这是可以使用我们的多个免费在线工作站之一在 OnWorks 免费托管服务提供商中运行的命令 varscan，例如 Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或 MAC OS 在线模拟器
程序：
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varscan - 下一代测序数据中的变异检测
概要
变量扫描 [指挥] [选项]
商品描述
大规模并行测序中的变异检测。 对于一个样本，调用 SNP、插入缺失、
和共识基因型。 对于肿瘤-正常对，将每个变异进一步分类为
Germline、Somatic 或 LOH，还可检测体细胞拷贝数变化。
用法
命令：
堆积2snp
从堆积文件中识别 SNP
堆积2indel
识别 indels 堆积文件
堆积2cns
从堆积文件中调用共识和变体
mpileup2snp
从 mpileup 文件中识别 SNP
mpileup2indel
识别 indels 一个 mpileup 文件
mpileup2cns
从 mpileup 文件中调用共识和变体
体
从肿瘤正常堆积中调用种系/体细胞变异
拷贝数
从肿瘤正常堆积中确定相对肿瘤拷贝数
阅读次数
从堆积文件中获取变体列表的读取计数
过滤 按覆盖范围、频率、p 值等过滤 SNP。
体细胞过滤器
过滤簇/插入的体细胞变异
过程体
从输出中分离 Germline/LOH/Somatic 调用
复制调用者
GC 调整和处理来自 VarScan 拷贝数输出的拷贝数变化
我们的
比较两个位置/变量列表
限制 限制堆积/snps/indels 到 ROI 位置
使用 onworks.net 服务在线使用 varscan
