这是名为 ParDRe 的 Linux 应用程序,其最新版本可以作为 ParDRe-rel2.2.5.tar.gz 下载。 它可以在工作站的免费托管服务提供商 OnWorks 中在线运行。
使用 OnWorks 免费下载并在线运行这个名为 ParDRe 的应用程序。
请按照以下说明运行此应用程序:
- 1. 在您的 PC 中下载此应用程序。
- 2. 在我们的文件管理器 https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX 中输入您想要的用户名。
- 3. 在这样的文件管理器中上传这个应用程序。
- 4. 从此网站启动OnWorks Linux online 或Windows online emulator 或MACOS online emulator。
- 5. 从您刚刚启动的 OnWorks Linux 操作系统,使用您想要的用户名转到我们的文件管理器 https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX。
- 6. 下载应用程序,安装并运行。
帕德雷
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商品描述
ParDRe 是一种去除重复读取的并行工具。 重复读取可以看作是相同的
或几乎相同的序列,但有一些错配。 该工具将使用户避免对不必要的读取进行分析,从而减少后续处理数据集(例如,程序集、映射等)的时间。
该工具使用 MPI 实现,以利用多核的并行能力
集群。 对于相同数量的内核,它比多线程对应物(2015 年底)更快,并且由于消息传递技术,它可以在集群上执行。
ParDRe 还存在一个 MapReduce 对应物,称为 MarDRe(参见上面的链接)。
更新:从 2.0.5 版开始,ParDRe 还支持仅删除光学重复项(并保留生物学上有趣的重复项)以及使用 .gz 格式处理压缩输入/输出。
目的
信息技术、医疗保健行业、科学/研究
用户界面
控制台/终端,命令行
程式语言
C + +中
分类目录
这是一个也可以从 https://sourceforge.net/projects/pardre/ 获取的应用程序。 它已托管在 OnWorks 中,以便从我们的免费操作系统之一以最简单的方式在线运行。