这是名为 SplitMEM 的 Linux 应用程序,其最新版本可以下载为 splitmem.1.0.tgz。 它可以在工作站的免费托管服务提供商 OnWorks 中在线运行。
使用 OnWorks 免费下载并在线运行这个名为 SplitMEM 的应用程序。
请按照以下说明运行此应用程序:
- 1. 在您的 PC 中下载此应用程序。
- 2. 在我们的文件管理器 https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX 中输入您想要的用户名。
- 3. 在这样的文件管理器中上传这个应用程序。
- 4. 从此网站启动OnWorks Linux online 或Windows online emulator 或MACOS online emulator。
- 5. 从您刚刚启动的 OnWorks Linux 操作系统,使用您想要的用户名转到我们的文件管理器 https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX。
- 6. 下载应用程序,安装并运行。
分裂记忆体
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商品描述
随着改进的测序技术的兴起,基因组学正在从每个物种的单一参考范式扩展到更全面的泛基因组方法,将多个个体一起代表和分析。 在这里,我们介绍了一种称为 splitMEM 的新的 O(n log n) 时间和空间算法,该算法直接为总长度为 n 的泛基因组构建压缩的 de Bruijn 图。 为了实现这个时间复杂度,我们使用后缀跳过来增加后缀树,这是一种新的构造,允许我们在恒定时间内遍历多个后缀链接,并在后缀树遍历期间使用它们有效地分解最大精确匹配 (MEM)。
目的
学术/科研
用户界面
命令行
程式语言
C + +中
分类目录
这是一个也可以从 https://sourceforge.net/projects/splitmem/ 获取的应用程序。 它已托管在 OnWorks 中,以便从我们的免费操作系统之一以最简单的方式在线运行。