这是名为 PASHA:Parallelized Short Read Assembly 的 Linux 应用程序,其最新版本可以作为 Pasha-1.0.10.tar.bz2 下载。它可以在免费的工作站托管提供商 OnWorks 中在线运行。
免费下载并在线运行名为“PASHA:使用 OnWorks 并行化短读程序集”的应用程序。
请按照以下说明运行此应用程序:
- 1. 在您的 PC 中下载此应用程序。
- 2. 在我们的文件管理器 https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX 中输入您想要的用户名。
- 3. 在这样的文件管理器中上传这个应用程序。
- 4. 从此网站启动OnWorks Linux online 或Windows online emulator 或MACOS online emulator。
- 5. 从您刚刚启动的 OnWorks Linux 操作系统,使用您想要的用户名转到我们的文件管理器 https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX。
- 6. 下载应用程序,安装并运行。
PASHA:并行短读组装
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商品描述
PASHA 是使用 de Bruijn 图的大型基因组的并行短读组装器。 利用共享内存多核 CPU 和分布式内存计算集群,PASHA 已经展示了其在合理的时间内以适度的计算资源对大型基因组进行高质量从头组装的潜力。 我们使用三个小型真实双端数据集进行的评估表明,与三个领先的组装程序(Velvet、ABySS 和 SOAPdenovo)相比,PASHA 能够生成具有可比基因组覆盖率和错误组装率的更好组装。 此外,PASHA 在单个 CPU 上实现了所有三个数据集的最快速度。 对于人类基因组,PASHA 与 ABySS 实现了具有竞争力的组装质量,并且能够在大约 21 小时内完成组装,这比相同硬件配置下的 ABySS 快约 2.38 倍。
用户界面
控制台/终端
程式语言
C + +中
分类目录
这是一个也可以从 https://sourceforge.net/projects/pasha/ 获取的应用程序。 它已托管在 OnWorks 中,以便从我们的免费操作系统之一以最简单的方式在线运行。