التوافق - عبر الإنترنت في السحابة

برنامج:

اسم

compalign - مقارنة محاذاة متعددة

موجز

com.comalign [-خيارات]

الوصف

com.comalign يحسب "الهوية" الكسرية بين المحاذاة الموثوقة والاختبار
تنسيق. يجب أن يحتوي الملفان على نفس التسلسلات تمامًا، وبنفس الطريقة تمامًا
النظام.

يتم تعريف هوية محاذاة التسلسل المتعددة على أنها الهوية المتوسطة
جميع المحاذاة الزوجية N(N-1)/2.

يتم تعريف الهوية الكسرية لمجموعتين من المحاذاة الزوجية بدورها على النحو التالي
(للتسلسلات المعروفة المحاذاة k1 وk2، وتسلسلات الاختبار المحاذاة t1 وt2):

الأعمدة المتطابقة / الأعمدة الإجمالية

حيث إجمالي الأعمدة = إجمالي عدد الأعمدة الموجودة فيها
رمز صالح (nonnap) في k1 أو k2؛

الأعمدة المتطابقة = عدد الأعمدة التي يوجد فيها أحد الأعمدة
ما يلي صحيح:

يحتوي كل من k1 وk2 على رموز صالحة في عمود معين؛ t1 و t2
لها نفس الرموز المحاذية في عمود t1/t2
انتقام؛

يحتوي k1 على رمز محاذٍ لفجوة في k2؛ هذا الرمز في t1 هو
تتماشى أيضًا مع فجوة؛

يحتوي k2 على رمز محاذٍ لفجوة في k1؛ هذا الرمز في t2 هو
تتماشى أيضًا مع الفجوة.

نظرًا لأنه يتم حساب الدرجات الخاصة بجميع الأزواج الممكنة، فإن الخوارزمية تكون من الرتبة (N^2)L لـ
تسلسلات N بطول L؛ سوف تستغرق مجموعات التسلسل الكبيرة بعض الوقت.

OPTIONS

الخيارات المتوفرة

-h طباعة تعليمات قصيرة ومعلومات الاستخدام.

-c قارن فقط ضمن بنية الإجماع #=CS المميزة.

--معلومات
حدد أن كلا المحاذاة في التنسيق (MSF، على سبيل المثال).

--هادئ
منع الرأس المطول (المستخدم في اختبار الانحدار).

استخدم التوافق عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net