这是 TrimmomaticSE 命令，可以使用我们的多个免费在线工作站之一在 OnWorks 免费托管服务提供商中运行，例如 Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或 MAC OS 在线模拟器
程序：
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TrimmomaticPE - Illumina NGS 数据的灵活读取修整工具
概要
双端模式：
修剪型PE [-线程 线程] [-phred33 | -phred64] [-trimlog 日志文件] 配对 产量
1 未配对 产量 1 配对 产量 2 未配对 产量 2 步 1 ...
单端模式：
微调SE [-线程 线程] [-phred33 | -phred64] [-trimlog 日志文件] 产量 步 1
...
商品描述
Trimmomatic 为 illumina 双端和单端执行各种有用的修剪任务
结束数据。修剪步骤的选择及其相关参数提供在
命令行。
配置
-phred
如果未指定质量分数，则默认为 phred-64。
-修剪日志
指定修剪日志文件会创建所有读取修剪的日志，指示
以下详细信息：
·读名
· 幸存的序列长度
· 第一个幸存基地的位置，又名。 从一开始修剪的数量
· 原始读取中最后一个幸存的碱基的位置
· 从末端修剪的量
通过在末尾使用附加参数，可以根据需要指定多个步骤。
大多数步骤采用一个或多个设置，以“:”（冒号）分隔
步骤选项：
ILLUMINACLIP： ： ： ：
fastaWithAdaptersEtc：指定包含所有适配器、PCR 序列等的 fasta 文件的路径。
该文件中各种序列的命名决定了它们的使用方式。 见下文。
seedMismatches：指定仍允许执行完全匹配的最大不匹配计数
palindromeClipThreshold：指定 PE 回文读取对齐的两个“适配器连接”读取之间的匹配必须有多准确。
simpleClipThreshold：指定任何适配器等序列之间的匹配必须针对读取的准确程度。
.
适配器安装在 Debian 系统上的 /usr/share/trimmomatic/。
滑动窗口： ：
windowSize：指定要平均的碱基数
requiredQuality：指定所需的平均质量。
领导：
质量：指定保持基地所需的最低质量。
尾随：
质量：指定保持基地所需的最低质量。
庄稼：
长度：从读取开始要保留的碱基数。
头饰：
长度：要从读取开始处删除的碱基数。
最小长度：
length：指定要保留的最小读取长度。
修剪顺序
修剪按照在命令行上指定的步骤的顺序进行。 这是
在大多数情况下，建议在需要时尽早进行适配器剪裁
可能。
示例
配对端：
修剪型PE s_1_1_sequence.txt.gz s_1_2_sequence.txt.gz lane1_forward_paired.fq.gz
Lane1_forward_unpaired.fq.gz Lane1_reverse_paired.fq.gz Lane1_reverse_unpaired.fq.gz
ILLUMINACLIP:/usr/share/trimmomatic/illuminaClipping.fa:2:40:15 LEADING:3 TRAILING:3
滑动窗口:4:15 MINLE:36
这将执行以下操作：
移除适配器
删除前导的低质量或 N 个碱基（低于质量 3）
删除尾随的低质量或 N 个碱基（质量低于 3）
使用 4 碱基宽的滑动窗口扫描读取，当每个碱基的平均质量低于 15 时进行切割
删除低于 36 个碱基长的读数
单端读取的等效项是：
微调SE s_1_1_sequence.txt.gz 车道1_forward.fq.gz
ILLUMINACLIP:/usr/share/trimmomatic/illuminaClipping.fa:2:40:15 LEADING:3 TRAILING:3
滑动窗口:4:15 MINLE:36
使用 onworks.net 服务在线使用 TrimmomaticSE
