这是名为 codonPhyML 的 Linux 应用程序，其最新版本可以作为 codonPhyML_dev_1.00_201407.24.zip 下载。 它可以在工作站的免费托管服务提供商 OnWorks 中在线运行。
使用 OnWorks 免费下载并在线运行这个名为 codonPhyML 的应用程序。
请按照以下说明运行此应用程序：
- 1. 在您的 PC 中下载此应用程序。
- 2. 在我们的文件管理器 https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX 中输入您想要的用户名。
- 3. 在这样的文件管理器中上传这个应用程序。
- 4. 从此网站启动OnWorks Linux online 或Windows online emulator 或MACOS online emulator。
- 5. 从您刚刚启动的 OnWorks Linux 操作系统，使用您想要的用户名转到我们的文件管理器 https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX。
- 6. 下载应用程序，安装并运行。
SCREENSHOTS
Ad
密码子PhyML
商品描述
codonPhyML 在系统发育重建中使用马尔可夫密码子进化模型。 给定一组以其 DNA 序列为特征的物种作为输入，codonPhyML 将返回最能描述它们进化关系的系统发育树。 我们描述 codonPhyML 的论文已发表在“Molecular Biology and Evolution”（MBE）杂志上。 欲知更多详情，请点击链接： http://mbe.oxfordjournals.org/content/30/6/1270. codonPhyML 登上了 MBE 的封面！ 检查一下（2013 年 XNUMX 月）： http://mbe.oxfordjournals.org/content/30/8.toc.对于 CodonPhyML 的多模型版本，请使用“codonphyml_multi.tgz”压缩包。
特征
- 马尔可夫密码子进化模型：Goldman & Yang 1994, Muse & Gaut 1994, Kosiol et al 2007, Schneider et al 2005, Yap et al 2010
- NNI 和 SPR 树拓扑搜索启发式
- 通过最大似然估计的替代率参数
- 通过 OpenMP 支持多核
- 不同模型（即 AA、NT 和 CODON）之间的可比性
目的
科学/研究，教育
用户界面
控制台/终端，命令行
程式语言
C
这是一个也可以从 https://sourceforge.net/projects/codonphyml/ 获取的应用程序。 它已托管在 OnWorks 中，以便从我们的免费操作系统之一以最简单的方式在线运行。
