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这是一个名为 ViralFusionSeq [VFS] 的 Linux 应用程序，可在 Linux 在线运行，其最新版本可以下载为 vfs-2016-08-17.r2.tar.gz。 它可以在工作站的免费托管服务提供商 OnWorks 中在线运行。
下载并在线运行这个名为 ViralFusionSeq [VFS] 的应用程序，可免费在 Linux 上运行 OnWorks。
请按照以下说明运行此应用程序：
- 1. 在您的 PC 中下载此应用程序。
- 2. 在我们的文件管理器 https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX 中输入您想要的用户名。
- 3. 在这样的文件管理器中上传这个应用程序。
- 4. 从此网站启动OnWorks Linux online 或Windows online emulator 或MACOS online emulator。
- 5. 从您刚刚启动的 OnWorks Linux 操作系统，使用您想要的用户名转到我们的文件管理器 https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX。
- 6. 下载应用程序，安装并运行。
SCREENSHOTS
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ViralFusionSeq [VFS] 在 Linux 上在线运行
商品描述
VFS 在 Ubuntu/Debian 系统下进行了全面测试。**公告1**：VFS优于Virus-Clip。 https://sourceforge.net/projects/viralfusionseq/files/VFS.vs.Virus-Clip.pdf/download
截至 2016 年，VFS 是 NIH HPC 系统中唯一可用的病毒式集成工具。
https://hpc.nih.gov/apps/ViralFusionSeq/
ViralFusionSeq (VFS) 是一种多功能的高通量测序 (HTS) 工具，用于发现病毒整合事件并以单碱基分辨率重建融合转录本。
VFS 结合了软剪切信息、read-pair 分析和有针对性的从头组装来发现和注释病毒-人类融合事件。
一个简单而有效的经验统计模型用于评估融合断点的质量。
需要最少的用户定义参数。
带有用户手册和 VFS 安装指南的源代码可在 sourceforge 的“文件”部分找到。
引文： http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/
特征
- 适用并使用 RNA-Seq 和 DNA-Seq 数据进行全面测试
- 利用剪切序列 (CS) 和配对末端 (RP) 信息来发现病毒整合
- 利用 CS 和 RP 信息重建融合转录本序列
目的
学术/科研
程式语言
Perl的
这是一个也可以从 https://sourceforge.net/projects/viralfusionseq/ 获取的应用程序。 它已托管在 OnWorks 中，以便从我们的免费操作系统之一以最简单的方式在线运行。
