هذا هو الأمر asn2all الذي يمكن تشغيله في موفر الاستضافة المجاني OnWorks باستخدام إحدى محطات العمل المجانية المتعددة عبر الإنترنت مثل Ubuntu Online أو Fedora Online أو محاكي Windows عبر الإنترنت أو محاكي MAC OS عبر الإنترنت
برنامج:
اسم
asn2all - إنشاء تقارير من البيانات البيولوجية لـ ASN.1
موجز
asn2all [-] [-A لجنة التنسيق الإدارية] [-F اسم الملف] [-G] [-J n] [-K n] [-M] [-T] [-X] [-a نوع] [-b] [-c]
[-d مسار] [-f شكل] [-h] [-i اسم الملف] [-k] [-l] [-n سياسة] [-o اسم الملف] [-p مسار]
[-r] [-v اسم الملف] [-x تحويلة]
الوصف
asn2all يهدف في المقام الأول إلى إنشاء تقارير من مجموعة ASN.1 Bioseq الثنائية
تحرير الملفات التي تم تنزيلها من موقع NCBI ftp (دليل ncbi-asn1). يمكن أن تنتج
ملفات GenBank وGenPept المسطحة، وملفات تسلسل FASTA، وINSDSet XML المهيكلة، وTinySeq XML،
وجداول مميزة مكونة من 5 أعمدة على طراز الترتر.
ملفات الإصدار (التي لها الامتداد .aso.gz) يجب أن يكون غير مضغوط مع
Gunzip(1)، مما أدى إلى ملفات ذات ملحق .aso. على سبيل المثال، gbpri1.aso هل
الملف الأول في قسم الرئيسيات، والأمر
gunzip gbpri1.aso.gz
سوف يؤدي إلى gbpri1.aso يتم إنشاؤه. الأصلي gbpri1.aso.gz تتم إزالة الملف بعد
فك الضغط بنجاح
In asn2all، يتم تحديد اسم الملف المراد معالجته بواسطة ملف -i سطر الأوامر
دعوى. يستخدم -a t للإشارة إلى أنه ملف إصدار و -b للإشارة إلى أنه كذلك
ثنائي ASN.1. يمكن معالجة ملف نص ASN.1 تم الحصول عليه من Entrez باستخدام -a a
بدلا من -a t -b.
يمكن معالجة سجلات النوكليوتيدات والبروتينات في وقت واحد. استخدم ال -o حجة ل
تشير إلى ملف إخراج النوكليوتيدات، و -v حجة لملف إخراج البروتين.
• -f تحدد الوسيطة التنسيق الذي سيتم إنشاؤه، ويتم توثيقه بمزيد من التفاصيل
(مع خيارات أخرى) في القسم التالي.
OPTIONS
يتم تضمين ملخص من الخيارات أدناه.
- طباعة رسالة الاستخدام
-A الانضمام
الانضمام إلى الجلب؛ قد تأخذ النموذج الانضمام,تعقيد,الأعلام أين تعقيد
ينبغي أن يكون عادة 0 و الأعلام قيمة -1 يتيح جلب الميزات الخارجية
-F اسم الملف
ملف تصفية الانضمام
-G استرخاء رسم خرائط الجينوم
-J n تسلسل الموقع من
-K n تسلسل الموقع ل
-M Seq-loc ناقص حبلا
-T استخدم الخيوط
-X إخراج المؤهل الموسعة
-a نوع
نوع الإدخال ASN.1:
a تلقائي (افتراضي)
(ج) كاتيناتيد
ض أي
تسلسل الدخول
ب بيوزك
s Bioseq- مجموعة
م تسلسل تقديم
t معالجة الدُفعات (مناسبة للإصدارات الرسمية ؛ نوع محدد للكشف التلقائي)
-b Bioseq-set هي مجموعة ثنائية
-c مجموعة Bioseq مضغوطة
-d مسار
المسار إلى بيانات ASN.1 الثنائية المفهرسة
-f شكل
تنسيق الإخراج:
g GenBank/GenPept (افتراضي)
م النمط الرئيسي لبنك الجينات
و فاستا
د أقراص مضغوطة فاستا
ه جين فاستا
طاولة ميزات مكونة من 5 أعمدة على طراز الترتر
y TinySet XML (أشبه بـ FASTA)
INSDSet XML (أشبه بـ GenBank/GenPept)
نص مكافئ هيكليا ASN.1
x XML المكافئ هيكليًا
مكونات ذاكرة التخزين المؤقت ج
-h عرض رسالة تعليمات إضافية
-i اسم الملف
اسم ملف الإدخال (الإدخال القياسي افتراضيًا)
-k تمكين الجلب المحلي
-l قفل المكونات مقدما
-n سياسة
بالقرب من سياسة FASTA:
الكل
n قريب فقط (افتراضي)
و البعيد فقط
-o اسم الملف
اسم ملف إخراج النوكليوتيدات
-p مسار
مسار الملفات
-r تمكين الجلب عن بعد
-v اسم الملف
اسم ملف إخراج البروتين
-x تحويلة لاحقة اختيار الملف عند العمل مع الدلائل بأكملها. (الافتراضي هو .aso)
أمثلة
الامر
asn2all -i gbpri1.aso -at -b -fg -o gbpri1.nuc -v gbpri1.prt
سيتم إنشاء تقارير GenBank وGenPept من gbpri1.aso.
استخدم asn2all عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net
