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概要

双重壮举 -序列 后继 [-来源 绳子] -一种 绳子 [- 感觉 名单[-amincore 浮动]
[-amaxscore 浮动[-标签 绳子[-一个值 绳子[-b源 绳子] -b型 绳子
[-bsense 名单[-bminscore 浮动[-bmaxscore 浮动[-标签 绳子]
[-b值 绳子[-重叠 名单] -最小范围 整数 -最大范围 整数
[-范围类型 名单[-感 名单[-命令 名单[-双出 切换] -打字 绳子
-输出文件 报告

双重壮举 -救命

商品描述

双重壮举 是来自 EMBOSS（“欧洲分子生物学公开赛”）的命令行程序
软件套件”）。 它是“特征表”命令组的一部分。

配置

输入 部分
-序列 后继

(名) 特集 选项
-来源 绳子
默认情况下，允许特征表中的任何特征源。 您可以将其设置为
匹配您希望允许的任何功能源。 源名称通常是名称
检测到特征的程序或者是特征表（例如：EMBL）
该功能来自。 可以使用“*”对源进行通配符。 如果您希望允许
多个来源，用字符“|”分隔它们的名字，例如：gene* | 标志
默认值： *

-一种 绳子
默认情况下，特征表中的每个特征都是允许的。 您可以将其设置为任何
您希望允许的功能类型。 看 http://www.ebi.ac.uk/embl/WebFeat/ 以获得清单
EMBL 特征类型并参见 Swissprot 用户手册的附录 A
http://www.expasy.org/sprot/userman.html 获取 Swissprot 要素类型的列表。
该类型可以使用“*”进行通配。 如果您希望允许多于一种类型，
用字符“|”分隔他们的名字，例如：*UTR | 内含子默认值：*

- 感觉 名单
默认情况下，允许任何特征感知。 您可以设置它以匹配所需的感觉。

-amincore 浮动
如果这大于或等于最大分数，则允许任何分数。
默认值：0.0

-amaxscore 浮动
如果这小于或等于最大分数，则允许任何分数。
默认值：0.0

-标签 绳子
标签是功能可能具有的额外值的类型。 例如在 EMBL
特征表，“CDS”类型的特征可能有标签“/codon”、“/codon_start”、
'/db_xref', '/EC_number', '/evidence', '/exception', '/function', '/gene', '/label',
'/map', '/note', '/number', '/partial', '/product', '/protein_id', '/pseudo',
“/standard_name”、“/translation”、“/transl_except”、“/transl_table”或“/usedin”。
其中一些标签也有值，例如“/gene”可以有
基因名称。 默认情况下，允许特征表中的任何特征标记。 你可以设置
这匹配您希望允许的任何功能标签。 标签可以使用通配符
'*'。 如果您希望允许多个标签，请用字符分隔它们的名称
'|'，例如：基因 | 标签默认值：*

-一个值 绳子
标签值是与特征标签关联的值。 标签是额外的类型
特征可能具有的值。 例如，在 EMBL 特征表中，“CDS”类型的
特征可能有标签“/codon”、“/codon_start”、“/db_xref”、“/EC_number”、
'/evidence', '/exception', '/function', '/gene', '/label', '/map', '/note', '/number',
'/partial', '/product', '/protein_id', '/pseudo', '/standard_name', '/translation',
“/transl_except”、“/transl_table”或“/usedin”。 只有其中一些标签可以有
值，例如 '/gene' 可以具有基因名称的值。 默认任何
允许特征表中的特征标记值。 您可以将其设置为匹配任何
您希望允许的特征标记值。 标记值可以使用“*”进行通配。 如果
您希望允许多个标签值，用字符分隔它们的名称
'|'，例如：pax* | 10 默认值：*

秒 特集 选项
-b源 绳子
默认情况下，允许特征表中的任何特征源。 您可以将其设置为
匹配您希望允许的任何功能源。 源名称通常是名称
检测到特征的程序或者是特征表（例如：EMBL）
该功能来自。 可以使用“*”对源进行通配符。 如果您希望允许
多个来源，用字符“|”分隔它们的名字，例如：gene* | 标志
默认值： *

-b型 绳子
默认情况下，特征表中的每个特征都是允许的。 您可以将其设置为任何
您希望允许的功能类型。 看 http://www.ebi.ac.uk/embl/WebFeat/ 以获得清单
EMBL 特征类型并参见 Swissprot 用户手册的附录 A
http://www.expasy.org/sprot/userman.html 获取 Swissprot 要素类型的列表。
该类型可以使用“*”进行通配。 如果您希望允许多于一种类型，
用字符“|”分隔他们的名字，例如：*UTR | 内含子默认值：*

-bsense 名单
默认情况下，允许任何特征感知。 您可以设置它以匹配所需的感觉。

-bminscore 浮动
如果这大于或等于最大分数，则允许任何分数。
默认值：0.0

-bmaxscore 浮动
如果这小于或等于最大分数，则允许任何分数。
默认值：0.0

-标签 绳子
标签是功能可能具有的额外值的类型。 例如在 EMBL
特征表，“CDS”类型的特征可能有标签“/codon”、“/codon_start”、
'/db_xref', '/EC_number', '/evidence', '/exception', '/function', '/gene', '/label',
'/map', '/note', '/number', '/partial', '/product', '/protein_id', '/pseudo',
“/standard_name”、“/translation”、“/transl_except”、“/transl_table”或“/usedin”。
其中一些标签也有值，例如“/gene”可以有
基因名称。 默认情况下，允许特征表中的任何特征标记。 你可以设置
这匹配您希望允许的任何功能标签。 标签可以使用通配符
'*'。 如果您希望允许多个标签，请用字符分隔它们的名称
'|'，例如：基因 | 标签默认值：*

-b值 绳子
标签值是与特征标签关联的值。 标签是额外的类型
特征可能具有的值。 例如，在 EMBL 特征表中，“CDS”类型的
特征可能有标签“/codon”、“/codon_start”、“/db_xref”、“/EC_number”、
'/evidence', '/exception', '/function', '/gene', '/label', '/map', '/note', '/number',
'/partial', '/product', '/protein_id', '/pseudo', '/standard_name', '/translation',
“/transl_except”、“/transl_table”或“/usedin”。 只有其中一些标签可以有
值，例如 '/gene' 可以具有基因名称的值。 默认任何
允许特征表中的特征标记值。 您可以将其设置为匹配任何
您希望允许的特征标记值。 标记值可以使用“*”进行通配。 如果
您希望允许多个标签值，用字符分隔它们的名称
'|'，例如：pax* | 10 默认值：*

专栏 关系 选项
-重叠 名单
这允许您指定要素 A 和 B 的允许重叠。您可以允许
任何或没有重叠，指定它们必须或不得重叠，必须或必须
不能完全封闭在另一个特征中。 默认值：A

-最小范围 整数
如果这大于或等于“maxrange”，则不指定最小或最大范围

-最大范围 整数
如果这小于或等于 'minrange'，则不指定最小或最大范围

-范围类型 名单
这允许您指定允许的最小值或最大值的位置
测量特征之间的距离 默认值：N

-感 名单
这允许您指定两个功能必须打开的所需意义。 这个
在查看蛋白质序列特征时被忽略（总是“任何”）。 默认值：A

-命令 名单
这允许您指定两个功能所需的顺序。 订单是
从特征的起始位置开始测量。 此标准始终适用
尽管需要指定的重叠类型。 默认值：A

输出 部分
-双出 切换
如果您将此设置为 true，则将写出这两个功能本身。 如果
它被保留为假，然后一个单一的特征将被写出覆盖这两个
您找到的功能。 默认值：N

-打字 绳子
如果您已指定找到的特征对应报告为
输出中的一项功能，然后您可以指定新功能的“类型”名称
这里。 默认情况下，特征表中的每个特征都是允许的。 看
http://www.ebi.ac.uk/embl/WebFeat/ 有关 EMBL 要素类型的列表，请参阅
Swissprot 用户手册的附录 A http://www.expasy.org/sprot/userman.html
获取 Swissprot 要素类型的列表。 如果您指定了无效的要素类型
名称，则使用默认名称“misc_feature”。 默认值：misc_feature

-输出文件 报告

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