bp_seqfeature_loadp - متصل بالإنترنت في السحابة

برنامج:

اسم

bp_seqfeature_load.pl - تحميل GFF في قاعدة بيانات SeqFeature

الوصف

قم بتمرير أي عدد من ملفات تنسيق GFF أو fasta (أو GFF مع fasta المضمن) لتحميل ملف
الميزات والتسلسلات في قاعدة بيانات SeqFeature. قاعدة البيانات (والمحول) المراد استخدامها هي
المحدد في سطر الأوامر. استخدم علامة --create لإنشاء قاعدة بيانات SeqFeature جديدة.

موجز

bp_seqfeature_load.pl [خيارات] gff_or_fasta_file1 [gff_or_fasta_file2 [...]]

جرب 'bp_seqfeature_load.pl --help' أو '--man' لمزيد من المعلومات.

OPTIONS

-d، --dsn
مصدر بيانات DBI (افتراضي dbi: mysql: test)

-n ، - مساحة الاسم
بادئة الجدول المراد استخدامها (الافتراضي undef) يسمح بعدة ميزات تسلسل مستقل
قواعد البيانات ليتم تخزينها في قاعدة بيانات واحدة

-s ، --seqf Feature
نوع SeqFeature لإنشاء ... RTSC (الافتراضي Bio :: DB :: SeqFeature)

-أ ، - محول
مهايئ التخزين (الفئة) المراد استخدامه (DBI :: mysql الافتراضي)

-v ، - الإسراف
قم بتشغيل تقرير التقدم المطول (صواب افتراضي) استخدم --noverbose لإيقاف تشغيل هذا.

-f ، - سريع
تفعيل التحميل السريع. (الافتراضي 0) متاح فقط لبعض المحولات.

-T، - دليل مؤقت
حدد الدليل المؤقت للتحميل السريع (الملف الافتراضي: المواصفات->تمبدير ())

-i، --ignore-seqregion
إذا كان هذا صحيحًا ، فتجاهل ## توجيهات منطقة التسلسل في ملف GFF3 (افتراضيًا ، قم بإنشاء ملف
ميزة لكل منطقة)

-c ، - إنشاء
أنشئ قاعدة البيانات وأعد تهيئتها (خطأ افتراضي) ملاحظة ، سيؤدي هذا إلى محو السابق
محتويات قاعدة البيانات ، إن وجدت.

-u، --user
المستخدم للاتصال بقاعدة البيانات كملف

-p ، - كلمة المرور
كلمة المرور لاستخدامها للاتصال بقاعدة البيانات

-z ، --zip
ضغط جداول قاعدة البيانات لتوفير مساحة (خطأ افتراضي)

-S ، - الميزات الفرعية
قم بتشغيل فهرسة الميزات الفرعية (صواب افتراضي) استخدم --nosubfeatures لإيقاف تشغيل هذا.

--ملخص
توليد إحصائيات موجزة لرسومات التغطية (خطأ افتراضي) يمكن تشغيل هذا على أ
قاعدة البيانات المحملة مسبقًا أو أثناء التحميل. سيكون افتراضيًا إلى true إذا كان --create is
مستخدم.

-N، - ملخص
لا تقم بإنشاء إحصائيات موجزة لتوفير بعض المساحة ووقت التحميل (افتراضي إذا
- لم يتم تحديد إنشاء ، استخدم هذا الخيار لإيقاف تشغيل ملخص الإحصائيات بشكل صريح
عندما يتم تحديد إنشاء)

--نوالياس الهدف
لا تنشئ سمة Alias ​​تكون قيمتها هي target_id في سمة Target (إذا
تحتوي الميزة على سمة الهدف ، والافتراضي هو إنشاء سمة الاسم المستعار
قيمته هي target_id في سمة الهدف)

يرجى الاطلاع على http://www.sequenceontology.org/gff3.shtml للحصول على معلومات حول GFF3
شكل. يقوم BioPerl بتوسيع التنسيق قليلاً عن طريق إضافة توجيه ## فهرس الميزات الفرعية. تعيين
هذا إلى قيمة حقيقية إذا كنت ترغب في أن تكون قاعدة البيانات قادرة على استرداد الميزة
الأجزاء الفردية (مثل exons من النص) بشكل مستقل عن المستوى الأعلى
الميزة:

## ميزات الفهرس الفرعية 1

من الممكن أيضًا التحكم في فهرسة الميزات الفرعية على أساس كل حالة على حدة من خلال
إضافة "الفهرس = 1" أو "الفهرس = 0" إلى قائمة سمات الميزة. يجب استخدام هذا فقط
للميزات الفرعية.

تكون فهرسة الميزة الفرعية صحيحة بشكل افتراضي. اضبط على خطأ (0) لتوفير الكثير من مساحة قاعدة البيانات
وسرعة الأداء. يمكنك استخدام --nosubfeatures لفرض هذا.

استخدم bp_seqfeature_loadp عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net