这是一个名为 kSNP 的 Linux 应用程序，可在 Linux 在线运行，其最新版本可以作为 kSNP3.1_Linux_package.zip 下载。 它可以在工作站的免费托管服务提供商 OnWorks 中在线运行。
下载并在线运行这个名为 kSNP 的应用程序，可免费使用 OnWorks 在 Linux 中在线运行。
请按照以下说明运行此应用程序：
- 1. 在您的 PC 中下载此应用程序。
- 2. 在我们的文件管理器 https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX 中输入您想要的用户名。
- 3. 在这样的文件管理器中上传这个应用程序。
- 4. 从此网站启动OnWorks Linux online 或Windows online emulator 或MACOS online emulator。
- 5. 从您刚刚启动的 OnWorks Linux 操作系统，使用您想要的用户名转到我们的文件管理器 https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX。
- 6. 下载应用程序，安装并运行。
kSNP 在 Linux 中在线运行
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商品描述
kSNP 识别一组基因组序列中的泛基因组 SNP，并基于这些 SNP 估计系统发育树。 SNP 发现基于 k-mer 分析，不需要多序列比对或参考基因组的选择，因此 kSNP 可以将 100 个微生物基因组作为输入。 SNP 基因座由围绕中央 SNP 等位基因的长度为 k 的寡核苷酸定义。 kSNP 可以分析组装重叠群或原始未组装读取中的完整（完成）基因组和未完成基因组。 完成和未完成的基因组可以一起分析，kSNP 可以自动下载完成的基因组的 Genbank 文件，并将这些文件中的信息合并到 SNP 注释中。Gardner, SN 和 Hall, BG 2013。当全基因组比对不起作用时：kSNP v2 软件用于无比对的 SNP 发现和数百个微生物基因组的系统发育。 PLoS ONE, 8(12):e81760.doi:10.1371/journal.pone.0081760
这是一个也可以从 https://sourceforge.net/projects/ksnp/ 获取的应用程序。 它已托管在 OnWorks 中，以便从我们的免费操作系统之一以最简单的方式在线运行。
