这是名为 CPAT 的 Linux 应用程序，可在 Linux 上在线运行，其最新版本可以作为 Human_coding_transcripts_mRNA.fa.gz 下载。它可以在免费的工作站托管提供商 OnWorks 中在线运行。
下载并在线运行这个名为 CPAT 的应用程序，以便通过 OnWorks 免费在 Linux 中运行。
请按照以下说明运行此应用程序：
- 1. 在您的 PC 中下载此应用程序。
- 2. 在我们的文件管理器 https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX 中输入您想要的用户名。
- 3. 在这样的文件管理器中上传这个应用程序。
- 4. 从此网站启动OnWorks Linux online 或Windows online emulator 或MACOS online emulator。
- 5. 从您刚刚启动的 OnWorks Linux 操作系统，使用您想要的用户名转到我们的文件管理器 https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX。
- 6. 下载应用程序，安装并运行。
CPAT 在 Linux 中在线运行
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商品描述
使用 RNA-seq，已经鉴定了数以万计的新转录本和异构体（Djebali 等人 Nature，2012；Carbili 等人，Gene & Development，2011）这些隐藏转录组的发现重新激发了区分编码和非编码 RNA 的需要。然而，大多数以前的编码潜力预测方法严重依赖于比对，要么是成对比对来搜索蛋白质证据，要么是多重比对来计算系统发育保守评分（例如 CPC 、 PhyloCSF 和 RNACode ）。这是因为大多数先前鉴定的转录物（包括蛋白质编码 RNA 和短的管家/调节 RNA（例如 snRNA、snoRNA 和 tRNA））都是高度保守的。虽然这些方法仍然非常有用，但有一些局限性：大多数lncRNA不太保守，并且往往具有谱系特异性，这极大地限制了基于比对的方法的区分能力。例如，在从斑马鱼中检测到的 550 个 lncRNA 中，只有 29 个具有可检测的序列
目的
学术/科研
用户界面
基于 Web 的命令行
程式语言
Python
该应用程序也可以从 https://sourceforge.net/projects/rna-cpat/ 获取。它已托管在 OnWorks 中，以便从我们的免费操作系统之一以最简单的方式在线运行。
