这是名为 CIMS 的 Linux 应用程序，可在 Linux 上在线运行，其最新版本可以下载为 CIMS.v1.0.5.tgz。它可以在免费的工作站托管提供商 OnWorks 中在线运行。
下载并在线运行这个名为 CIMS 的应用程序，以便通过 OnWorks 免费在 Linux 中运行。
请按照以下说明运行此应用程序：
- 1. 在您的 PC 中下载此应用程序。
- 2. 在我们的文件管理器 https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX 中输入您想要的用户名。
- 3. 在这样的文件管理器中上传这个应用程序。
- 4. 从此网站启动OnWorks Linux online 或Windows online emulator 或MACOS online emulator。
- 5. 从您刚刚启动的 OnWorks Linux 操作系统，使用您想要的用户名转到我们的文件管理器 https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX。
- 6. 下载应用程序，安装并运行。
SCREENSHOTS
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CIMS在Linux上在线运行
商品描述
该软件包包括用于从 HITS-CLIP 数据中检测统计上可重复的交联诱导突变位点 (CIMS) 和交联诱导截断位点 (CITS) 的脚本。参考文献：
Moore, M.*、Zhang, C.*、Gantman, E.C.、Mele, A.、Darnell, J.C.、Darnell, R.B. 2014。使用 HITS-CLIP 以单核苷酸分辨率绘制 Argonaute 和常规 RNA 结合蛋白与 RNA 的相互作用和 CIMS 分析。 Nat 协议，9：263-293。
张，C.†，达内尔，R.B.† 2011。根据 HITS-CLIP 数据以单核苷酸分辨率绘制体内蛋白质-RNA 相互作用图。纳特。生物技术。 29:607-614。
特性
- 将原始 CLIP 读数映射到参考基因组（使用 novoalign）
- 根据随机条形码的存在，使用不同模型折叠 PCR 重复项
- 用于识别簇并确定峰高的簇 CLIP 标签
- 跟踪独特 CLIP 标签中的突变（插入、删除和替换）
- 识别稳健的交联诱导突变位点 (CIMS)
- 从 BrdU-CLIP、iCLIP 或其他类似变体中识别稳健的交联诱导截断位点 (CITS)
目的
高级最终用户
用户界面
命令行
程式语言
Perl的
该应用程序也可以从 https://sourceforge.net/projects/ngs-cims/ 获取。它已托管在 OnWorks 中，以便从我们的免费操作系统之一以最简单的方式在线运行。
