هذا هو الأمر cmfetch الذي يمكن تشغيله في مزود الاستضافة المجانية OnWorks باستخدام إحدى محطات العمل المجانية المتعددة على الإنترنت مثل Ubuntu Online أو Fedora Online أو محاكي Windows عبر الإنترنت أو محاكي MAC OS عبر الإنترنت
برنامج:
اسم
cmfetch - استرداد نموذج (نماذج) التغاير من ملف
موجز
سمفيتش [خيارات]
(يسترجع CM المسمى )
سمفيتش -f [خيارات]
(يسترجع كافة مديري المشاريع المدرجة في )
سمفيتش --فهرس [خيارات]
(الفهارس للجلب)
الوصف
يسترجع CMs واحدًا أو أكثر من ملف (قاعدة بيانات Rfam كبيرة، على سبيل المثال).
لتمكين الاسترداد السريع جدًا، قم بفهرسة ملف أولا، باستخدام سمفيتش --فِهرِس. مؤشر
هو ملف ثنائي اسمه .ssi.
الوضع الافتراضي هو استرداد CM واحد بالاسم أو الانضمام ، يسمى . في حالة
مثال:
٪ cmfetch Rfam.cm tRNA
٪ cmfetch Rfam.cm RF00005
مع -f الخيار ، أ التي تحتوي على قائمة بمفتاح واحد أو أكثر تتم قراءته بدلاً من ذلك.
أول حقل محدد بمسافات بيضاء في كل سطر غير فارغ بدون تعليق من
يستخدم ك و ويتم تجاهل أي بيانات متبقية على الخط. هذا يسمح بمجموعة متنوعة
من ملفات البيانات المحددة بمسافات بيضاء ليتم استخدامها س.
عند استخدام -f و و if تم فهرستها ، يتم استرداد المفاتيح في ملف
ترتيب حدوثها في و لكن اذا لم تتم فهرستها ، يتم استرداد المفاتيح بتنسيق
ترتيب حدوثها في . هذا هو أحد الآثار الجانبية لتنفيذ ذلك
يسمح باسترداد مفاتيح متعددة حتى لو كان ملف هو تيار غير قابل لللف، مثل
أنبوب الإدخال القياسي.
في الاستخدام العادي (بدون --فهرس or -f والخيارات)، قد تكون "-" (شرطة) ، مما يعني
قراءة المدخلات من ستدين بدلا من ملف. مع ال --فهرس اختيار، قد لا يكون
"-" ؛ ليس من المنطقي فهرسة تدفق إدخال قياسي. مع ال -f الخيار، سواء
or (ولكن ليس كلاهما) قد يكون "-". غالبًا ما تكون القراءة مفيدة بشكل خاص
من الإدخال القياسي، لأن هذا يسمح باستخدام سطر الأوامر التعسفي
دعوات لإنشاء قائمة بأسماء أو مداخلات CM ، ثم جلبهم جميعًا إلى ملف جديد ،
فقط بأمر واحد.
بشكل افتراضي ، تتم طباعة CM على الإخراج القياسي بتنسيق Infernal-1.1.
OPTIONS
-h يساعد؛ اطبع تذكيرًا موجزًا باستخدام سطر الأوامر وجميع الخيارات المتاحة.
-f وسيطة سطر الأوامر الثانية هي أ بدلا من واحد . •
الحقل الأول في كل سطر من يستخدم كإسترجاع (اسم سم
أو انضمام). الأسطر الفارغة وأسطر التعليق (التي تبدأ بحرف #) هي
تجاهلها.
-o إخراج CM (s) إلى ملف بدلا من الناتج القياسي.
-O إخراج CM (ملفات) إلى ملف (ملفات) فردية مسماة بدلاً من الإخراج القياسي. مع ال
-f الخيار ، يمكن أن يؤدي هذا إلى إنشاء العديد من الملفات.
--فهرس
بدلاً من استرداد ملف تعريف واحد أو أكثر من و فهرس For
عمليات الاسترجاع المستقبلية. هذا يخلق ملف .ssi ملف الفهرس الثنائي.
استخدم cmfetch عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net
