أراجورن - عبر الإنترنت في السحابة

برنامج:

اسم

aragorn - الكشف عن جينات الحمض الريبي النووي النقال في تسلسل النيوكليوتيدات

موجز

آراغون [OPTION] ... FILE

OPTIONS

-m
ابحث عن جينات tmRNA.

-t
ابحث عن جينات الحمض الريبي النووي النقال (tRNA). افتراضيا ، يتم الكشف عن كل شيء. إذا كان أحد -m or -t محدد،
ثم لا يتم اكتشاف الآخر ما لم يتم تحديده أيضًا.

-جبل
ابحث عن جينات الميتوكوندريا الحمض النووي الريبي الميتازوان. لم يتم الكشف عن جينات الحمض الريبي النووي الريبي مع الإنترونات.
-i, -ريال سعودى مفاتيح تجاهل. تم استخدام الكود الوراثي المركب للميتوكوندريا.

-مطم
البحث عن جينات mitochondrial mitochondrial tRNA. -i, -ريال سعودى مفاتيح تجاهل. -تلفزيون تحول
تعيين. تم استخدام الشفرة الوراثية للميتوكوندريا للثدييات.

-mtx
مثل -جبل ولكن لم يتم الإبلاغ عن جينات الحمض الريبي النووي الريبي (tRNA) منخفضة الدرجات.

-متد
تم الإبلاغ عن تداخل جينات الحمض الريبي النووي النقال الميتازوان على خيوط متقابلة.

-Gc[NUM]
استخدم GenBank transl_table = [NUM] الكود الجيني. يمكن أن تكون التعديلات الفردية
ملحق باستخدام ، BBB= B = A أو C أو G أو T. هو رمز مكون من ثلاثة أحرف لملف
حمض أميني. يمكن تحديد أكثر من تعديل. على سبيل المثال -Gcvert، aga = Trp، agg = Trp
يستخدم رمز الميتوكوندريا الفقاري وتغيرت الكودونات AGA و AGG إلى
تريبتوفان.

-gcstd
استخدم الكود الجيني القياسي.

-Gcmet
استخدم الكود الجيني للميتوكوندريا المركب.

-Gcvert
استخدم الشفرة الوراثية للميتوكوندريا الفقارية.

-جسينفيرت
استخدم الشفرة الوراثية للميتوكوندريا اللافقارية.

- شرق
استخدم الشفرة الوراثية للميتوكوندريا للخميرة.

-gcprot
استخدم الكود الوراثي للميتوكوندريا العفن / البروتوزوان / Coelenterate.

-تكلس
استخدم الكود الجيني Ciliate.

-جكفلاتوورم
استخدم الشفرة الوراثية للميتوكوندريا / الدودة المفلطحة

-Gceuplot
استخدم الكود الجيني Euplotid.

-جكباكت
استخدم الشفرة الوراثية البكتيرية / البلاستيدات الخضراء.

-gcaltyeast
استخدم الكود الجيني البديل للخميرة.

-جكاسيد
استخدم الكود الجيني الأسكيدي للميتوكوندريا.

-جكالتفلات
استخدم الشفرة الوراثية البديلة للديدان المفلطحة.

-gcblep
استخدم الكود الجيني Blepharisma.

-جكلوروف
استخدم الكود الجيني للكلوروفيسين الميتوكوندريا.

-جكتريم
استخدم الكود الجيني Trematode Mitochondrial.

-Gcscen
استخدم الشفرة الوراثية للميتوكوندريا Scenedesmus obliquus.

-كثراست
استخدم الشفرة الوراثية للميتوكوندريا Thraustochytrium.

-تلفزيون
لا تبحث عن جينات الحمض الريبي النووي النقال الحلقية البديلة للميتوكوندريا. ذات الصلة فقط إذا -جبل
مستخدم.

-ج7
ابحث عن جينات الحمض الريبي النووي النقال مع 7 حلقات C أساسية فقط.

-i
ابحث عن جينات الحمض الريبي النووي النقال ذات الإنترونات في حلقة أنتيكودون بأقصى طول 3000 قاعدة.
الحد الأدنى لطول الإنترون هو 0 قواعد. إذا تجاهلتها -m محدد.

-i[ماكس]
البحث عن جينات الحمض الريبي النووي النقال مع إنترونات في حلقة أنتيكودون بأقصى طول [ماكس] القواعد.
الحد الأدنى لطول الإنترون هو 0 قواعد. إذا تجاهلتها -m محدد.

-i[دقيقة]، [ماكس]
البحث عن جينات الحمض الريبي النووي النقال مع إنترونات في حلقة أنتيكودون بأقصى طول [ماكس] القواعد ،
والحد الأدنى للطول [دقيقة] القواعد. إذا تجاهلتها -m محدد.

-io
مثل -i، ولكن تسمح لجينات الرنا الريباسي ذات الإنترونات الطويلة بالتداخل مع جينات الرنا الريباسي الأقصر.

-لو
مثل -i، ولكن قم بإصلاح intron بين الموضعين 37 و 38 في C-loop (قاعدة واحدة بعد
أنتيكودون).

-إيفو
مثل -لو و -io الجمع بين.

الأشعة تحت الحمراء
مثل -i، ولكن أبلغ عن جينات الحمض الريبي النووي الريبي (tRNA) بأقل طول [دقيقة] قواعد بدلا من البحث
لجينات الحمض الريبي النووي النقال (tRNA) مع الحد الأدنى من الطول [دقيقة] القواعد. مع هذا المفتاح ، [دقيقة] بمثابة
مرشح الإخراج ، لا يزال الحد الأدنى لطول intron للبحث 0 قواعد.

-c
افترض أن كل تسلسل له هيكل دائري. يلتف البحث حول كل نهاية.
الإعدادات الإفتراضية.

-l
افترض أن كل تسلسل له هيكل خطي. البحث لا يلتف.

-d
مزدوج. ابحث عن كل من خيوط كل تسلسل. الإعدادات الإفتراضية.

-s or -s +
أعزب. لا تبحث عن الخيط التكميلي (مضاد المعنى) لكل تسلسل.

-SC or -s
مكمل واحد. لا تبحث في خصلة الإحساس لكل تسلسل.

-ملاحظة
عتبات تسجيل أقل إلى 95٪ من مستويات التخلف عن السداد.

-ملاحظة[NUM]
تغيير عتبات التسجيل إلى [NUM] نسبة من مستويات التخلف عن السداد.

-RP
ضع علامة على الجينات الخادعة المحتملة (الدرجة <100 أو حلقة anticodon tRNA <> 7 قواعد طويلة). ملحوظة
أن الجينات ذات الدرجة <100 لن يتم اكتشافها أو وضع علامة عليها إذا كانت عتبات التسجيل
لم يتغير أيضًا إلى أقل من 100٪ (مفتاح انظر -ps).

-seq
اطبع التسلسل الأساسي.

-ب
أظهر التركيب الثانوي للتسلسل الأولي لجين الحمض الريبي النووي النقال باستخدام الأقواس المستديرة.

-فاستا
اطبع التسلسل الأساسي بتنسيق Fasta.

-فو
اطبع التسلسل الأساسي بتنسيق Fasta فقط (بدون بنية ثانوية).

-فون
مثل -فو، مع التسلسل والترقيم الجيني في الرأس.

-fos
مثل -فو، مع عدم وجود مسافات في العنوان.

-الفونس
مثل -فو، مع ترقيم تسلسلي وجيني ، ولكن بدون مسافات.

-w
اطبع في وضع الدُفعات.

-SS
استخدم الفاصل الكنسي الأكثر صرامة 1-2 bp spacer1 و 1 bp spacer2. إذا تجاهلتها -جبل تعيين.
الافتراضي هو السماح بـ 3 bp spacer1 و 0-2 bp spacer2 ، مما قد يقلل من الانتقائية.

-v
مطوّل. يطبع المعلومات أثناء البحث في STDERR.

-a
اطبع مجال tRNA لجينات tmRNA.

-أ 7
تقييد طول أستيم الحمض الريبي النووي النقال بحد أقصى 7 قواعد

-AA
عرض الرسالة إذا كانت الأنواع المتقبلة للأيزو المتوقعة لا تتطابق مع الأنواع في التسلسل
الاسم (إن وجد).

-j
عرض تسلسل 4-قاعدة على 3 'نهاية astem بغض النظر عن متقبل amino-acyl المتوقع
الطول.

-الابن
السماح ببعض الاختلاف في تسلسل متقبل amino-acyl 3 'من NCCA.

-jr4
السماح ببعض الاختلاف في تسلسل متقبل amino-acyl 3 'من NCCA ، وعرض 4
القواعد.

-q
لا تطبع خط التكوين (الذي تم استخدام المفاتيح والملفات).

-rn
كرر اسم التسلسل قبل المعلومات الموجزة.

-O [ملف]
إخراج الطباعة إلى . If ['outfile] موجود بالفعل ، تم الكتابة فوقه. افتراضيا كل
يذهب الإخراج إلى stdout.

الوصف

يكتشف aragorn جينات tRNA و mtRNA و tmRNA. الحد الأدنى من المتطلبات هو 32 بت على الأقل
معمارية المترجم (الأنواع المتغيرة int و int غير الموقعة يبلغ طولها 4 بايت على الأقل).

[FILE] من المفترض أن تحتوي على تسلسل واحد أو أكثر بتنسيق FASTA. نتائج البحث
تتم طباعتها على STDOUT. جميع المفاتيح اختيارية وغير حساسة لحالة الأحرف. ما لم يكن -i
المحدد ، لم يتم الكشف عن جينات الحمض الريبي النووي النقال المحتوية على إنترونات.

مؤلفون

بيورن كانباك[البريد الإلكتروني محمي]> ، دين لاسليت[البريد الإلكتروني محمي]>

المراجع

Laslett، D. and Canback، B. (2004) ARAGORN ، برنامج للكشف عن نقل الحمض النووي الريبي
وجينات RNA الناقل في تسلسل النيوكليوتيدات بحوث الأحماض النووية ، 32 ؛ 11-16

Laslett، D. and Canback، B. (2008) ARWEN: برنامج لاكتشاف جينات الحمض الريبي النووي النقال في الميتازوان
تسلسل النوكليوتيدات الميتوكوندريا المعلوماتية الحيوية ، 24(2) ؛ 172-175.

02/24/2013 أراجورن(1)

استخدم aragorn عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net