هذا هو الأمر autodock4 الذي يمكن تشغيله في مزود الاستضافة المجانية OnWorks باستخدام إحدى محطات العمل المجانية المتعددة على الإنترنت مثل Ubuntu Online أو Fedora Online أو محاكي Windows عبر الإنترنت أو محاكي MAC OS عبر الإنترنت
برنامج:
اسم
القفل الآلي - الالتحام من الروابط الكيميائية لمستقبلات البروتين
موجز
قفل تلقائي 4 [الخيارات]
الوصف
يعمل AutoDock على تحسين الالتحام الآلي للمركبات الكيميائية بالبروتينات ، أي أنه يتوقع ذلك
كيف ترتبط الجزيئات الصغيرة ، مثل الركائز أو الأدوية المرشحة ، بمستقبلات ثلاثية الأبعاد معروفة
بناء.
يتكون AutoDockSuite من برنامجين رئيسيين يقوم AutoDock بتنفيذ الإرساء بهما
يجند إلى مجموعة من الشبكات التي تصف البروتين المستهدف وتحسب الشبكة التلقائية مسبقًا
هذه الشبكات.
OPTIONS
-p المعلمة اسم الملف
-l log_filename
-o استخدم تنسيق PDBQ القديم ، وشحن q في الأعمدة 55-61
-k احتفظ بأرقام المخلفات الأصلية
-i تجاهل فحص الرأس
-t قم بتحليل ملف PDBQ للتحقق من الالتواءات ، ثم توقف.
-c < command_file وضع الأوامر ، حسب الملف
-c | وضع الأمر control_program ، عن طريق control_program
مثال
في دبيان ، يقدم الدليل / usr / share / doc / autodock أمثلة للتشغيل. التغيير إلى ذلك
الدليل وفك ضغط (كجذر) ملفات الخريطة المضغوطة ، ثم قم بتنفيذ AutoDock كما هو موضح
أدناه:
gunzip * .map.gz
autodock4 -p 1pgp.dpf -l /tmp/1pgp.dlg
يتم تفسير النتائج بمساعدة مجموعة AutoDockTools. يرجى أيضًا فحص ملف
تقدم الدروس عبر الإنترنت.
استخدم autodock4 عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net
