cmalign - عبر الإنترنت في السحابة

برنامج:

اسم

cmalign - محاذاة التسلسلات إلى نموذج التغاير

موجز

سمالين
[خيارات]

الوصف

سمالين محاذاة تسلسل الحمض النووي الريبي (RNA) في نموذج التغاير (CM) .
المحاذاة الجديدة هي الإخراج إلى المعياري بتنسيق ستوكهولم، ولكن يمكن إعادة توجيهه إلى ملف
مع الالجائزة -o الخيار.

كل or (ولكن ليس كلاهما) قد تكون "-" (شرطة) ، مما يعني قراءة هذا
نموذج الادخال ستدين بدلا من ملف.

ملف التسلسل يجب أن يكون بتنسيق FASTA أو Genbank.

سمالين يستخدم تقنية نطاقات HMM لتسريع المحاذاة بشكل افتراضي كما هو موضح
أدناه ل --hbanded خيار. يمكن إيقاف تشغيل نطاق HMM باستخدام - غير مربوط الخيار.

افتراضيا، سمالين يحسب المحاذاة بأقصى قدر من الدقة المتوقعة
بما يتوافق مع القيود (النطاقات) المستمدة من HMM، باستخدام نسخة ذات نطاقات من
خوارزمية الدقة المثلى لدوربين/هولمز. يمكن تغيير هذا السلوك باستخدام - جيك or
--عينة خيارات.

سمالين يولي عناية خاصة لمحاذاة التسلسلات المقطوعة بشكل صحيح، حيث توجد بعض النيوكليوتيدات
من البداية (5') و/أو النهاية (3') للتسلسل البيولوجي الفعلي الكامل
غير موجود في تسلسل الإدخال (انظر DL Kolbe و SR Eddy، المعلوماتية الحيوية، 25: 1236-1243،
2009). يتم تشغيل هذا السلوك بشكل افتراضي، ولكن يمكن إيقاف تشغيله باستخدام --notrunc. في السابق
إصدارات سمالين ال --الفرعية كان الخيار مطلوبًا للتعامل بشكل مناسب مع القطع المقتطعة
تسلسلات. ال --الفرعية الخيار لا يزال متاحا في هذا الإصدار، ولكن الطريقة الافتراضية الجديدة
للتعامل مع التسلسلات المقطوعة يجب أن تكون جيدة أو متفوقة على الطريقة الفرعية تقريبًا
جميع الحالات.

• --مابالي يسمح الخيار بإدراج محاذاة التدريب الثابتة المستخدمة لبناء
سم من الملف ضمن محاذاة الإخراج com.cmalign.

من الممكن دمج محاذاة أو أكثر تم إنشاؤها بواسطة نفس CM باستخدام الحامل
مينياب esl-alimerge (مضمن في الحامل/التطبيقات الصغيرة/الدليل الفرعي لـ Infernal). سابق
إصدارات سمالين خيارات مضمنة لدمج المحاذاة ولكن تم إهمالها
تطوير اللغة الإنجليزية-أليميرج, وهو أكثر كفاءة في الذاكرة بشكل ملحوظ.

افتراضيا، سمالين سيتم إخراج المحاذاة إلى stdout. يمكن إعادة توجيه المحاذاة
إلى ملف الإخراج مع الالجائزة -o خيار. مع -o ، معلومات عن كل الانحياز
سيتم طباعة التسلسل، بما في ذلك حدود محاذاة النتيجة والنموذج إلى stdout (المزيد
على هذا أدناه).

ستكون محاذاة الإخراج بتنسيق ستوكهولم افتراضيًا. يمكن تغيير هذا إلى Pfam،
محاذاة FASTA (AFA) أو A2M أو Clustal أو Phylip باستخدام تنسيق --تنسيق اختيار،
أين هو اسم التنسيق المطلوب. كحالة خاصة، إذا كانت محاذاة الإخراج
أكبر (أكثر من 10,000 تسلسل أو أكثر من 10,000,000 نيوكليوتيدات إجمالية) من
سيكون تنسيق الإخراج هو تنسيق Pfam، مع ظهور كل تسلسل على سطر واحد
أسباب كفاءة الذاكرة بالنسبة للمحاذاة الأكبر من هذا، استخدم --أنا غادرت سيجبر
تنسيق ستوكهولم المشذر، ولكن يجب على المستخدم أن يدرك أن هذا قد يتطلب الكثير من
ذاكرة. --أنا غادرت ستعمل فقط مع المحاذاة التي تصل إلى 100,000 تسلسل أو 100,000,000
مجموع النيوكليوتيدات.

إذا كان تنسيق محاذاة الإخراج هو ستوكهولم أو بفام، فستكون محاذاة الإخراج
مشروح بالاحتمالات الخلفية التي تقدر مستوى الثقة لكل محاذاة
النوكليوتيدات. يظهر هذا التعليق التوضيحي كسطر يبدأ بـ "#=GR PP"، واحد لكل
تسلسل، كل أسفل مباشرة التسلسل المحاذي المقابل " ".
تحتوي الأحرف الموجودة في خطوط PP على 12 قيمة محتملة: "0-9" أو "*" أو ".". إذا "."، الموقف
يتوافق مع فجوة في التسلسل. تشير القيمة "0" إلى احتمال خلفي لـ
بين 0.0 و0.05، يشير الرقم "1" إلى ما بين 0.05 و0.15، ويشير الرقم "2" إلى ما بين 0.15 و
0.25 وهكذا حتى الرقم "9" الذي يشير إلى ما بين 0.85 و0.95. تشير قيمة "*" إلى أ
الاحتمال الخلفي بين 0.95 و 1.0. تتوافق الاحتمالات الخلفية الأعلى
لمزيد من الثقة في أن النوكليوتيدات المحاذية تنتمي إلى المكان الذي تظهر فيه
تنسيق. مع - غير مربوط ، حساب الاحتمالات الخلفية يعتبر كل شيء
المحاذاة المحتملة للتسلسل المستهدف إلى CM. بدون - غير مربوط (أي في الافتراضي
الوضع)، يأخذ الحساب في الاعتبار فقط المحاذاة الممكنة داخل نطاقات HMM. إضافي،
الاحتمالات الخلفية مشروطة بوضع اقتطاع المحاذاة. ل
على سبيل المثال، إذا تم اقتطاع محاذاة التسلسل 5'، فإن قيمة PP تبلغ "9" تشير إلى ما بين
0.85 و0.95 من جميع المحاذاة المقتطعة 5' تشمل النيوكليوتيدات المعطاة في المعطى
موضع. يمكن إيقاف تشغيل التعليق التوضيحي الخلفي باستخدام الزر --لا مشكلة اختيار. إذا --صغير
تم تمكينه، ويجب أيضًا إيقاف تشغيل التعليق التوضيحي الخلفي باستخدام --لا مشكلة.

الإخراج الجدولي الذي تتم طباعته على stdout إذا كان -o الخيار المستخدم يشمل سطر واحد
لكل تسلسل واثني عشر حقلاً في كل سطر: "idx": فهرس التسلسل في الإدخال
ملف "اسم التسلسل": اسم التسلسل؛ "الطول": طول التسلسل؛ "سم من" و
"cm to": مواضع بداية ونهاية النموذج للمحاذاة؛ "trunc": "لا" إذا كان التسلسل
لا يتم اقتطاعها، "5'" إذا تم اقتطاع بداية التسلسل 5'، "3'" إذا كانت نهاية التسلسل
يتم اقتطاع التسلسل، و"5'&3'" إذا تم اقتطاع كل من البداية والنهاية؛
"bit sc": درجة البت للمحاذاة، "متوسط ​​pp" متوسط ​​الاحتمال الخلفي
جميع النيوكليوتيدات الانحيازية في المحاذاة؛ "حساب النطاق" و"المحاذاة" و"الإجمالي": الوقت
بالثواني المطلوبة لحساب نطاقات HMM، وحساب المحاذاة، وإكمالها
معالجة التسلسل، على التوالي؛ "mem (Mb)": الحجم بالميجابايت لكل البيانات الديناميكية
مصفوفات البرمجة المطلوبة لمحاذاة التسلسل. يمكن حفظ هذه البيانات الجدولية
إلى ملف مع الالجائزة --ملف الخيار.

OPTIONS

-h يساعد؛ اطبع تذكيرًا موجزًا ​​باستخدام سطر الأوامر والخيارات المتاحة.

-o احفظ المحاذاة بتنسيق ستوكهولم في ملف . الافتراضي هو كتابته
لمعيار الإخراج.

-g قم بتكوين النموذج للمحاذاة العامة لنموذج الاستعلام مع الهدف
تسلسلات. افتراضيًا، يتم تكوين النموذج للمحاذاة المحلية. محلي
يمكن أن تحتوي المحاذاة على عمليات إدراج وحذف كبيرة تسمى "النهايات المحلية" في ملف
الهيكل الذي سيتم معاقبته بشكل مختلف عن indels العادي. يتم شرح هذه كما
الأعمدة "~" في خط الترددات اللاسلكية لمحاذاة الإخراج. ال -g يمكن استخدام الخيار ل
عدم السماح بهذه الغايات المحلية. ال -g الخيار مطلوب إذا --الفرعية الخيار هو أيضا
مستخدم.

OPTIONS لأي المتابعة ال انتقام الخوارزمية

--optacc
محاذاة التسلسلات باستخدام خوارزمية الدقة المثلى لدوربين/هولمز. هذا ال
تقصير. سيتم تقييد محاذاة الدقة المثلى بواسطة نطاقات HMM
التسارع ما لم - غير مربوط تم تمكين الخيار. الدقة المثلى
تحدد الخوارزمية المحاذاة التي تزيد من الاحتمالات الخلفية
النيوكليوتيدات المتوافقة داخلها. يتم تحديد الاحتمالات الخلفية باستخدام
(ربما نطاقات HMM) متغيرات من الخوارزميات الداخلية والخارجية.

- جيك لا تستخدم محاذاة الدقة المثالية لـ Durbin/Holmes لمحاذاة التسلسلات،
بدلاً من ذلك استخدم خوارزمية CYK التي تحدد النتيجة الأمثل (الحد الأقصى
الاحتمالية) محاذاة التسلسل للنموذج، بالنظر إلى نطاقات HMM (ما لم
- غير مربوط تم تمكينه أيضًا).

--عينة
عينة محاذاة من التوزيع الخلفي للمحاذاة. الخلفي
يتم تحديد التوزيع باستخدام النطاقات HMM (ما لم --غير مقيد) البديل من
الخوارزمية الداخلية.

--بذرة
زرع مولد الأرقام العشوائية مع و عدد صحيح> = 0. هذا الخيار يمكن فقط
يمكن استخدامها مع --عينة. If هو أخذ عينات عشوائية غير صفرية من
ستكون المحاذاة قابلة للتكرار ؛ نفس الأمر سيعطي نفس النتائج. لو
هو 0 ، مولد الأرقام العشوائية مصنّف بشكل تعسفي ، وصحفي
قد تختلف العينات من تشغيل إلى تشغيل نفس الأمر. البذور الافتراضية هي 181.

- لا ينقر
قم بإيقاف تشغيل خوارزميات المحاذاة المقتطعة. جميع التسلسلات في ملف الإدخال ستكون
يفترض أن يكون كامل الطول، إلا إذا --الفرعية ويستخدم أيضا، وفي هذه الحالة يمكن للبرنامج
لا يزال يتعامل مع التسلسلات المقتطعة ولكنه سيستخدم استراتيجية بديلة لها
انتقام.

--الفرعية قم بتشغيل إجراء بناء النموذج الفرعي والمحاذاة. لكل تسلسل،
يتم استخدام HMM لأول مرة للتنبؤ بأعمدة إجماع بداية النموذج ونهايته، وعمود إجماع جديد
تم إنشاء CM الفرعي بحيث يقوم فقط بنمذجة أعمدة الإجماع من البداية إلى النهاية. ال
ثم تتم محاذاة التسلسل مع CM الفرعي هذا. تعد المحاذاة الفرعية طريقة أقدم من الطريقة
الافتراضي لمحاذاة التسلسلات التي من المحتمل أن يتم اقتطاعها. بشكل افتراضي، سمالين
يستخدم خوارزميات DP خاصة للتعامل مع التسلسلات المقطوعة التي ينبغي أن تكون أكثر
دقيقة من الطريقة الفرعية في معظم الحالات. --الفرعية لا يزال مدرجًا كخيار
بشكل أساسي للاختبار مقابل معالجة التسلسل الافتراضي المقتطع. هذا "CM الفرعي"
الإجراء ليس هو نفس "CMs الفرعية" التي وصفها Weinberg وRuzzo.

OPTIONS لأي المتابعة SPEED لأي لبس الذاكرة المتطلبات

--hbanded
يتم تشغيل هذا الخيار بشكل افتراضي. تسريع المحاذاة عن طريق تشذيب المناطق
من مصفوفة CM DP التي تعتبر ضئيلة بواسطة HMM. أولا، كل تسلسل
تم تسجيله بخطة CM 9 HMM مشتقة من CM باستخدام Forward و Backward HMM
خوارزميات لحساب الاحتمالات الخلفية لمحاذاة كل نيوكليوتيدات لكل منها
حالة HMM. وتستخدم هذه الاحتمالات الخلفية لاستخلاص القيود
(العصابات) على مصفوفة CM DP. وأخيرا، يتم محاذاة التسلسل المستهدف إلى CM
باستخدام مصفوفة DP ذات النطاقات، حيث يتم تجاهل الخلايا الموجودة خارج النطاقات.
عادةً ما تقع معظم مصفوفة DP الكاملة خارج النطاقات (غالبًا أكثر من 95%)،
مما يجعل هذه التقنية أسرع لأن هناك حاجة إلى عدد أقل من حسابات DP والمزيد
كفاءة الذاكرة لأنه يلزم تخصيص الخلايا الموجودة داخل النطاقات فقط.

والأهم من ذلك، أن نطاقات HMM تضحي بضمان التحديد الأمثل
محاذاة دقيقة أو مثالية، والتي سيتم تفويتها إذا كانت تقع خارج النطاقات.
معلمة تاو هي مقدار كتلة الاحتمال التي تعتبر ضئيلة خلال
حساب نطاق HMM؛ تؤدي القيم المنخفضة لـ tau إلى زيادة السرعة بشكل أكبر ولكنها أيضًا أكبر
فرصة فقدان المحاذاة المثالية. تاو الافتراضي هو 1E-7، محددًا
تجريبيًا كمفاضلة جيدة بين الحساسية والسرعة، على الرغم من أن هذه القيمة يمكن أن تكون كذلك
يتم تغييرها مع - تاو خيار. يزداد مستوى التسارع مع
كل من طول ومستوى الحفاظ على التسلسل الأولي للأسرة. على سبيل المثال،
مع تاو الافتراضي 1E-7، نماذج الحمض الريبي النووي النقال (حفظ التسلسل الأولي المنخفض مع
طول حوالي 75 النيوكليوتيدات) تظهر حوالي 10X التسارع، وSSU الرنا الريباسي البكتيري
نماذج (حفظ التسلسل الأولي العالي بطول حوالي 1500 نيوكليوتيدات)
عرض حوالي 700X. يمكن إيقاف تشغيل نطاق HMM باستخدام - غير مربوط الخيار.

- تاو
اضبط احتمالية خسارة الذيل المستخدمة أثناء حساب نطاق HMM على . هذا هو
مقدار كتلة الاحتمال ضمن الاحتمالات الخلفية HMM
تعتبر ضئيلة. القيمة الافتراضية هي 1E-7. بشكل عام، سوف القيم الأعلى
يؤدي إلى تسارع أكبر، ولكن يزيد من فرصة فقدان المستوى الأمثل
المحاذاة بسبب نطاقات HMM.

--mxsize
قم بتعيين الحد الأقصى المسموح به لحجم مصفوفة DP الإجمالي على ميغا بايت. افتراضيا هذا
الحجم 1028 ميجا بايت . يجب أن يكون هذا كبيرًا بما يكفي للغالبية العظمى من المحاذاة،
ولكن إذا لم يكن كذلك سمالين سيحاول تشديد نطاقات HMM بشكل متكرر
يستخدم لتقييد المحاذاة عن طريق رفع معلمة تاو وإعادة حساب
العصابات حتى ينخفض ​​​​حجم المصفوفة الإجمالي المطلوب إلى أقل من ذلك ميغا بايت أو الحد الأقصى
قيمة تاو المسموح بها (0.05 بشكل افتراضي، ولكنها قابلة للتغيير مع --ماكستو) تم التوصل إليه. في
في كل تكرار لشد النطاق، يتم ضرب تاو بـ 2.0. تشديد الفرقة
يمكن إيقاف تشغيل الإستراتيجية باستخدام --fixtau خيار. إذا كان الحد الأقصى للتاو هو
تم الوصول إليه ولا يزال حجم المصفوفة المطلوب يتجاوز أو إذا لم يكن نطاق HMM كذلك
المستخدمة ويتجاوز حجم المصفوفة المطلوبة then سمالين سيخرج
قبل الأوان والإبلاغ عن رسالة خطأ تفيد بأن المصفوفة تجاوزت الحد الأقصى
الحجم المسموح به. في هذه الحالة، --mxsize يمكن استخدامها لرفع الحد الأقصى للحجم أو
الحد الأقصى الذي يمكن رفعه مع تاو --maxtau. عادة ما يتم تجاوز الحد
عندما - غير مربوط يتم استخدام الخيار دون --صغير خيار، ولكن لا يزال من الممكن أن يحدث
متى - غير مربوط هو ليس مستخدما. لاحظ أنه إذا سمالين يتم تشغيله في متعدد
المواضيع على جهاز متعدد النواة ثم قد يكون لكل موضوع مصفوفة مخصصة لأعلى
إلى حجم ميغا بايت في أي وقت.

--fixtau
قم بإيقاف تشغيل إستراتيجية تشديد نطاق HMM الموضحة في شرح
--mxsize الخيار أعلاه.

--maxtau
قم بتعيين الحد الأقصى المسموح به لقيمة تاو أثناء شد النطاق، الموضح في
شرح --mxsize اعلى . بشكل افتراضي هذه القيمة هي 0.05.

- غير مربوط
يقوم بإيقاف تشغيل نطاق HMM. المحاذاة التي تم إرجاعها مضمونة لتكون عالمية
واحدة دقيقة على النحو الأمثل (افتراضيًا) أو واحدة ذات تسجيل عالمي مثالي (إذا - جيك
تم تمكينه). ال --صغير يوصى باستخدام هذا الخيار مع هذا الخيار،
لأن المحاذاة القياسية بدون نطاقات HMM تتطلب قدرًا كبيرًا من الذاكرة (انظر
--صغير ).

--صغير
استخدم خوارزمية محاذاة فرق تسد CYK الموضحة في SR Eddy, BMC
المعلوماتية الحيوية 3:18، 2002 - غير مربوط يجب استخدام الخيار بالاشتراك مع
هذه الخيارات. كما ينصح به في أي وقت - غير مربوط يستخدم ذلك --صغير is
يستخدم أيضًا لأن محاذاة CM القياسية بدون نطاقات HMM تتطلب الكثير من
الذاكرة، وخاصة بالنسبة للحمض النووي الريبي (RNAs) الكبيرة. --صغير يسمح بمحاذاة CM ضمن العملية
حدود الذاكرة، مما يقلل من الذاكرة المطلوبة لمحاذاة LSU rRNA، الأكبر
RNAs المعروفة، من 150 جيجا بايت إلى أقل من 300 ميجا بايت. لا يمكن استخدام هذا الخيار إلا في
الجمع مع - غير مربوط ، --نوترونك، و --cyk.

اختياري OUTPUT FILES

--ملف
تفريغ درجة المحاذاة لكل تسلسل ومعلومات timig إلى الملف . شكل
تم وصف هذا الملف أعلاه (وهو نفس البيانات بنفس تنسيق الملف الجدولي
إخراج stdout عندما -o يستخدم الخيار).

- t ملف
تفريغ تتبعات التسلسل الجدولي لكل تسلسل فردي إلى ملف .
مفيد بشكل أساسي لتصحيح الأخطاء.

- ملف
تفريغ المعلومات لكل تسلسل في الملف . تنسيق الملف هو
موصوف بواسطة "#" - أسطر التعليق المضمنة في الجزء العلوي من الملف . •
معلومات الإدخال صالحة حتى عندما يكون --matchonly يستخدم الخيار.

--elfile
تفريغ حالة EL لكل تسلسل (النهاية المحلية) يدرج المعلومات في الملف . التنسيق
يتم وصف الملف بواسطة "#" - أسطر تعليق مسبوقة مضمنة في الجزء العلوي من الملف
ملف . تكون معلومات إدراج EL صالحة حتى عندما يكون --matchonly الخيار
مستخدم.

أخرى OPTIONS

--مابالي
يقرأ المحاذاة من الملف تستخدم لبناء النموذج محاذاته كواحدة
الاعتراض على CM؛ على سبيل المثال، المحاذاة في يتم تثبيته. هذا يسمح لك
محاذاة التسلسلات إلى نموذج مع سمالين وعرضها في سياق موجود
محاذاة متعددة موثوقة. يجب أن يكون ملف المحاذاة الذي تم إنشاء CM فيه
من. يتحقق البرنامج من أن المجموع الاختباري للملف يطابق المجموع الاختباري للملف
تستخدم لبناء CM. تم استدعاء خيار مماثل لهذا الخيار --withali in
الإصدارات السابقة من com.cmalign.

--mapstr
يجب أن تستخدم في تركيبة مع --مابالي . نشر المعلومات الهيكلية
لأي عقد زائفة موجودة في لمحاذاة الإخراج. خيار مماثل ل
هذا كان يسمى --withstr في الإصدارات السابقة من com.cmalign.

--معلومات
تأكد من أن الإدخال في شكل . لا تقم بتشغيل تنسيق Babelfish
الاكتشاف التلقائي. هذا يزيد من موثوقية البرنامج إلى حد ما ، لأن
Babelfish يمكن أن يخطئ. موصى به بشكل خاص لغير المراقبين ، عالية
يدير الإنتاجية من الجهنمية. التنسيقات المقبولة هي: FASTA، وGENBANK، وDDBJ.
غير حساس لحالة الأحرف.

--تنسيق
حدد تنسيق محاذاة الإخراج كـ . التنسيقات المقبولة هي: Pfam، AFA،
A2M، كلوستال، وفيليب. يتم الانحياز AFA بسرعة. محاذاة Pfam وستوكهولم فقط
ستتضمن التنسيقات شرحًا للهيكل المتفق عليه والاحتمال الخلفي
شرح المخلفات الانحيازية.

--dnaout
إخراج المحاذاة كمحاذاة تسلسل الحمض النووي، بدلاً من تلك المحاذاة RNA.

--لا مشكلة
لا تضيف تعليقًا توضيحيًا إلى محاذاة الإخراج مع الاحتمالات الخلفية.

--matchonly
قم بتضمين أعمدة المطابقة فقط في محاذاة الإخراج، ولا تقم بتضمين أي عمليات إدراج
نسبة إلى نموذج الإجماع. قد يكون هذا الخيار مفيدًا عند إنشاء ملفات كبيرة جدًا
المحاذاة التي تتطلب قدرًا كبيرًا من الذاكرة ومساحة القرص، ومعظمها ضروري
فقط للتعامل مع أعمدة الإدراج التي توجد بها فجوات في معظم التسلسلات.

--أنا غادرت
قم بإخراج المحاذاة بتنسيق ستوكهولم المشذّر بعرض ثابت قد يكون
أكثر ملاءمة للفحص. كان هذا هو تنسيق محاذاة الإخراج الافتراضي لـ
الإصدارات السابقة من com.cmalign. نلاحظ أن سمالين يتطلب المزيد من الذاكرة عندما يكون هذا
يتم استخدام الخيار. لهذا السبب، --أنا غادرت سوف تعمل فقط لمحاذاة تصل إلى
100,000 تسلسل أو إجمالي 100,000,000 نيوكليوتيدات محاذية.

--regress
احفظ نسخة إضافية من محاذاة الإخراج بدون معلومات المؤلف لحفظها
.

- الإسراف
قم بإخراج معلومات إضافية في مخرجات الدرجات الجدولية (الإخراج إلى stdout if -o
يستخدم، أو if --ملف يستخدم). هذه مفيدة بشكل أساسي للاختبار و
تصحيح الأخطاء.

--وحدة المعالجة المركزية
حدد ذلك يتم استخدام عمال وحدة المعالجة المركزية المتوازية. لو تم تعيينه على أنه "0" ، ثم ملف
سيتم تشغيل البرنامج في الوضع التسلسلي ، دون استخدام الخيوط. يمكنك أيضا التحكم
هذا الرقم عن طريق تعيين متغير البيئة ، INFERNAL_NCPU. هذا الخيار سوف
تكون متاحة فقط إذا كان الجهاز الذي تم بناء Infernal عليه قادرًا على الاستخدام
ربط POSIX (انظر قسم التثبيت في دليل المستخدم للمزيد
معلومات).

--mpi تشغيل كبرنامج MPI المتوازي. سيكون هذا الخيار متاحًا فقط إذا كان لدى Infernal
تم تكوينه وبنائه باستخدام علامة "--enable-mpi" (انظر التثبيت
قسم من دليل المستخدم لمزيد من المعلومات).

استخدم cmalign عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net