这是名为 SOAPdenovo2 的 Linux 应用程序,其最新版本可以作为 SOAPdenovo2-src-r240.tgz 下载。 它可以在工作站的免费托管服务提供商 OnWorks 中在线运行。
使用 OnWorks 免费下载并在线运行这个名为 SOAPdenovo2 的应用程序。
请按照以下说明运行此应用程序:
- 1. 在您的 PC 中下载此应用程序。
- 2. 在我们的文件管理器 https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX 中输入您想要的用户名。
- 3. 在这样的文件管理器中上传这个应用程序。
- 4. 从此网站启动OnWorks Linux online 或Windows online emulator 或MACOS online emulator。
- 5. 从您刚刚启动的 OnWorks Linux 操作系统,使用您想要的用户名转到我们的文件管理器 https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX。
- 6. 下载应用程序,安装并运行。
SOAP devo2
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商品描述
SOAPdenovo2 的下一步是什么:
MEGAHIT 是 SOAPdenovo2 的正式继承者
MEGAHIT:通过简洁的 de Bruijn 图用于大型复杂宏基因组学组装的超快速单节点解决方案
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/25609793
https://github.com/voutcn/megahit
GitHub 上的最新代码:
https://github.com/aquaskyline/SOAPdenovo2
SOAPdenovo 是一种新颖的短读组装方法,可以为人类大小的基因组构建从头组装草图。 该程序专为组装 Illumina 短读段而设计。 它为构建参考序列和以具有成本效益的方式对未探索的基因组进行准确分析创造了新的机会。 SOAPdenovo2 是 SOAPdenovo 的继承者。 如果您想引用 SOAPdenovo2,请引用发表在 GigaScience 上的论文(参见下面的网站)。
目的
科学/研究,开发人员
用户界面
命令行
程式语言
C++,C
数据库环境
平面文件
这是一个也可以从 https://sourceforge.net/projects/soapdenovo2/ 获取的应用程序。 它已托管在 OnWorks 中,以便从我们的免费操作系统之一以最简单的方式在线运行。