هذا هو أمر bamtools الذي يمكن تشغيله في موفر الاستضافة المجاني OnWorks باستخدام إحدى محطات العمل المجانية المتعددة عبر الإنترنت مثل Ubuntu Online أو Fedora Online أو محاكي Windows عبر الإنترنت أو محاكي MAC OS عبر الإنترنت
برنامج:
اسم
bamtools - مجموعة أدوات لمعالجة ملفات BAM (محاذاة الجينوم).
موجز
com.bamtools [--مساعدة] الأمر [ARGS]
الوصف
BamTools يسهل تحليل البحوث وإدارة البيانات باستخدام ملفات BAM. انها تتواءم مع
الكمية الهائلة من البيانات التي تنتجها تقنيات التسلسل الحالية التي عادة ما تكون
مخزنة بتنسيقات ثنائية مضغوطة لا يمكن التعامل معها بسهولة بواسطة المحلل اللغوي
تستخدم عادة في أبحاث المعلوماتية الحيوية.
OPTIONS
تحول
التحويل بين BAM وعدد من التنسيقات الأخرى
العد يطبع عدد المحاذاة في ملف (ملفات) BAM
تغطية
طباعة إحصائيات التغطية من ملف BAM للإدخال
مرشح يقوم بتصفية ملف (ملفات) BAM حسب المعايير المحددة من قبل المستخدم
header يطبع معلومات رأس BAM
يقوم الفهرس بإنشاء فهرس لملف BAM
دمج دمج ملفات BAM المتعددة في ملف واحد
عشوائي حدد محاذاة عشوائية من ملف (ملفات) BAM الموجودة، والمقصود منها أن تكون بمثابة اختبار
الأداة.
حل
يحل القراءات المزدوجة (وضع علامة على علامة IsProperPair حسب الحاجة)
Revert يزيل العلامات المكررة ويستعيد الصفات الأساسية الأصلية
فرز يقوم بفرز ملف BAM وفقًا لبعض المعايير
تقسيم يقسم ملف BAM على خاصية محددة من قبل المستخدم، مما يؤدي إلى إنشاء ملف إخراج BAM جديد لـ
تم العثور على كل قيمة
الإحصائيات يطبع بعض الإحصائيات الأساسية من ملف (ملفات) الإدخال BAM
راجع "bamtools help COMMAND" لمزيد من المعلومات حول أمر محدد.
استخدم bamtools عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net
