cpgplote - عبر الإنترنت في السحابة

برنامج:

اسم

cpgplot - تحديد جزر CpG ورسمها في تسلسل (تسلسلات) النيوكليوتيدات

موجز

com.cpgplot -تسلسل seqall -نافذة او شباك عدد صحيح مينلين عدد صحيح -مينو الطفو -مينب الطفو
-ملف ملف -حبكة تبديل -رسم بياني xygraph -obsexp منطقية -CG منطقية
-جهاز الكمبيوتر منطقية -تصميم تميز

com.cpgplot -مساعدة

الوصف

com.cpgplot هو برنامج سطر أوامر من EMBOSS ("البيولوجيا الجزيئية الأوروبية المفتوحة
مجموعة برامج"). وهي جزء من مجموعة (مجموعات) قيادة "Nucleic: CpG Islands".

OPTIONS

إدخال قسم
-تسلسل seqall

مطلوب: قسم
-نافذة او شباك عدد صحيح
يتم حساب النسبة المئوية لمحتوى CG والتردد المرصود لـ CG ضمن أ
النافذة التي يتم تحديد حجمها بواسطة هذه المعلمة. يتم تحريك النافذة أسفل التسلسل و
يتم حساب هذه الإحصائيات في كل موضع يتم نقل النافذة إليه. تقصير
القيمة: 100

مينلين عدد صحيح
هذا يحدد الحد الأدنى للطول الذي يجب أن تكون عليه جزيرة CpG قبل الإبلاغ عنها.
القيمة الافتراضية: 200

-مينو الطفو
هذا يحدد الحد الأدنى من المتوسط ​​الملاحظ إلى النسبة المتوقعة من C زائد G إلى CpG في مجموعة
من 10 نوافذ مطلوبة قبل الإبلاغ عن جزيرة CpG. القيمة الافتراضية: 0.6

-مينب الطفو
هذا يحدد الحد الأدنى لمتوسط ​​النسبة المئوية لـ G plus C مجموعة من 10 نوافذ
مطلوب قبل الإبلاغ عن جزيرة CpG. القيمة الافتراضية: 50.

الناتج قسم
-ملف ملف
هذا يحدد اسم الملف الذي يحتوي على تقرير اسم تسلسل الإدخال ، CpG
معلمات الجزيرة وتفاصيل الإخراج لأي جزر CpG تم العثور عليها.

-حبكة تبديل
القيمة الافتراضية: ص

-رسم بياني xygraph

-obsexp منطقية
إذا تم ضبط هذا على صحيح ، فإن الرسم البياني للنسبة المرصودة إلى المتوقعة من C زائد G إلى
يتم عرض CpG داخل نافذة. القيمة الافتراضية: ص

-CG منطقية
إذا تم تعيين هذا على "صحيح" ، ثم الرسم البياني للمناطق التي تم تحديدها لتكون كذلك
يتم عرض جزر CpG. القيمة الافتراضية: ص

-جهاز الكمبيوتر منطقية
إذا تم ضبط هذا على صحيح ، فسيكون الرسم البياني للنسبة المئوية C زائد G داخل النافذة
عرض. القيمة الافتراضية: ص

-تصميم تميز
ملف لميزات الإخراج

استخدم cpgplote عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net