ClonalFrame - عبر الإنترنت في السحابة

برنامج:

اسم

ClonalFrame - استنتاج التطور الدقيق للبكتيريا باستخدام بيانات تسلسل متعدد البؤر

موجز

ClonalFrame [خيارات] ملف إخراج ملف الإدخال

الوصف

يحدد ClonalFrame العلاقات النسيلية بين أعضاء العينة، بينما
أيضًا تقدير موضع الكروموسومات لأحداث إعادة التركيب المتماثلة التي حدثت
تعطلت الميراث النسيلي.

خيارات:

-x NUM يضبط عدد التكرارات بعد النسخ (الافتراضي هو 50000)

-y NUM يضبط عدد تكرارات النسخ (الافتراضي هو 50000)

-z NUM يضبط عدد التكرارات بين العينات (الافتراضي هو 100)

-e NUM يعين عدد حركات مبادلة الفروع لكل تكرار (الافتراضي هو أن نصف
الوقت الذي يقضيه في تبديل الفروع)

-m NUM يضبط القيمة الأولية لثيتا على NUM (القيمة الافتراضية هي تقدير واترسون)

-d NUM يضبط القيمة الأولية للدلتا على NUM (القيمة الافتراضية هي 0.001)

-n NUM يضبط القيمة الأولية لـ nu على NUM (القيمة الافتراضية هي 0.01)

-r NUM يضبط القيمة الأولية لـ R على NUM (القيمة الافتراضية هي الأولي theta/10)

-M قم بتحديث قيمة ثيتا

-D لا تقم بتحديث قيمة دلتا

-N لا تقم بتحديث قيمة نو

-R لا تقم بتحديث قيمة R

-T لا تقم بتحديث الطوبولوجيا

-A لا تقم بتحديث أعمار العقد

-G إزالة كافة الفجوات

-H إزالة كافة الفجوات في المواقف غير متعددة الأشكال

-t NUM قم بالإشارة إلى الشجرة الأولية التي سيتم استخدامها: 0 للشجرة الفارغة، 1 للشجرة المختارة بشكل موحد
شجرة متحدة و2 لشجرة UPGMA (افتراضي)

-w FILE
استخدم ملف Newick للشجرة الأولية

-a NUM يعين المعلمة الأولى للتوزيع التجريبي السابق لـ nu

-b NUM يعين المعلمة الثانية للتوزيع التجريبي السابق لـ nu

-U استخدم مقدمات موحدة لـ rho وtheta وdelta

-B تشغيل في وضع الاندفاع

-C قم بالتشغيل في وضع UPGMA باستخدام إجراء التمهيد لكل موقع على حدة

-c قم بالتشغيل في وضع UPGMA باستخدام إجراء تمهيد جزء تلو الآخر

-S NUM يضبط البذرة لمولد الأرقام العشوائية على NUM

-E NUM يضبط معدل النمو الأسي (الافتراضي هو 0)

-I يتجاهل الكتلة الأولى في المحاذاة

-L قم بتنظيف المحاذاة قبل تشغيل ClonalFrame

-l الحد الأدنى للمسافة بين موقعين مرجعيين (الافتراضي هو 50)

-v وضع مفصل

استخدم ClonalFrame عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net