هذا هو الأمر bp_hivqp الذي يمكن تشغيله في موفر الاستضافة المجاني OnWorks باستخدام إحدى محطات العمل المجانية المتعددة عبر الإنترنت مثل Ubuntu Online أو Fedora Online أو محاكي Windows عبر الإنترنت أو محاكي MAC OS عبر الإنترنت
برنامج:
اسم
bp_hivq.PL - واجهة سطر أوامر تفاعلية لـ Bio::DB::HIV و
السيرة الذاتية::DB::Query::HIVQuery
موجز
$ بيرل bp_hivq.PL
hivq> الاستعلام C[النوع الفرعي] SI[النمط الظاهري]
hivq> التشغيل المسبق
تم إرجاع 80 سلسلة
الاستعلام: C[النوع الفرعي] SI[النمط الظاهري]
hivq> ملف خارجي csi.fas
hivq> تشغيل
تم التحميل.
hivq> الملف الخارجي dsi.fas
hivq> تشغيل D[نوع فرعي] SI[النمط الظاهري]
تم التحميل.
hivq> العد
تم إرجاع 25 سلسلة
الاستعلام: D[النوع الفرعي] SI[النمط الظاهري]
hivq> خروج
$
الوصف
تسمح وحدات BioPerl Bio::DB::HIV وBio::DB::Query::HIVQuery معًا باستعلامات مجمعة
مقابل قاعدة بيانات تسلسل فيروس نقص المناعة البشرية في مختبرات لوس ألاموس الوطنية باستخدام استعلام بسيط
لغة. يوفر "bp_hivq.PL" مثالاً على استخدام هذه الوحدات، و
واجهة سطر أوامر تفاعلية مستقلة لقاعدة بيانات LANL فيروس نقص المناعة البشرية. أوامر بسيطة تسمح بذلك
يمكن للمستخدم استرداد تسلسلات فيروس نقص المناعة البشرية والشروح باستخدام لغة الاستعلام المطبقة في
السيرة الذاتية::DB::Query::HIVQuery. قم بزيارة صفحات الرجل لهذه الوحدات لمزيد من التفاصيل.
الاستعمال
قم بتشغيل البرنامج النصي باستخدام "Perl bp_hivq.PL" أو "./bp_hivq.PL" في Unix. سوف ترى
هيفق>
اِسْتَدْعَى. اكتب الأوامر مع الاستعلامات لاسترداد بيانات التسلسل والتعليقات التوضيحية. انظر
ملخص لجلسة عينة. الأوامر المتاحة موضحة أدناه.
TIPS
قاعدة بيانات LANL معقدة جدًا وواسعة النطاق. استخدم خاصية "البحث" لاستكشاف
جداول قاعدة البيانات والحقول المتاحة. لتحديد الأسماء المستعارة لحقل معين، استخدم
"ابحث عن الاسم المستعار [اسم الحقل]". على سبيل المثال، للعثور على اسم مستعار قصير للحقل المسمى بشكل غريب
"seq_sample.ssam_ Second_receptor"، افعل
hivq> ابحث عن الاسم المستعار seq_sample.ssam_ Second_receptor
الذي يعود
المستقبل الأساسي Second_receptor
الآن، بدلا من الاستعلام التالي
hivq> قم بتشغيل C[النوع الفرعي] CCR5[seq_sample.ssam_ Second_receptor]
أنت تعلم أنك تستطيع أن تفعل
hivq> تشغيل C[النوع الفرعي] CCR5[المستقبل الأساسي]
استخدم الأمر "outfile" لتعيين الملف الذي يستقبل التسلسلات المستردة. أنت تستطيع
قم بتغيير ملف الإخراج الحالي ببساطة عن طريق إصدار أمر "ملف خارجي" جديد أثناء عملية
حصة. ملف الإخراج الافتراضي هو الإخراج القياسي.
استخدم أمر "الاستعلام" للتحقق من صحة الاستعلام دون الوصول إلى قاعدة البيانات. استخدم "التشغيل المسبق"
أو أوامر "العد" للحصول على عدد مرات الدخول للتسلسل لاستعلام دون استرداد
بيانات. استخدم "تشغيل" أو "فعل" لإجراء استعلام كامل، واسترداد بيانات التسلسل في الملف
تعيين ملفات الإخراج حاليا.
لمعالجة أوامر "bp_hivq.PL" دفعة واحدة، قم بإنشاء ملف نصي ("bp_hivq.cmd"، على سبيل المثال)
تحتوي على الأوامر المطلوبة واحدة في كل سطر. ثم قم بتنفيذ الأمر التالي من الصدفة:
$ القط bp_hivq.cmd | بيرل bp_hivq.PL
أوامر
فيما يلي قائمة كاملة بالأوامر. الخيارات الموجودة بين قوسين مفردين ("[req_option]") هي
مطلوب؛ الخيارات الموجودة بين قوسين مزدوجين ("[[opt_option]]") اختيارية.
تأكيد: تبديل التأكيد التفاعلي من قبل
تنفيذ الاستعلامات
خروج: قم بإنهاء البرنامج النصي
البحث: استكشاف مخطط قاعدة البيانات
البحث عن الجداول عرض جميع جداول قاعدة البيانات
البحث عن الحقول عرض كافة حقول قاعدة البيانات (الأعمدة)
البحث عن الحقول [الجدول] عرض كافة الحقول في [الجدول]
البحث عن الاسم المستعار [الحقل] عرض الأسماء المستعارة الصالحة لـ [الحقل]
مساعدة [[command]] : إظهار مساعدة الأمر
إذا لم يتم تحديد [[الأمر]]، قم بإدراج الكل
الأوامر المتاحة
المعرف: عرض معرف الجلسة الحالية
outfile [اسم الملف]: تعيين ملف لجمع البيانات المستردة
ping: تحقق من توفر LANL DB
التشغيل المسبق [[query]] : تنفيذ الاستعلام مع استعادة عدد الزيارات فقط
إذا لم يتم تحديد [[query]]، فاستخدم الاستعلام الحالي
الاستعلام [استعلام]: التحقق من صحة الاستعلام الحالي وتعيينه
تشغيل [[استعلام]]: تنفيذ الاستعلام واسترداد البيانات
إذا لم يتم تحديد [[query]]، فاستخدم الاستعلام الحالي
الحالة: عرض الحالة الحالية للبرنامج النصي
وداعا: الاسم المستعار لـ "الخروج"
التكوين: الاسم المستعار لـ "الحالة"
العد: الاسم المستعار لـ "التشغيل المسبق"
افعل: الاسم المستعار لـ "تشغيل"
out : الاسم المستعار لـ "outfile"
إنهاء: الاسم المستعار لـ "الخروج"
OPTIONS
-v : مطول؛ يقوم بتشغيل وظيفة التصحيح الداخلي ().
ردود الفعل
البريدية قوائم
تعد ملاحظات المستخدم جزءًا لا يتجزأ من تطور هذه الوحدة النمطية ووحدات Bioperl الأخرى. يرسل
يفضل أن تكون تعليقاتك واقتراحاتك على قائمة بريد Bioperl. إشتراكك
هو محل تقدير كبير.
[البريد الإلكتروني محمي] - مناقشة عامة
http://bioperl.org/wiki/Mailing_lists - حول القوائم البريدية
التقارير البق
أبلغ عن الأخطاء إلى نظام تتبع الأخطاء في Bioperl لمساعدتنا في تتبع الأخطاء و
دقة. يمكن إرسال تقارير الأخطاء عبر الويب:
https://github.com/bioperl/bioperl-live/issues
AUTHOR - علامة A. جنسن
مارك أ. جنسن <[البريد الإلكتروني محمي]>
استخدم bp_hivqp عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net
