这是名为 NGSEP 的 Linux 应用程序,其最新版本可以作为 NGSEPwindows_4.3.2.zip 下载。 它可以在工作站的免费托管服务提供商 OnWorks 中在线运行。
使用 OnWorks 免费下载并在线运行这个名为 NGSEP 的应用程序。
请按照以下说明运行此应用程序:
- 1. 在您的 PC 中下载此应用程序。
- 2. 在我们的文件管理器 https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX 中输入您想要的用户名。
- 3. 在这样的文件管理器中上传这个应用程序。
- 4. 从此网站启动OnWorks Linux online 或Windows online emulator 或MACOS online emulator。
- 5. 从您刚刚启动的 OnWorks Linux 操作系统,使用您想要的用户名转到我们的文件管理器 https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX。
- 6. 下载应用程序,安装并运行。
SCREENSHOTS
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地质勘探局
商品描述
NGSEP 是一个用于分析短 DNA 和长 DNA 高通量测序读数的集成框架。 当前版本提供了测序数据的从头分析和参考引导分析的功能,包括基因组组装、读图谱、变异检测和基因分型以及从简化表示协议生成的数据的从头分析。 NGSEP还提供用于分析基因组变异数据库(VCF文件)的模块,包括功能注释、过滤、格式转换、比较、聚类、插补、渗入分析和不同类型的统计。 从版本 4 开始,我们提供了基因组和转录组管理的功能,包括基因组比对和转座元件注释。 我们的 wiki 中提供了完整的功能列表(https://sourceforge.net/p/ngsep/wiki/Home/).
下载之前:绿色按钮指向 jar 以供命令行使用。 请参阅 wiki 了解 GUI 和其他选项
特征
- 从头基因组组装
- 原始读数与参考基因组的比对
- SNP、CNV 和结构变异检测
- VCF操作:功能注释、合并、过滤、比较、格式转换、插补
- 读取解复用
- 注释基因组组装的比对
- GFF3 格式转录组注释的统计和过滤
目的
医疗保健行业、科学/研究、其他受众、农业
用户界面
Java SWT、控制台/终端、Eclipse
程式语言
爪哇岛
分类目录
这是一个也可以从 https://sourceforge.net/projects/ngsep/ 获取的应用程序。 它已托管在 OnWorks 中,以便从我们的免费操作系统之一以最简单的方式在线运行。