这是名为 TaxOnTree 的 Linux 应用程序，其最新版本可以下载为 TaxOnTree_v1.6.1.3_Linux_x86_64.tar.gz。 它可以在工作站的免费托管服务提供商 OnWorks 中在线运行。
使用 OnWorks 免费下载并在线运行这个名为 TaxOnTree 的应用程序。
请按照以下说明运行此应用程序：
- 1. 在您的 PC 中下载此应用程序。
- 2. 在我们的文件管理器 https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX 中输入您想要的用户名。
- 3. 在这样的文件管理器中上传这个应用程序。
- 4. 从此网站启动OnWorks Linux online 或Windows online emulator 或MACOS online emulator。
- 5. 从您刚刚启动的 OnWorks Linux 操作系统，使用您想要的用户名转到我们的文件管理器 https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX。
- 6. 下载应用程序，安装并运行。
SCREENSHOTS
Ad
税收在树上
商品描述
TaxOnTree 是一个系统发育程序，用于关联系统发育树中的分类信息。
输出是一个 NEX 格式的树文件，配置为在 FigTree 中打开，用户可以根据任何分类群或查询序列共享的祖先快速着色。 如果集群已经可用，输入可以是用于 BLAST 搜索的 Fasta 格式文件或由其标识符（UniProtAC 或 NCBI gi）表示的序列列表。 此外，使用用户软件和特定设置生成的 newick 文件可用于进行分类标记。 TaxOnTree 将其用户变成了分类学专家。 TaxOnTree 还纠正了 NCBI 分类法中某些分类群的缺失。 命令行程序易于设置，可以与多种生物信息学工具耦合，生成 PDF 格式的彩色树。 TaxOnTree 可作为 Web 工具使用 http://biodados.icb.ufmg.br/taxontree 对于要求不高的工作。
特征
- 以 fasta 格式（或其 ID）输入查询并生成系统发育树
- 仅包含完整蛋白质的 RefSeq 数据库和 UniProt 参考蛋白质随 TaxOnTree 一起分发
- 可以使用 MUSCLE、PRANK、Clustal Omega 或 Kalign 进行多重对齐
- 或者，可以使用 KO、eggNOG、OrthoMCL-DB、PANTHER 等同源物簇作为输入
- TaxOnTree 可以用 TrimAl 处理对齐并用 FastTree 构建一棵树
- 但是，用户以 newick 格式构建的树可以用作 TaxOnTree 的输入
- TaxOnTree 生成要使用 FigTree 打开的 NEXUS 文件
- 应用程序可以运行命令行 FigTree 并以 PDF 格式导出分析过的树
- 对于单次使用，可以使用 Web 工具，并且其代码也可用于本地安装
目的
学术/科研
用户界面
命令行
程式语言
Perl的
数据库环境
Perl DBI/DBD、MySQL
分类目录
这是一个也可以从 https://sourceforge.net/projects/taxontree/ 获取的应用程序。 它已托管在 OnWorks 中，以便从我们的免费操作系统之一以最简单的方式在线运行。
