bowtie2-align-s - عبر الإنترنت في السحابة

برنامج:

اسم

bowtie2-align-s - أداة خلفية فائقة السرعة وفعالة للذاكرة لمحاذاة التسلسل
يقرأ لتسلسلات مرجعية طويلة

الوصف

Bowtie 2 الإصدار 2.2.6 بواسطة Ben Langmead ([البريد الإلكتروني محمي]، www.cs.jhu.edu/~langmea)

الاستعمال

ربطة عنق 2 محاذاة [خيارات] * -x {-2 -2 | -U } [-س ]


بادئة اسم ملف الفهرس (مطروحًا منها .X.bt2). ملاحظة: فهارس Bowtie 1 و Bowtie 2
غير متوافقة.

الملفات ذات # 1 الاصحاب ، مقترنة بالملفات بتنسيق .

الملفات ذات # 2 الاصحاب ، مقترنة بالملفات بتنسيق .

الملفات ذات القراءات غير المقترنة.

ملف لمخرج SAM (افتراضي: stdout)

و و يمكن أن تكون قوائم مفصولة بفواصل (بدون مسافة بيضاء) ويمكن تحديدها
مرات عديدة. على سبيل المثال ، '-U file1.fq ، file2.fq -U file3.fq '.

OPTIONS (الافتراضات in أقواس)

الإدخال:
-q ملفات إدخال الاستعلام هي FASTQ .fq / .fastq (افتراضي)

- qseq تكون ملفات إدخال الاستعلام بتنسيق qseq الخاص بـ Illumina

-f ملفات إدخال الاستعلام هي (متعددة) FASTA .fa / .mfa

-r ملفات إدخال الاستعلام هي تسلسل خام واحد لكل سطر

-c و و هي تسلسلات بحد ذاتها ، وليست ملفات

-s/--يتخطى
تخطي الأول يقرأ / أزواج في الإدخال (بلا)

-u/--يصل إلى
توقف بعد الأول يقرأ / أزواج (بلا حدود)

-5/ - تقليم 5
تقليم القواعد من 5 '/ نهاية يسار القراءات (0)

-3/ - تقليم 3
تقليم القواعد من 3 '/ نهاية يمين للقراءات (0)

- فريد 33
الصفات هي Phred + 33 (افتراضي)

- فريد 64
الصفات هي Phred + 64

--int-quals
الصفات المشفرة كأعداد صحيحة مفصولة بمسافات

المسبقة:
مثل:

في حالة - نهاية إلى نهاية:

--سريع جدا -D 5 -R 1 -N 0 -L 22 -i ق ، 0,2.50

--بسرعة -D 10 -R 2 -N 0 -L 22 -i ق ، 0,2.50

--حساس -D 15 -R 2 -N 0 -L 22 -i S ، 1,1.15،XNUMX (افتراضي)

--حساس جدا -D 20 -R 3 -N 0 -L 20 -i ق ، 1,0.50

في حالة --محلي:

- سريع محلي -D 5 -R 1 -N 0 -L 25 -i ق ، 1,2.00

- سريع محلي -D 10 -R 2 -N 0 -L 22 -i ق ، 1,1.75

- محلية حساسة -D 15 -R 2 -N 0 -L 20 -i S ، 1,0.75،XNUMX (افتراضي)

- شديد الحساسية - محلي -D 20 -R 3 -N 0 -L 20 -i ق ، 1,0.50

انتقام:
-N
الحد الأقصى # عدم التطابق في محاذاة البذور ؛ يمكن أن يكون 0 أو 1 (0)

-L
طول السلاسل البذور. يجب أن يكون> ​​3 ، <32 (22)

-i
الفاصل الزمني بين سلاسل البذور w / r / t قراءة len (S ، 1,1.15،XNUMX)

--n- سقف
func لـ max # non-A / C / G / Ts المسموح بها في aln (L ، 0,0.15،XNUMX)

--dpad
يشمل مرجع إضافي أحرف على جوانب طاولة DP (15)

--gbar
عدم السماح للفجوات بالداخل nucs قراءة المتطرفة (4)

- أقل جودة
تعامل مع جميع قيم الجودة على أنها 30 على مقياس Phred (إيقاف)

- nofw لا تقم بمحاذاة الإصدار (الأصلي) من القراءة (إيقاف) إلى الأمام

- نورك لا تقم بمحاذاة الإصدار التكميلي العكسي لقراءة (إيقاف)

- لا 1 مم مقدما
لا تسمح بمحاذاة عدم تطابق واحدة قبل محاولة البحث عن البذور المثلى
المحاذاة

- نهاية إلى نهاية
يجب محاذاة القراءة بأكملها ؛ ممنوع القص (تشغيل)

OR

--محلي
المحاذاة المحلية قد تكون نهايات ناعمة مقصوصة (قبالة)

سجل:
--ما
مكافأة المباراة (0 مقابل - نهاية إلى نهاية، 2 ل --محلي)

--mp
أقصى عقوبة لعدم التطابق ؛ المؤهل الأقل = عقوبة أقل (6)

--np
عقوبة لغير A / C / G / Ts في قراءة / المرجع (1)

--rdg و
قراءة الفراغ مفتوح ، تمديد العقوبات (5,3،XNUMX)

--rfg و
الفجوة المرجعية مفتوحة ، تمديد العقوبات (5,3،XNUMX)

- نقاط دقيقة الحد الأدنى من درجة المحاذاة المقبولة مع طول القراءة
(G، 20,8،0.6 للتعبير المحلي، L، -0.6، -XNUMX للنهاية إلى النهاية)

التقرير:
(افتراضي)
ابحث عن محاذاة متعددة ، أفضل تقرير ، مع MAPQ

OR

-k
تقرير يصل إلى alns لكل قراءة ؛ MAPQ ليس له معنى

OR

-a/--الكل
الإبلاغ عن جميع المحاذاة ؛ بطيء جدًا ، MAPQ لا معنى له

مجهود:
-D
تتخلى عن تمديد بعد فشل يمتد على التوالي (15)

-R
للقراءات مع البذور المتكررة ، حاول مجموعات من البذور (2)

نهاية مقترنة:

-I/ - minins
الحد الأدنى لطول القطعة (0)

-X/ - ماكسينز
أقصى طول للجزء (500)

- fr/ - rf / - وما يليها -1, -2 الاصحاب محاذاة fw / rev ، rev / fw ، fw / fw (- fr)

- لا مختلط
قمع المحاذاة غير المقترنة للقراءات المقترنة

--لا متعارض
قمع المحاذاة المتناقضة للقراءات المزدوجة

- لا تتوافق
لا يتوافق عندما يمتد الاصحاب وراء بعضهم البعض

- لا تحتوي على
غير متوافق عندما تحتوي محاذاة رفيقة واحدة على أخرى

- لا تداخل
غير متوافق عندما يتداخل الرفاق على الإطلاق

الإخراج:
-t/--زمن
طباعة وقت ساعة الحائط الذي تستغرقه مراحل البحث

--هادئ
لا تطبع أي شيء على stderr باستثناء الأخطاء الجسيمة

--ملف-
إرسال المقاييس إلى ملف في (عن)

--مت-ستدير
إرسال المقاييس إلى stderr (إيقاف)

--التقى
تقرير العدادات والمقاييس الداخلية كل سيكس (1)

--لا-unal
قمع سجلات SAM للقراءات غير المحاذاة

--بلا رأس
منع خطوط الرأس ، أي الأسطر التي تبدأ بـ @

- لا قدم مربع
قمعSQ خطوط الرأس

--rg-id
قم بتعيين معرف مجموعة القراءة ، المنعكس في سطر RG و RG: Z: حقل الاختيار

--rg
يضيف ("lab: value") إلىRG سطر من رأس SAM. ملاحظة: خطRG مطبوع فقط
متى --rg-id تم تعيينه.

- omit-sec-seq
ضع "*" في حقول SEQ و QUAL للمحاذاة الثانوية.

الأداء:
-p/--الخيوط عدد سلاسل المحاذاة المطلوب إطلاقها (1)

- إعادة ترتيب
فرض أمر إخراج SAM لمطابقة ترتيب قراءات الإدخال

- مم استخدام ذاكرة الإدخال / الإخراج للفهرس ؛ يمكن للعديد من ربطة العنق المشاركة

الآخر:
--qc- مرشح
تصفية القراءة السيئة وفقًا لمرشح QSEQ

--بذرة
بذرة لمولد رقم عشوائي (0)

- غير حتمية راند البذور. الجنرال. بشكل تعسفي بدلاً من استخدام سمات القراءة

--الإصدار
طباعة معلومات الإصدار وإنهاء

-h/--يساعد
اطبع رسالة الاستخدام هذه

استخدم bowtie2-align-s عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net