这是名为 GMOL 的 Linux 应用程序,其最新版本可以下载为 human_chromosome_GSS_Structures.zip。 它可以在工作站的免费托管服务提供商 OnWorks 中在线运行。
使用 OnWorks 免费下载并在线运行这个名为 GMOL 的应用程序。
请按照以下说明运行此应用程序:
- 1. 在您的 PC 中下载此应用程序。
- 2. 在我们的文件管理器 https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX 中输入您想要的用户名。
- 3. 在这样的文件管理器中上传这个应用程序。
- 4. 从此网站启动OnWorks Linux online 或Windows online emulator 或MACOS online emulator。
- 5. 从您刚刚启动的 OnWorks Linux 操作系统,使用您想要的用户名转到我们的文件管理器 https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX。
- 6. 下载应用程序,安装并运行。
SCREENSHOTS
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商品描述
GMOL 是一种旨在以 3D 方式可视化基因组结构的应用程序。 它允许用户在多个尺度上查看基因组结构,包括:全局、染色体、基因座、纤维、核小体和核苷酸。 该软件是建立在程教授团队预先存在的 Jmol 包之上的。
该软件由美国密苏里大学哥伦比亚分校计算机科学系程健林教授的生物信息学、数据挖掘和机器学习实验室开发。 该项目得到了美国国家科学基金会的支持(资助号:DBI1149224)。
如果您在研究中使用 GMOL,请引用:
Nowotny, Jackson, Avery Wells, Oluwatosin Oluwadare, Lingfei Xu, Renzhi Cao, Tuan Trieu, Chenfeng He, and Jianlin Cheng。 “GMOL:用于 3D 基因组结构可视化的交互式工具。” 科学报告 6 (2016):20802。
特性
- 以 3D 交互方式可视化基因组结构
- 支持多种尺度/分辨率:全局、染色体、基因座、纤维、核小体、核苷酸
- 测量结构中点之间的距离和角度
- 旋转和缩放模型以进一步分析它们
- 根据索引、尺度或序列信息选择结构的部分
- 获取选定结构或部分结构的 DNA 序列
- 包括现有的 Jmol 函数
目的
科学/研究,工程
程式语言
爪哇岛
分类
这是一个也可以从 https://sourceforge.net/projects/gmol/ 获取的应用程序。 它已托管在 OnWorks 中,以便从我们的免费操作系统之一以最简单的方式在线运行。