هذا هو الأمر التلقائي الذي يمكن تشغيله في مزود الاستضافة المجانية OnWorks باستخدام إحدى محطات العمل المجانية المتعددة على الإنترنت مثل Ubuntu Online أو Fedora Online أو محاكي Windows عبر الإنترنت أو محاكي MAC OS عبر الإنترنت
برنامج:
اسم
AutoLigand: - تحديد موقع ارتباط مستقبلات الترابط
موجز
يُقترح بدء تشغيل AutoLigand من خلال واجهة المستخدم الرسومية التي توفرها أدوات autodocktools.
الضرب الآلي r FileBaseName -p #_of_pts ما ورد أعلاه هو تبسيط مقدم لملف
حزمة دبيان. يتم استدعاء سطر الأوامر العادي من خلال بيثون
/usr/share/pyshared/AutoDockTools/AutoLigand.py -r اسم الملف -p #_من_النقاط
الوصف
الضرب الآلي هو رابط رمزي لبرنامج Python النصي AutoLigand.py. هذا يؤدي إلى
التحقيق الآلي لاحتمالية ارتباط جزء معين من البروتين
يجند.
وصف الأمر ...
-r FileBaseName = جزء الاسم فقط من ملفات خريطة المستقبل (على سبيل المثال ، FileBaseName.C.map)
-p #_of_pts = عدد نقاط التعبئة المراد استخدامها (int)
ملاحظة: يمكن حذفها إذا -a الخيار المستخدم.
معلمات اختيارية:
[-a #] = عدد الذرات الثقيلة للروابط (#_of_pts سيتم ضبطها على 6x ذرات) [-x #
-y # -z #] = إحداثيات x ، و y ، و z اختيارية لبدء التعبئة (تعويم)
عند إدخال نقطة البداية ، سيتم تشغيل تعبئة واحدة فقط
[-أنا # -j # -k #] = إحداثيات x و y و z اختيارية للنقطة الثانية (عائم)
عند إدخال النقطة الثانية ، سوف يربط التعبئة كلا النقطتين ملاحظة: الاتصال
لم يتم تحسين المسار - استخدمه بحذر
[-f #] = عدد التعبئة المراد إنشاؤها - الافتراضي هو 10 [-e] = استخدم الذرة الإضافية
الأنواع NA و N و SA و A.
ملاحظة: قد تكون هذه النتائج مشكلة - استخدمها بحذر
[-m] = عمل فيلم لتقدم تعبئة الإخراج
استخدم autoligand عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net
