWICK 格式树。

--分类单元名称文件路径 文件路径
列出所有分类单元名称或标签的文件路径
整套源树。 这个文件应该是一个纯文本文件
每行的名称列表。 此文件仅在多处理（'-M' 或 '-m'）时读取
被要求。 使用“-M”或“-m”选项进行多重处理时，所有分类单元名称
需要在任何实际的树分析之前定义。 默认情况下，这是完成的
通过读取第一个树源中的第一棵树并提取分类单元名称。
充其量，这是低效的，因为它涉及对树的无关紧要的读取。 在
最糟糕的是，如果第一棵树不包含所有分类群，这可能是错误的。
通过此选项显式提供分类单元名称可以避免这些问题。

目标 树 拓扑 选项：
-t 文件， --目标树文件路径 文件
将源树中的支持和其他信息汇总到拓扑或
由 FILE 中描述的树给出的拓扑。 如果没有使用指定的目标
给出拓扑，然后将使用汇总拓扑作为目标。 使用
'-s' 或 '--summary-target' 指定要使用的摘要树的类型。

-s 概要类型， --摘要目标 概要类型
从源树构建和总结支持和其他信息到一个
以下摘要拓扑结构： - “共识”

共识树。 最低频率
要包含的进化枝阈值可以使用“-f”或
'--min-clade-freq' 标志。 如果用户指定的目标树是
不是通过 '-t' 或 '--target-tree-filepath' 选项给出的。

- 'mcct'
最大进化枝可信度树。 来自源集的树最大化
* 进化枝后验概率的乘积*。

- 'msct'
最大进化枝可信度树。 来自源集的树最大化
* 进化枝后验概率的乘积*。

目标 树 补充性 选项：
-f #.##, --最小共识频率 #.##, --最小频率 #.##, --min-clade-频率 #.##
如果使用共识树总结策略，那么这是最小的
进化枝或分裂包含在结果中的频率或概率
树（默认值：> 0.5）。

--允许未知目标树分类单元
如果目标树具有先前未遇到的分类群，则不会因错误而失败
源树或在分类单元发现文件中定义。

目标 树 生根 选项：
--根目标位于外组 分类标签
使用指定分类群作为外群的根目标树。

--根目标在中点
中点的根目标树。

--设置组 分类标签
旋转目标树，使指定的分类单元处于外群位置，但
不要显式更改目标树的根。

目标 树 边缘 选项：
-e 战略， --设置边缘 战略， --边缘 策略
根据指定的设置目标树或汇总树的边长
总结策略：-'平均长度'

边长将设置为
源树中相应分裂或进化枝的长度。

- '中长'
边长将设置为

相应分裂或进化的长度
源树。

- '平均年龄'
边缘长度将被调整，以便对向节点的年龄将等于
源树中相应分裂或进化枝的平均年龄。 源树
对于此选项，将需要是超测量的。

- '中年的'
边缘长度将被调整，以便对向节点的年龄将等于
源树中相应分裂或进化枝的中位年龄。 来源
对于此选项，树木需要是超度量的。

- 支持
边长将设置为由表示的分割的支持值
边缘。

- '保持'
不要更改现有的边长。 如果目标树是
使用“-t”或“--targettree-filepath”选项来自外部文件

- '清除'
如果存在边长，将从目标树中清除。

请注意，默认设置因
以下，按优先顺序： (1) 如果使用“-t”指定目标树
or

'--target-tree-filepath' 选项，则默认边
总结策略是：'保持'。

(2) 如果没有指定目标树，但是
'--summarize-node-ages' 选项被指定，则默认边汇总
策略是：'平均年龄'。

(3) 如果没有指定目标树并且
节点年龄未指定汇总，则默认边汇总
策略是：'平均长度'。

--force-最小边长 FORCE_MINIMUM_EDGE_LENGTH
（如果设置边长）强制所有边至少为这个长度。

--折叠负边缘
（如果设置边长）强制父节点的年龄至少与它的年龄一样大
总结节点年龄时最大的孩子。

目标 树 注解 选项：
--总结节点年龄, --超量程, --节点年龄
假设源树是超微的并总结节点年龄（距离
提示）。

-l {支持，保持，清除}， - 标签 {支持，保持，清除}
设置摘要或目标树的节点标签： - 'support'

节点标签将设置为支持值
节点所代表的进化枝。 这是默认值。

- '保持'
不要更改现有节点标签。

- '清除'
如果存在，将从目标树中清除节点标签。

--抑制注释, --无注释
不要使用任何摘要信息元数据来注释节点和边，例如
as.support 值、边长和/或节点年龄汇总统计等。

支持 口语 选项：
-p, --百分比
以百分比表示分支支持（否则，将按比例报告
默认）。

-d #, - 小数点 #
支持值指示中的小数位数（默认值：8）。

输出 选项：
-o 文件路径， --输出树文件路径 文件路径， - 输出 文件路径
输出文件的路径（如果未指定，将打印到标准输出）。

-F {nexus,纽维克,phylip,nexml}, --输出树格式 {nexus、纽维克、菲利普、nexml}
输出树文件的格式（如果未指定，则默认为输入格式，如果此
已明确指定，否则为 'nexus'）。

-x 字首， --扩展输出 字首
如果指定，将生成扩展摘要信息，包括
以下文件： - ' .topology.trees'

在源中找到的拓扑集合
将其相关的后验概率报告为元数据注释。

- ' .bipartitions.trees'
双分区的集合，每个分区都表示为一棵树，并带有关联的
信息作为元数据注释。

- ' .bipartitions.tsv'
将双分区列为组模式作为键列的表，以及信息
将每个二分区视为剩余的列。

- ' .edge-lengths.tsv'
双分区列表和相应的边长。 仅在边长时生成
总结。

- ' .node-ages.tsv'
双分区列表和相应的年龄。 仅在节点年龄为
概括。

--无分类块
编写 NEXUS 格式输出时，不要在输出中包含分类群块
树文件（否则将默认创建分类块）。

--无分析元信息, --无元评论
不包括描述摘要参数的元信息和
执行细节。

-c 补充评论， - 补充评论 补充评论
要添加到摘要文件中的其他注释。

-r, - 代替
替换/覆盖输出文件而不询问它是否已经存在。

并行 的解决方案 选项：
-M, --最大多处理
使用尽可能多的处理器以并行模式运行，最多可达
源。

-m NUM-进程， --多处理 NUM-进程
在并行模式下运行最多 NUMPROCESSES 个进程（'max' 或 '#'
意味着在与本地机器上的内核数量一样多的进程中运行； IE，
与指定“-M”或“--maximummultiprocessing”相同）。

教学计划 记录 选项：
-g 对数频率， --log-频率 对数频率
树处理进度记录频率（默认值：500；设置为 0 以抑制）。

-q, - 安静的
禁止所有日志记录、进度和反馈消息。

教学计划 误差 选项：
--忽略缺少支持
忽略缺少的支持树文件（注意必须至少存在一个）。

教学计划 资讯 选项：
-h, - 帮帮我
显示程序的帮助信息并退出。

--引文
显示程序和退出的引用信息。

--用法示例
显示程序和退出的使用示例。

- 描述
显示有关您的 DendroPy 和 Python 安装的信息并退出。

作者

Jeet Sukumaran 和 Mark T. Holder

使用 onworks.net 服务在线使用 sumtrees