daligner - عبر الإنترنت في السحابة

برنامج:

اسم

daligner - تقويم طويل للقراءة

موجز

دالينر [-vbAI][-kمادبا14] [-wمادبا6] [-hمادبا35] [-tمادبا] [-Mمادبا] [-eمزدوج (.70)]
[-lمادبا1000] [-sمادبا100] [-Hمادبا] [-mمسار]+ الموضوع: ديسيبل | السد الهدف: ديسيبل | السد

الوصف

قارن التسلسلات في المشذبة موضوع منع الموجودين في قائمة الهدف كتل
البحث عن الاصطفافات المحلية التي تنطوي على الأقل -l أزواج أساسية (افتراضي 1000) أو أكثر ،
التي لها معدل ارتباط متوسط -e (افتراضي 70٪). تم العثور على المحاذاة المحلية
سيتم إخراجها بترميز متناثر حيث يتم تسجيل نقطة تتبع على المحاذاة كل
-s الأزواج الأساسية للقراءة (افتراضي 100 نقطة أساس). تتم مقارنة القراءات في كلا الاتجاهين و
المحاذاة المحلية التي تفي بالمعايير يتم إخراجها إلى واحد من عدة ملفات تم إنشاؤها الموضحة
أدناه. ال -v يقوم الخيار بتشغيل وضع إعداد التقارير المطول الذي يعطي إحصائيات عن كل ملف
خطوة رئيسية في الحساب.

الخيارات -k, -hو -w السيطرة على بحث الترشيح الأولي للمطابقات المحتملة
بين القراءات. على وجه التحديد ، يبحث كود البحث الخاص بنا عن زوج من نطاقات العرض القطرية
2 ^ w (الافتراضي 2 ^ 6 = 64) التي تحتوي على مجموعة من k-mers المتطابقة تمامًا (الافتراضي 14)
بين القراءةتين ، بحيث يكون العدد الإجمالي للقواعد التي تغطيها ضربات k-mer هو h
(الافتراضي 35). لا يمكن أن يكون k أكبر من 32 في التنفيذ الحالي. إذا كان -b خيار
تم تعيينه ، ثم دالينر يفترض أن البيانات بها انحياز تركيبي قوي (على سبيل المثال> 65٪ AT
rich) ، وبتكلفة المزيد من الوقت ، يقوم بضبط أحجام k-mer ديناميكيًا بناءً على
التحيز التركيبي ، بحيث يكون للضمانات المستخدمة خصوصية فعالة تبلغ 4 ^ ك.

إذا كان هناك مسار فاصل واحد أو أكثر محدد بامتداد -m الخيار ، ثم قراءات
يتم إخفاء قاعدة البيانات أو قاعدة البيانات التي ينطبق عليها القناع مع اتحاد الفواصل الزمنية
لجميع مسارات الفاصل الزمني المطبقة ، أي k-mers التي تحتوي على أي قواعد في أي من
يتم تجاهل الفترات المقنعة لأغراض زرع تطابق. مسار فاصل
هو مسار ، مثل مسار "الغبار" الذي أنشأته DBdust ، والذي يشفر مجموعة من الفواصل الزمنية
على قاعدة البيانات غير المشذبة أو المشذبة.

بشكل ثابت ، يتم تمثيل بعض k-mers بشكل كبير (على سبيل المثال ، أشواط البوليمر المتجانس).
تخلق هذه k-mers عددًا كبيرًا من أزواج k-mer المطابقة وتترك بدون معالجة
تسبب daligner في تجاوز الذاكرة الفعلية المتاحة. طريقة واحدة للتعامل مع هذا هو
صراحة تعيين -t المعلمة التي تمنع استخدام أي k-mer يحدث أكثر
من t مرات في كتلة الموضوع أو الهدف. ومع ذلك ، هناك طريقة أفضل للتعامل مع ملف
الوضع هو السماح للبرنامج تلقائيًا بتحديد قيمة t التي تلبي
حد استخدام الذاكرة المحدد (بالجيجابايت) بواسطة -M معامل. بشكل افتراضي دالينر سوف نستخدم
مقدار الذاكرة المادية كخيار ل -M. إذا كنت تريد استخدام أقل ، قل 8 جيجابايت فقط
على عقدة كتلة 24 جيجا بايت HPC لأنك تريد تشغيل 3 دالينر وظائف على العقدة ، إذن
تحديد -M8. التحديد -M0 في الأساس يشير إلى أنك لا تريد دالينر إلى الذات
ضبط قمع k-mer ليتناسب مع مقدار معين من الذاكرة.

لكل موضوع ، زوج من الكتل المستهدفة ، على سبيل المثال X و Y ، يقوم البرنامج بتقرير المحاذاة حيث
قراءة a في X والقراءة b في Y والعكس صحيح. ومع ذلك ، إذا كان -A الخيار
مجموعة ("A" لـ "غير متماثل") ثم تتداخل فقط حيث تكون a-read في X و b-read
في Y يتم الإبلاغ عنها ، وإذا كانت X = Y ، فإنها تقدم تقارير إضافية فقط عن تلك التداخلات حيث
فهرس القراءة a أقل من فهرس قراءة b. في كلتا الحالتين ، إذا كان -I تم تعيين الخيار ("أنا"
لـ "الهوية") ثم عندما X = Y ، تتداخل بين أجزاء مختلفة من نفس الإرادة
يمكن العثور عليها والإبلاغ عنها أيضًا.

يتم تسجيل كل محاذاة تم العثور عليها كـ - a [ab، ae] x bo [bb، be] - حيث يكون a و b
المؤشرات (في DB المقتطع) للقراءات المتداخلة ، o تشير إلى ما إذا كانت قراءة b أم لا
من نفس السلسلة أو عكسها ، و [ab، ae] و [bb، be] هي فترات a و bo ،
على التوالي ، أن محاذاة. يضع البرنامج سجلات المحاذاة هذه في ملفات باسمها
هي من الشكل XY [C | N] #. حيث تشير C إلى أن قراءة b مكملة و N
يشير إلى أنها ليست كذلك (يتم إجراء كلا المقارنات) و # هو مؤشر الترابط الذي تم اكتشافه
وكتب مجموعة المحاذاة الواردة في الملف. هذا هو الملف
يحتوي XYO # .las على المحاذاة التي تم إنتاجها بواسطة مؤشر الترابط # والتي تكون القراءة a من X و
قراءة ب من Y وفي اتجاه O. الأمر دالينر -A X Y تنتج 2 * NTHREAD
ملفات الخيط XY؟ دالينر X Y تنتج 4 * ملفات NTHREAD XY؟ .las و YX؟ .las
(ما لم X=Y في هذه الحالة يتم إنتاج ملفات NTHREAD فقط ، XX؟ .las).

افتراضيا، دالينر يقارن جميع التداخلات بين عمليات القراءة في قاعدة البيانات الأكبر
من الحد الأدنى الذي تم تعيينه عند تقسيم قاعدة البيانات أو قواعد البيانات ، عادةً 1 أو 2 كيلو بايت. لكن،
يريد خط أنابيب تجميع HGAP فقط تصحيح القراءات الكبيرة ، لنقل 8Kbp أو أكثر ، وهكذا
يحتاج فقط إلى التداخلات حيث تكون a-read واحدة من القراءات الكبيرة. عن طريق تحديد -H
المعلمة لتقول N ، واحد يغير دالينر بحيث تتداخل التقارير فقط حيث يتم قراءة الملف
أطول من N من أزواج القاعدة.

في حين أن إعدادات المعلمات الافتراضية جيدة لبيانات Pacbio الأولية ، دالينر ويمكن استخدام
لإيجاد المحاذاة بكفاءة في القراءات المصححة أو القراءات الأخرى الأقل ضوضاء. ل
على سبيل المثال ، لتعيين التطبيقات مقابل .dams ، نقوم بتشغيل

دالينر -k20 -h60 -e. 85

وعلى القراءات المصححة ، فإننا نجري عادةً

دالينر -k25 -w5 -h60 -e. 95 -s500

وفي هذه الإعدادات يكون الأمر سريعًا جدًا.

استخدم daligner عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net