这是名为 BarraCUDA Fast Short Read Aligner 的 Linux 应用程序，其最新版本可以作为 barracuda_0.7.107h.tar.gz 下载。 它可以在工作站的免费托管服务提供商 OnWorks 中在线运行。
下载并在线运行这个名为 BarraCUDA Fast Short Read Aligner with OnWorks 的应用程序是免费的。
请按照以下说明运行此应用程序：
- 1. 在您的 PC 中下载此应用程序。
- 2. 在我们的文件管理器 https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX 中输入您想要的用户名。
- 3. 在这样的文件管理器中上传这个应用程序。
- 4. 从此网站启动OnWorks Linux online 或Windows online emulator 或MACOS online emulator。
- 5. 从您刚刚启动的 OnWorks Linux 操作系统，使用您想要的用户名转到我们的文件管理器 https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX。
- 6. 下载应用程序，安装并运行。
SCREENSHOTS
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BarraCUDA 快速短读对齐器
商品描述
Barracuda 是一种基于 Sanger 的 BWA 的高速序列比对器，并利用最新的 Nvidia CUDA 架构来加速下一代测序器生成的序列读数的比对。
特性
- 修复了在 Ubuntu 16.04 中编译软件的问题
- 调整：SAMPE 8 核限制现已解除
- 使用 NVIDIA CUDA 加速的 FM-index 测序读取映射器软件
- 用于下游分析的 SAM 格式输出
- 需要计算能力为 3.5 或更高的 NVIDIA 显卡和至少 1GB VRAM
- 需要 NVIDIA CUDA SDK 工具包 6.x 或更高版本和 NVIDIA 驱动程序 340 或更高版本
- BarraCUDA 发表于 BMC Research Notes 2012, 5:27, doi:10.1186/1756-0500-5-27
- 论文网址： http://www.biomedcentral.com/1756-0500/5/27
- 该项目得到剑桥大学 CUDA 卓越中心的支持
目的
学术/科研
用户界面
命令行
程式语言
C++，C
分类
这是一个也可以从 https://sourceforge.net/projects/seqbarracuda/ 获取的应用程序。 它已托管在 OnWorks 中，以便从我们的免费操作系统之一以最简单的方式在线运行。
