بيركلي اكسبريس - عبر الإنترنت في السحابة

برنامج:

اسم

berkeley-express - القياس الكمي للتسلسل عالي الإنتاجية

الوصف

استخدام الملف: صريح [خيارات] استخدام الأنابيب: ربطة عنق
[خيارات] -S | صريحة [خيارات]

مطلوب: الحجج:

ملف التسلسل المستهدف بتنسيق fasta


قراءة ملف المحاذاة بتنسيق SAM أو BAM

المجموعة الأساسية خيارات:
-h [ --مساعدة ]
إنتاج رسالة مساعدة

-o [ - إخراج دير ] أرج (=.)
اكتب جميع ملفات الإخراج إلى هذا الدليل

-D [ --العملية ]
قم بتشغيل البرنامج النصي للمعالجة المسبقة لـ eXpressD

-m [ --frag-len-mean ] arg (= 200)
التقدير المسبق لمتوسط ​​طول الجزء

-s [ --frag-len-stddev ] arg (= 80)
التقدير المسبق لانحراف طول الجزء

-H [ --النمط الفرداني ملف ] الحج
المسار إلى ملف يحتوي على أزواج النمط الفرداني

-B [ --دفعة إضافية ] arg (= 0)
عدد جولات EM الإضافية بعد الجولة الأولية عبر الإنترنت

-O [ --إضافية على الإنترنت ] arg (=0) عدد جولات EM الإضافية عبر الإنترنت
بعد الجولة الأولية عبر الإنترنت

-L [ --max-read-len ] arg (= 250)
الحد الأقصى المسموح به لطول القراءة

--output-align-prob
محاذاة الإخراج (sam/bam) مع التعيينات الاحتمالية

--output-align-samp
محاذاة الإخراج (sam/bam) مع تعيينات العينات

--الاب-الذين تقطعت بهم السبل
قبول فقط المحاذاة للأمام->العكسية (البروتوكولات الثانية)

--rf الذين تقطعت بهم السبل
قبول فقط المحاذاة العكسية->الأمامية (البروتوكولات الأولى)

--f الذين تقطعت بهم السبل
قبول المحاذاة أحادية الطرف للأمام فقط (البروتوكولات الثانية المجدولة)

--r- الذين تقطعت بهم السبل
قبول فقط المحاذاة العكسية أحادية الطرف (البروتوكولات الأولى)

--عدم التحقق من التحديث
تعطيل البحث التلقائي عن التحديث عبر الويب

--logtostderr
يطبع كافة رسائل التسجيل إلى stderr

متقدم خيارات:
-f [ --نسيت المعلمة ] arg (= 0.84999999999999998)
يضبط معلمة "عامل النسيان" (0.5 < c <= 1)

- حجم المكتبة الأرجنتين
يحدد حجم المكتبة لـ FPKM بدلاً من الحساب من المحاذاة

--الحد الأقصى لحجم indel أرج (= 10)
يضبط الحد الأقصى لحجم indel المسموح به، مما يؤثر على indel الهندسي السابق

--calc-covar
حساب وإخراج مصفوفة التغاير

--expr-alpha أرج (= 0.0050000000000000001)
يحدد قوة السابقة، لكل نقطة أساس

--توقف عند أرج (= 0)
يضبط عدد الأجزاء المراد معالجتها، معطلاً بـ 0

--احترق أرج (= 5000000)
يضبط عدد الأجزاء التي سيتم بعدها إيقاف تحديث المعلمات المساعدة

--عدم التحيز صحيح
تعطيل تصحيح التحيز

--لا يوجد نموذج خطأ
تعطيل نمذجة الأخطاء

--aux-param-file الأرجنتين
المسار إلى الملف الذي يحتوي على معلمات مساعدة لاستخدامها بدلاً من التعلم

استخدم berkeley-express عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net